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- PDB-7kce: Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kce | ||||||
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Title | Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT2A) in complex with SAM and allosteric inhibitor compound 2 | ||||||
![]() | S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE/Inhibitor / METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE / S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / SAM / Allosteric Inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-Inhibitor complex | ||||||
Function / homology | ![]() methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / cellular response to methionine / Methylation / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / protein hexamerization / small molecule binding / positive regulation of TORC1 signaling ...methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / cellular response to methionine / Methylation / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / protein hexamerization / small molecule binding / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Padyana, A. / Jin, L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Discovery of AG-270, a First-in-Class Oral MAT2A Inhibitor for the Treatment of Tumors with Homozygous MTAP Deletion. Authors: Konteatis, Z. / Travins, J. / Gross, S. / Marjon, K. / Barnett, A. / Mandley, E. / Nicolay, B. / Nagaraja, R. / Chen, Y. / Sun, Y. / Liu, Z. / Yu, J. / Ye, Z. / Jiang, F. / Wei, W. / Fang, C. ...Authors: Konteatis, Z. / Travins, J. / Gross, S. / Marjon, K. / Barnett, A. / Mandley, E. / Nicolay, B. / Nagaraja, R. / Chen, Y. / Sun, Y. / Liu, Z. / Yu, J. / Ye, Z. / Jiang, F. / Wei, W. / Fang, C. / Gao, Y. / Kalev, P. / Hyer, M.L. / DeLaBarre, B. / Jin, L. / Padyana, A.K. / Dang, L. / Murtie, J. / Biller, S.A. / Sui, Z. / Marks, K.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 317.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 212.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7kccC ![]() 7kcfC ![]() 7kdaC ![]() 7kdbC ![]() 2p02S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 43807.703 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-J41 / |
#3: Chemical | ChemComp-SAM / |
#4: Chemical | ChemComp-CL / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: 0.2M Lithium Chloride, 0.1M Tris PH 7.8, 20% PEG 6000, 10% Ethylene Glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Mar 3, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.14→29.37 Å / Num. obs: 131343 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 9.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 19.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.14→1.17 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Num. unique obs: 8683 / % possible all: 88 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2P02 Resolution: 1.14→29.37 Å / SU ML: 0.071 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.3433 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.14→29.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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