PDB-5c8z: ZHD-ZGR complex after ZHD crystal soaking in ZEN for 30min

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c8z

タイトル

ZHD-ZGR complex after ZHD crystal soaking in ZEN for 30min

要素

Zearalenone hydrolase

キーワード

HYDROLASE / lactonase / alpha-beta fold / zearalenone degrade intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / response to toxic substance / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Clonostachys rosea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Hu, X.-J. / Qi, Q. / Yang, W.-J.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
Chinese High-tech Research and Development program	2013AA102803B	中国
Chinese High-tech Research and Development program	2014AA021301	中国
the 973 Program of the Ministry of Science and Technology of China	2009CB918602	中国

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: The structure of a complex of the lactonohydrolase zearalenone hydrolase with the hydrolysis product of zearalenone at 1.60 angstrom resolution.
著者: Qi, Q. / Yang, W.J. / Zhou, H.J. / Ming, D.M. / Sun, K.L. / Xu, T.Y. / Hu, X.J. / Lv, H.

履歴

登録	2015年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c8z.cif.gz	238.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c8z.ent.gz	192.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c8z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c8z_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c8z_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5c8z_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	5c8z_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/5c8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/5c8z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xmwC 3wzlS 5c7y 5c81 5c8x S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c7y-d 5c81-d 6jrb-d 5c8x-d 5z5j-4 6jr2-d 5xo7-2 3wzm-1 5xo6-1 6jrd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Zearalenone hydrolase

B: Zearalenone hydrolase

ヘテロ分子

63.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.900, 89.590, 113.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Zearalenone hydrolase 分子量: 31018.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clonostachys rosea (菌類) / 遺伝子: zhd101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NKB0

-
非ポリマー , 5種, 335分子

#2: 化合物	ChemComp-ZGR / 2,4-dihydroxy-6-[(1E,10S)-10-hydroxy-6-oxoundec-1-en-1-yl]benzoic acid / 2,4-ジヒドロキシ-6-[(1E,10S)-6-オキソ-10-ヒドロキシ-1-ウンデセニル]安息香酸分子量: 336.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₈H₂₄O₆
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	The strain of Clonostachys rosea is different from UNP Q8NKB0.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 1.2 M ammonium dibasic phosphate, 200 mM KCl, 100 mM imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 101351 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WZL

3wzl

解像度: 1.6→48.028 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1678	5060	5 %	Random selection
R_work	0.1535	-	-	-
obs	0.1542	101261	99.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.028 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4076	0	83	324	4483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4559
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.117	6262
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.82	1659
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	693
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	827

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.1981	175	0.1726	3139	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6182-1.6372	0.1775	171	0.1664	3148	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6372-1.6572	0.1834	171	0.1646	3191	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6572-1.6782	0.2088	158	0.1622	3181	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6782-1.7003	0.1889	163	0.1599	3210	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7003-1.7236	0.1958	162	0.1586	3172	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7236-1.7482	0.2005	151	0.1585	3202	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7482-1.7743	0.1841	151	0.1502	3182	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7743-1.802	0.1678	174	0.1465	3165	X-RAY DIFFRACTION	100
1.802-1.8315	0.1601	162	0.1439	3223	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8315-1.8631	0.1508	149	0.1362	3182	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8631-1.897	0.1442	164	0.1372	3202	X-RAY DIFFRACTION	100
1.897-1.9335	0.1724	178	0.1328	3144	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9335-1.973	0.1622	167	0.1313	3208	X-RAY DIFFRACTION	100
1.973-2.0159	0.1322	162	0.1373	3190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0159-2.0628	0.1604	177	0.1419	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0628-2.1143	0.1443	168	0.1419	3171	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1143-2.1715	0.1585	172	0.1469	3193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1715-2.2354	0.1466	177	0.1448	3214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2354-2.3076	0.1591	171	0.1434	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3076-2.39	0.1648	188	0.1507	3214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.4857	0.1565	158	0.15	3213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4857-2.5988	0.1635	168	0.1578	3218	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5988-2.7358	0.1684	169	0.1548	3233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7358-2.9072	0.1498	184	0.1443	3222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9072-3.1317	0.1509	160	0.1453	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1317-3.4467	0.1557	182	0.1463	3243	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4467-3.9453	0.1599	176	0.1451	3271	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9453-4.9698	0.198	163	0.1645	3312	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9698-48.0501	0.2058	189	0.2081	3323	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 18.465 Å / Origin y: 15.9828 Å / Origin z: -5.595 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0886 Å²	-0.0044 Å²	-0.0002 Å²	-	0.1125 Å²	-0.0173 Å²	-	-	0.1173 Å²
L	0.2091 °²	0.0442 °²	-0.0899 °²	-	0.4851 °²	-0.3232 °²	-	-	0.6038 °²
S	0.0204 Å °	0.006 Å °	-0.0001 Å °	0.0071 Å °	0.0051 Å °	0.008 Å °	-0.0281 Å °	0.0142 Å °	-0.0247 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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