PDB-5c9b: Crystal structure of a retropepsin-like aspartic protease from Ri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c9b

タイトル

Crystal structure of a retropepsin-like aspartic protease from Rickettsia conorii

要素

ApRick protease

キーワード

HYDROLASE / pepsin / ApRick

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rickettsia conorii (丘疹熱リケッチア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Li, M. / Gustchina, A. / Cruz, R. / Simoes, M. / Curto, P. / Martinez, J. / Faro, C. / Simoes, I. / Wlodawer, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: Structure of RC1339/APRc from Rickettsia conorii, a retropepsin-like aspartic protease.
著者: Li, M. / Gustchina, A. / Cruz, R. / Simoes, M. / Curto, P. / Martinez, J. / Faro, C. / Simoes, I. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2015年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c9b.cif.gz	210.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c9b.ent.gz	171.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c9b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/5c9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/5c9b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5c9fC 5c9d C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pgd-d 2b5i-d 6kyz-d 3pln-1 3pid-1 3fk2-d 2erj-2 3plr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ApRick protease

B: ApRick protease

C: ApRick protease

D: ApRick protease

63.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.985, 101.985, 127.063
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-303- HOH
2	1	C-324- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
1	2	C
2	2	A
1	3	D
2	3	A
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	B	94 - 224
2	1	1	4	A	94 - 224
1	1	2	4	C	94 - 224
2	1	2	4	A	94 - 224
1	1	3	4	D	94 - 224
2	1	3	4	A	94 - 224
1	1	4	4	B	94 - 224
2	1	4	4	C	94 - 224
1	1	5	4	B	94 - 224
2	1	5	4	D	94 - 224
1	1	6	4	C	94 - 224
2	1	6	4	D	94 - 224

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.920767, -0.311318, -0.235092), (-0.227118, -0.06218, 0.97188), (-0.317182, 0.948269, -0.013453)	113.02625, -42.62558, 74.21591

#1: タンパク質	ApRick protease 分子量: 15862.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rickettsia conorii (丘疹熱リケッチア) 遺伝子: RC1339 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92FY8, 加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: 24% PEG4000, 0.2 M lithium sulfate, pH 5.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9825 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月20日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9825 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 31615 / Num. obs: 28761 / % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.054 / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 31.27
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / % possible all: 33.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

解像度: 2.4→47.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 16.365 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26222	1458	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19893	-	-	-
obs	0.20206	27301	91.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.462 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1 Å²	1.1 Å²	-0 Å²
2-	-	1.1 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→47.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3892	0	0	128	4020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	3948
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3987
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.819	1.977	5295
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.839	3	9142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.141	5	482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.24	24.286	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.511	15	718
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.563	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	611
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4333
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	890
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	10.533	8.75	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	10.501	8.75	1957
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	13.063	16.281	2430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	13.07	16.284	2431
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	14.996	10.826	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	14.992	10.826	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	18.544	18.954	2866
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	20.643	37.206	4271
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	20.682	37.174	4256
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	B	2017	MEDIUM POSITIONAL	0.79	0.5
1	B	2017	MEDIUM THERMAL	9.44	2
2	C	1969	MEDIUM POSITIONAL	0.78	0.5
2	C	1969	MEDIUM THERMAL	12.92	2
3	D	1838	MEDIUM POSITIONAL	0.43	0.5
3	D	1838	MEDIUM THERMAL	16.75	2
4	B	1988	MEDIUM POSITIONAL	0.52	0.5
4	B	1988	MEDIUM THERMAL	12	2
5	B	1838	MEDIUM POSITIONAL	0.63	0.5
5	B	1838	MEDIUM THERMAL	18.37	2
6	C	1838	MEDIUM POSITIONAL	0.66	0.5
6	C	1838	MEDIUM THERMAL	11.99	2

LS精密化シェル

解像度: 2.37→2.431 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.433	55	-
R_work	0.349	961	-
obs	-	-	44.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.154	-0.0304	0.1653	0.0167	-0.0985	0.8026	-0.055	0.0659	-0.0425	0.0093	-0.0344	-0.0114	-0.0333	-0.0545	0.0894	0.4129	-0.1359	-0.0587	0.2687	0.0008	0.0734	48.7868	14.3871	39.2249
2	0.0765	-0.1164	0.0509	0.2462	0.0774	0.7088	-0.0027	-0.0707	-0.0216	-0.0258	0.122	0.063	0.0226	0.1522	-0.1193	0.3439	-0.1322	-0.0374	0.2765	0.0039	0.1318	54.3949	-16.5153	72.0166
3	1.2945	0.8122	0.4722	0.6006	0.1768	0.3376	0.2106	-0.1197	-0.2187	0.099	-0.1346	-0.1266	0.1269	0.0159	-0.076	0.4525	-0.117	-0.056	0.2257	0.0264	0.0901	70.062	10.8124	72.1183
4	0.5763	0.2248	0.073	0.1769	-0.1117	0.2307	0.114	-0.0685	0.0165	0.2084	0.0397	0.0994	-0.2403	-0.1026	-0.1537	0.369	0.0726	0.1129	0.2631	0.0438	0.2084	28.4254	9.0229	59.8988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	104 - 234
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	104 - 234
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	104 - 234
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	104 - 234

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