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- PDB-5c8f: Crystal structure of light-exposed full-length Thermus thermophil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c8f
タイトルCrystal structure of light-exposed full-length Thermus thermophilus CarH bound to cobalamin
要素Light-dependent transcriptional regulator CarH
キーワードTRANSCRIPTIONAL REGULATOR / Transcription factor / light sensor / adenosylcobalamin-binding / DNA-binding / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Methionine synthase domain / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. ...Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Methionine synthase domain / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Putative DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / Probable transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Jost, M. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069857 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structural basis for gene regulation by a B12-dependent photoreceptor.
著者: Jost, M. / Fernandez-Zapata, J. / Polanco, M.C. / Ortiz-Guerrero, J.M. / Chen, P.Y. / Kang, G. / Padmanabhan, S. / Elias-Arnanz, M. / Drennan, C.L.
履歴
登録2015年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22015年11月4日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light-dependent transcriptional regulator CarH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8175
ポリマ－33,3231
非ポリマー1,4934
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Light-dependent transcriptional regulator CarH
ヘテロ分子

A: Light-dependent transcriptional regulator CarH
ヘテロ分子

A: Light-dependent transcriptional regulator CarH
ヘテロ分子

A: Light-dependent transcriptional regulator CarH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,26620
ポリマ－133,2934
非ポリマー5,97316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-11
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_554y,x,-z-11
Buried area15970 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area41670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.910, 126.910, 149.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細Monomer assembly has been verified by size exclusion chromatography and analytical ultracentrifugation. Importantly, only this particular form of the CarH protein (light-exposed CarH) is monomeric.

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要素

#1: タンパク質 Light-dependent transcriptional regulator CarH


分子量: 33323.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_P0056 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star pLysS / 参照: UniProt: Q746J7
#2: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 3.4 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→100 Å / Num. obs: 18067 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 26.8
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JML

2jml


解像度: 2.65→89.74 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 896 4.96 %Random selection
Rwork0.172 ---
obs0.174 18061 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→89.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2090 0 99 19 2208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7293071
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.559872
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004421
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6502-2.81620.34741450.30262809X-RAY DIFFRACTION100
2.8162-3.03370.321520.25282795X-RAY DIFFRACTION100
3.0337-3.3390.26461620.21292825X-RAY DIFFRACTION100
3.339-3.82210.20381390.17122853X-RAY DIFFRACTION100
3.8221-4.81540.16821580.14332859X-RAY DIFFRACTION100
4.8154-89.79040.17991400.15853024X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.786 Å / Origin y: 4.4298 Å / Origin z: -52.9519 Å
111213212223313233
T0.7864 Å2-0.1881 Å2-0.0764 Å2-0.5907 Å2-0.0284 Å2--0.5711 Å2
L1.5618 °2-0.7518 °20.3808 °2-3.3027 °2-0.709 °2--1.8068 °2
S-0.1032 Å °-0.2439 Å °0.1441 Å °0.8324 Å °-0.1536 Å °-0.3836 Å °-0.2414 Å °0.1617 Å °0.2719 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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