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- PDB-5ca6: Crystallographic structure of apo porcine rotavirus TFR-41 VP8* -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ca6
タイトルCrystallographic structure of apo porcine rotavirus TFR-41 VP8*
要素porcine rotavirus TFR-41 VP8*
キーワードviral protein / sugar binding protein / carbohydrate-recognizing protein / lectin / rotavirus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral life cycle / viral capsid
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PALMITIC ACID / VACCENIC ACID / Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine rotavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yu, X. / Blanchard, H.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1085596 オーストラリア
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Substantial Receptor-induced Structural Rearrangement of Rotavirus VP8*: Potential Implications for Cross-Species Infection.
著者: Yu, X. / Mishra, R. / Holloway, G. / von Itzstein, M. / Coulson, B.S. / Blanchard, H.
履歴
登録2015年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: porcine rotavirus TFR-41 VP8*
B: porcine rotavirus TFR-41 VP8*
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,58014
ポリマ－36,3042
非ポリマー1,27612
水5,981332
1
A: porcine rotavirus TFR-41 VP8*
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8238
ポリマ－18,1521
非ポリマー6717
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: porcine rotavirus TFR-41 VP8*
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7576
ポリマ－18,1521
非ポリマー6055
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.816, 30.444, 86.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-529-

HOH

21B-568-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 porcine rotavirus TFR-41 VP8*


分子量: 18152.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine rotavirus (serotype 5 / strain TFR-41) (ウイルス)
プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1A9TAH8*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 344分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#5: 化合物 ChemComp-VCA / VACCENIC ACID / (11E)-OCTADEC-11-ENOIC ACID / cis-バクセン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.4 and 2 M ammonium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.91 Å / Num. obs: 23031 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.148 / Num. unique all: 2985 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2I2S

2i2s


解像度: 1.9→35.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.107 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20254 1170 5.1 %RANDOM
Rwork0.16426 ---
obs0.16616 21861 98.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.564 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å2-0.08 Å2
2---0.53 Å2-0 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2536 0 86 336 2958
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022736
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2281.9543738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72435784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3245334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3624.833120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.24115398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.622158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02641
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5051.1261300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5051.1281301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8571.6821631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.8581.6821632
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6541.2471436
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6541.2471437
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.0681.8182103
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.19810.443268
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.19710.4443269
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 68 -
Rwork0.161 1340 -
obs--84.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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