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- PDB-5c6w: anti-CXCL13 scFv - E10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c6w
タイトルanti-CXCL13 scFv - E10
要素Protein IGHV1-69-2,Ig lambda chain V-II region NIG-84
キーワードIMMUNE SYSTEM / anti-CXCL13 / scFv
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Immunoglobulin heavy variable 1-69D / Immunoglobulin lambda variable 2-14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Tu, C. / Bard, J. / Mosyak, L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Optimization of a scFv-based biotherapeutic by CDR side-chain clash repair
著者: Tu, C. / Terraube, V. / Tam, A. / Stochaj, W. / Fennell, B. / Lin, L. / Stahl, M. / LaVallie, E. / Somers, W. / Finlay, W. / Mosyak, L. / Bard, J. / Cunningham, O.
履歴
登録2015年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Protein IGHV1-69-2,Ig lambda chain V-II region NIG-84
J: Protein IGHV1-69-2,Ig lambda chain V-II region NIG-84
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,68744
ポリマ－54,9822
非ポリマー2,70542
水10,070559
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.980, 80.360, 119.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Dimer confirmed by SEC

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要素

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抗体 , 1種, 2分子 HJ

#1: 抗体 Protein IGHV1-69-2,Ig lambda chain V-II region NIG-84


分子量: 27490.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293 / 遺伝子: IGHV1-69-2 / 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: A0A0B4J2H0, UniProt: P04209

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非ポリマー , 5種, 601分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: very nice bi-pyramid
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 2000 mM (NH4)2SO4 / PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 98395 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 22.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 1.54→1.63 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JUY

3juy


解像度: 1.54→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9691 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9688 / SU R Cruickshank DPI: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.059 / SU Rfree Blow DPI: 0.056 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.054
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1635 4903 4.99 %RANDOM
Rwork0.1539 ---
obs0.1544 98308 98.32 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.108 Å20 Å20 Å2
2--0.4663 Å20 Å2
3---1.6416 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.155 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.54→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3717 0 161 559 4437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013960HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.095390HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1325SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes81HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes609HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3960HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.82
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion529SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5031SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 296 5.01 %
Rwork0.1986 5615 -
all0.2002 5911 -
obs--98.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.99590.28650.69440.55420.6211.69430.041-0.12480.0016-0.01020.01520.0454-0.0017-0.2184-0.05620.116-0.0033-0.02290.15090.00040.1187heavy chain-28.4043-6.1094-53.4505
21.3634-0.02180.33441.2363-0.09110.4741-0.0002-0.02180.0148-0.1416-0.02180.01710.00990.03340.0220.0812-0.00690.00350.1061-0.00490.085light chain-9.5765-15.1522-56.4033
30.71620.15050.19150.75080.13410.79440.0149-0.00960.0142-0.04990.04280.0377-0.1085-0.0201-0.05770.1096-0.007-0.00660.0533-0.00730.0633heavy chain-6.62118.1409-30.9871
40.6179-0.03320.26222.1047-0.11811.4636-0.0253-0.0741-0.0071-0.0225-0.0044-0.04040.1239-0.05810.02970.1101-0.01060.00370.06640.00770.0889light chain-3.3117-12.642-29.6258
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ H|1 - H|127 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ H|1001 - H|1122 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ J|1 - J|127 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ J|1001 - J|1122 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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