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- PDB-5cai: Crystal structure of a putative lipoprotein from the DUF903 famil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cai
タイトルCrystal structure of a putative lipoprotein from the DUF903 family (KPN_03160) from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 at 2.30 A resolution
要素Putative lipoprotein from the DUF903 family
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / lipoprotein / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY / LIPID-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function DUF903 / : / Bacterial protein of unknown function (DUF903) / SH3 type barrels. - #100 / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipoprotein YgdI/YgdR-like SH3-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative lipoprotein from the DUF903 family (KPN_03160) from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2015年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation_author / entity_src_gen ...citation_author / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Putative lipoprotein from the DUF903 family
B: Putative lipoprotein from the DUF903 family
C: Putative lipoprotein from the DUF903 family
D: Putative lipoprotein from the DUF903 family
E: Putative lipoprotein from the DUF903 family
F: Putative lipoprotein from the DUF903 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,32015
ポリマ－38,0016
非ポリマー3199
水4,306239
1
A: Putative lipoprotein from the DUF903 family
B: Putative lipoprotein from the DUF903 family
E: Putative lipoprotein from the DUF903 family
ヘテロ分子

A: Putative lipoprotein from the DUF903 family
B: Putative lipoprotein from the DUF903 family
E: Putative lipoprotein from the DUF903 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,35616
ポリマ－38,0016
非ポリマー35510
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
2
C: Putative lipoprotein from the DUF903 family
D: Putative lipoprotein from the DUF903 family
F: Putative lipoprotein from the DUF903 family
ヘテロ分子

C: Putative lipoprotein from the DUF903 family
D: Putative lipoprotein from the DUF903 family
F: Putative lipoprotein from the DUF903 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,28514
ポリマ－38,0016
非ポリマー2848
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.210, 108.210, 142.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-247-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Putative lipoprotein from the DUF903 family


分子量: 6333.536 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: ATCC 700721 / MGH 78578 / 遺伝子: ygdI, YP_001336791.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A6TD90
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT (22-76) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (22-76) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M di-ammonium tartrate, 20.0% polyethylene glycol 3350, 0.2M di-ammonium tartrate, 20.0% polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.95369,0.97934,0.97919
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月12日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.953691
20.979341
30.979191
反射解像度: 2.3→29.709 Å / Num. all: 19120 / Num. obs: 19120 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.163 / Rsym value: 0.151 / Net I/av σ(I): 4.872 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 139561
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueDiffraction-IDNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.367.40.9680.9010.91031913970.3530.9680.90112.399.9
2.36-2.427.40.7090.6591.2997713430.2580.7090.6593.1100
2.42-2.497.40.6680.6211.2971613180.2440.6680.6213.3100
2.49-2.577.40.5730.5321.4950812860.2090.5730.5323.8100
2.57-2.667.40.5360.4991.5908412300.1950.5360.4994.1100
2.66-2.757.40.4860.4521.7905712220.1770.4860.4524.4100
2.75-2.857.30.3870.362.1848811560.1410.3870.365.4100
2.85-2.977.40.2840.2642.9824711180.1040.2840.2647.2100
2.97-3.17.30.2350.2183.5798210900.0860.2350.2188.4100
3.1-3.257.40.1740.1624.7767610380.0640.1740.16210.8100
3.25-3.437.30.1330.123671469780.0490.1330.12314.3100
3.43-3.647.30.1290.126.268739390.0470.1290.1215.1100
3.64-3.897.30.10.093864358850.0370.10.09318.3100
3.89-4.27.30.0760.07110.360008240.0280.0760.07121.8100
4.2-4.67.20.0660.06111.355017610.0240.0660.06124.2100
4.6-5.147.20.0590.05512.550417030.0220.0590.05525.6100
5.14-5.947.10.0920.085843706180.0340.0920.08518.6100
5.94-7.2770.0930.0867.837385340.0340.0930.08617.5100
7.27-10.296.70.0760.0719.529074320.0290.0760.07120.1100
10.29-29.70960.0460.04112.714962480.0190.0460.04124.295.9

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
SHELXD位相決定
BUSTER2.10.2精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.709 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9441 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9248 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 3. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 4. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2152 984 5.15 %RANDOM
Rwork0.1806 ---
obs0.1824 19104 99.99 %-
原子変位パラメータBiso max: 132.37 Å2 / Biso mean: 41.2537 Å2 / Biso min: 11.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1349 Å20 Å20 Å2
2--1.1349 Å20 Å2
3----2.2698 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.277 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.709 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2466 0 9 239 2714
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1323SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes108HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes399HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2673HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion360SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3014SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2673HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3645HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.75
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2346 138 5.04 %
Rwork0.1948 2598 -
all0.1968 2736 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7975-2.8361-0.69354.0108-0.29787.14620.03620.24880.2766-0.3228-0.1904-0.54420.02260.46290.1542-0.11960.01760.1083-0.10650.07460.053917.01318.044722.6202
24.51851.2477-0.26895.62690.7874.005-0.11260.3063-0.3296-0.40650.0774-0.45160.13210.40650.0352-0.05190.04840.0897-0.0910.0114-0.020915.8455-10.971122.1722
32.5317-1.9498-0.13846.21190.13484.0102-0.0885-0.21940.42040.46280.1098-0.5442-0.22540.3138-0.0213-0.0952-0.0427-0.0922-0.0761-0.06190.026813.607213.339348.3273
46.75642.6791.78834.47031.11614.21030.0687-0.28720.03390.2347-0.078-0.54420.18580.41920.0093-0.1097-0.0128-0.0824-0.07040.04240.001718.4576-5.02448.1953
52.7002-0.4067-0.20482.919-0.25872.95680.10930.13970.3834-0.2676-0.166-0.2289-0.31290.0810.0567-0.0184-0.00150.0243-0.08520.05990.02131.192518.742822.3398
63.30850.0483-0.00152.97370.52363.2042-0.0410.01940.54380.26660.02020.1943-0.2733-0.16230.0207-0.05120.0194-0.0161-0.0882-0.03980.0285-4.94918.742947.3281
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|23 - 75}A23 - 75
2X-RAY DIFFRACTION2{B|23 - 75}B23 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3{C|24 - 75}C24 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4{D|23 - 75}D23 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5{E|24 - 75}E24 - 75
6X-RAY DIFFRACTION6{F|23 - 75}F23 - 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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