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- PDB-5c79: PH domain of ASAP1 in complex with diC4-PtdIns(4,5)P2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c79
タイトルPH domain of ASAP1 in complex with diC4-PtdIns(4,5)P2
要素Arf-GAP
キーワードSIGNALING PROTEIN / PH domain / diC4-PtdIns(4 / 5)P2
機能・相同性
機能・相同性情報


VxPx cargo-targeting to cilium / positive regulation of membrane tubulation / negative regulation of dendritic spine development / protein localization to cilium / podosome / regulation of postsynapse organization / phosphatidylserine binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / cilium assembly / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding ...VxPx cargo-targeting to cilium / positive regulation of membrane tubulation / negative regulation of dendritic spine development / protein localization to cilium / podosome / regulation of postsynapse organization / phosphatidylserine binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / cilium assembly / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / GTPase activator activity / trans-Golgi network membrane / dendritic spine / Golgi membrane / glutamatergic synapse / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ASAP1, BAR domain / ASAP1, SH3 domain / ASAP, PH domain / Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein / BAR domain of APPL family / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF ...ASAP1, BAR domain / ASAP1, SH3 domain / ASAP, PH domain / Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein / BAR domain of APPL family / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PBU / Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Xia, D. / Tang, W.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Molecular Basis for Cooperative Binding of Anionic Phospholipids to the PH Domain of the Arf GAP ASAP1.
著者: Jian, X. / Tang, W.K. / Zhai, P. / Roy, N.S. / Luo, R. / Gruschus, J.M. / Yohe, M.E. / Chen, P.W. / Li, Y. / Byrd, R.A. / Xia, D. / Randazzo, P.A.
履歴
登録2015年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22016年3月16日Group: Data collection
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arf-GAP
B: Arf-GAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4456
ポリマ－34,5062
非ポリマー1,9394
水3,999222
1
A: Arf-GAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8882
ポリマ－17,2531
非ポリマー6341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Arf-GAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5574
ポリマ－17,2531
非ポリマー1,3043
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.543, 64.697, 44.428
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 334 - 435 / Label seq-ID: 33 - 134

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Arf-GAP / 130 kDa phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate-dependent ARF1 GTPase-activating protein / ADP- ...130 kDa phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate-dependent ARF1 GTPase-activating protein / ADP-ribosylation factor-directed GTPase-activating protein 1 / ARF GTPase-activating protein 1 / Development and differentiation-enhancing factor 1 / Differentiation-enhancing factor 1 / PIP2-dependent ARF1 GAP


分子量: 17253.229 Da / 分子数: 2 / 断片: PH domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Asap1, Ddef1, Kiaa1249, Shag1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QWY8
#2: 化合物 ChemComp-PBU / (2R)-3-{[(R)-HYDROXY{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-TRIHYDROXY-4,5-BIS(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL]OXY}PROPANE-1 ,2-DIYL DIBUTANOATE / di-butanoyl L-alpha-phosphatidyl-D-myo-inositol 4,5-bisphosphate / di-C4-PIP2


分子量: 634.354 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H33O19P3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.96 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES, pH 7.5, 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 27403 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 15.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.6→44.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.556 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23345 1373 5 %RANDOM
Rwork0.19844 ---
obs0.20018 26014 97.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.516 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å2-0.32 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1665 0 118 222 2005
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191810
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021730
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8892.0192442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.30934006
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9245205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.35824.7580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.83215334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.761510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021919
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02391
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2582.531826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2572.528825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6943.7851029
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6923.7881030
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8293.026984
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8283.028985
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4894.391414
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.73121.4652110
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.68621.0591996
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10734 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.17 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.596→1.637 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.486 79 -
Rwork0.474 1447 -
obs--72.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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