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- PDB-5c8l: Crystal Structure of the Bdellovibrio bacteriovorus Nucleoside Di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c8l
タイトルCrystal Structure of the Bdellovibrio bacteriovorus Nucleoside Diphosphate Sugar Hydrolase
要素NudF protein
キーワードHYDROLASE / Nudix
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ADP-ribose pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gabelli, S.B. / de la Pena, A.H. / Suarez, A. / Amzel, L.M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structural and Enzymatic Characterization of a Nucleoside Diphosphate Sugar Hydrolase from Bdellovibrio bacteriovorus.
著者: de la Pena, A.H. / Suarez, A. / Duong-Ly, K.C. / Schoeffield, A.J. / Pizarro-Dupuy, M.A. / Zarr, M. / Pineiro, S.A. / Amzel, L.M. / Gabelli, S.B.
履歴
登録2015年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NudF protein
B: NudF protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,99215
ポリマ－42,5812
非ポリマー1,41113
水5,765320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9810 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area15440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.947, 103.279, 51.744
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 NudF protein


分子量: 21290.469 Da / 分子数: 2 / 変異: E140Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
株: ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100 / 遺伝子: nudF, Bd3179 / プラスミド: pET24
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q6MIH8, ADP-ribose diphosphatase
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 331分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.75-2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.0, and 0-0.5% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 35689 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 2.694 / Net I/av σ(I): 42.841 / Net I/σ(I): 19.1 / Num. measured all: 201670
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.863.40.46620651.59754.4
1.86-1.943.80.35428821.8875.8
1.94-2.034.80.25235832.13794.4
2.03-2.135.90.1937992.43199.4
2.13-2.275.90.15538162.73899.5
2.27-2.4460.12838062.78499.7
2.44-2.696.20.09638452.8499.9
2.69-3.086.40.0738822.94399.9
3.08-3.886.20.04939163.00499.9
3.88-506.30.04340953.04499.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
REFMAC5.8.0049精密化
REFMAC5.8.0049位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5C7Q

5c7q


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.2048 / WRfactor Rwork: 0.16 / FOM work R set: 0.8594 / SU B: 2.697 / SU ML: 0.083 / SU R Cruickshank DPI: 0.1291 / SU Rfree: 0.1249 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 1805 5.1 %RANDOM
Rwork0.1667 ---
obs0.1689 33842 92.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.11 Å2 / Biso mean: 28.662 Å2 / Biso min: 15.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.39 Å2-0 Å20 Å2
2---1.3 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2975 0 85 320 3380
Biso mean--52.1 36.99 -
残基数----361
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193164
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4971.9814280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78636993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3825369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.15124.167156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.25115569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5851520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8242.5061464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8142.5051463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6853.7431834
LS精密化 シェル解像度: 1.798→1.845 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 77 -
Rwork0.298 1375 -
all-1452 -
obs--51.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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