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万見
- PDB-5c71: The structure of Aspergillus oryzae a-glucuronidase complexed wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c71
タイトルThe structure of Aspergillus oryzae a-glucuronidase complexed with glycyrrhetinic acid monoglucuronide
要素Glucuronidase
キーワードHYDROLASE / beta-glucuronidase / glycyrrhetinic acid monoglucuronide
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-mannosidase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 ...Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CBW / alpha-D-glucopyranuronic acid / beta-mannosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Sun, H.L. / Lv, B. / Huang, S. / Li, C. / Jiang, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-guided engineering of the substrate specificity of a fungal beta-glucuronidase toward triterpenoid saponins.
著者: Lv, B. / Sun, H. / Huang, S. / Feng, X. / Jiang, T. / Li, C.
履歴
登録2015年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年3月1日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2 / entity / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_mutation / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucuronidase
B: Glucuronidase
C: Glucuronidase
D: Glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,3118
ポリマ－284,9814
非ポリマー1,3304
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15410 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area78490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.068, 96.231, 96.192
Angle α, β, γ (deg.)88.270, 74.360, 71.130
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Glucuronidase


分子量: 71245.359 Da / 分子数: 4 / 変異: E414D, E505D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 株: Li-3 / 遺伝子: Pgus / プラスミド: PET28A
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A7XS03, beta-mannosidase
#2: 化合物 ChemComp-CBW / (3BETA,5BETA,14BETA)-3-HYDROXY-11-OXOOLEAN-12-EN-29-OIC ACID / グリチルレチン酸


分子量: 470.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H46O4 / コメント: 抗炎症剤*YM
#3: 糖 ChemComp-GCU / alpha-D-glucopyranuronic acid / alpha-D-glucuronic acid / D-glucuronic acid / glucuronic acid / α-D-グルコピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
DGlcpAaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS EU095019.1 FOR THIS SEQUENCE. N-TERMINAL RESIDUES MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQGRGS ARE EXPRESSION TAGS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.72 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1M Succinic acid / PH範囲: 6.9-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→50 Å / Num. obs: 92474 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 19.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 0.925 / Net I/av σ(I): 24.386 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 362238
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.61-2.663.90.15744360.8293.4
2.66-2.73.90.15545490.85498.1
2.7-2.7640.14646560.83898.1
2.76-2.8140.12746300.84498.3
2.81-2.873.90.11646060.89698.3
2.87-2.943.90.10246350.9398.4
2.94-3.013.90.09246620.92998.4
3.01-3.093.90.08546440.94998.5
3.09-3.193.90.07346560.9698.6
3.19-3.293.90.06646260.96898.4
3.29-3.413.90.0646250.95798.8
3.41-3.543.90.05446741.01598.5
3.54-3.73.90.0546071.01698.7
3.7-3.93.90.04746060.99198.7
3.9-4.143.90.04347140.9698.8
4.14-4.463.90.04146310.9698.9
4.46-4.913.90.0446410.96698.8
4.91-5.623.90.04346491.0298.5
5.62-7.083.90.04445820.87397.8
7.08-503.80.03146450.74798.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000data processing
AMoRE位相決定
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C70

5c70


解像度: 2.62→46.226 Å / FOM work R set: 0.825 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 25.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 4537 4.91 %
Rwork0.1869 87791 -
obs0.1899 92328 97.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.21 Å2 / Biso mean: 14.51 Å2 / Biso min: 0.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.62→46.226 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18572 0 92 180 18844
Biso mean--65.22 11.76 -
残基数----2330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01419156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.74726128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0962866
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083374
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1926814
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6197-2.64950.35481410.2342647278888
2.6495-2.68060.30681430.22082973311698
2.6806-2.71330.30821520.22142870302298
2.7133-2.74770.30241420.2182980312298
2.7477-2.78380.31041280.2222891301998
2.7838-2.82190.30351720.21052947311998
2.8219-2.86220.30811590.21852899305898
2.8622-2.9050.31121570.20782988314598
2.905-2.95040.28291460.2142892303898
2.9504-2.99870.29471800.21152980316098
2.9987-3.05040.33251410.21752893303498
3.0504-3.10590.29981500.22092990314099
3.1059-3.16560.27451360.20762903303998
3.1656-3.23020.28231430.19712977312098
3.2302-3.30040.271540.1962944309898
3.3004-3.37720.28641520.21152918307099
3.3772-3.46160.2751610.19572952311399
3.4616-3.55520.25521590.18782982314199
3.5552-3.65970.25521470.18152903305099
3.6597-3.77780.22131600.17942904306499
3.7778-3.91280.21721660.16812933309999
3.9128-4.06930.20971460.16612959310599
4.0693-4.25440.20041360.15312983311999
4.2544-4.47850.1661480.14312976312499
4.4785-4.75890.18921740.14632929310399
4.7589-5.12590.20051590.16012941310099
5.1259-5.64090.21971260.16852970309698
5.6409-6.45530.23531660.18822924309098
6.4553-8.12570.1971490.18282876302597
8.1257-46.23280.17261440.16352867301196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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