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万見
- PDB-5c6i: Crystal Structure of Gadolinium derivative of HEWL solved using F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c6i
タイトルCrystal Structure of Gadolinium derivative of HEWL solved using Free-Electron Laser radiation
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / lysozyme / XFEL / gadoteridol
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DO3 / GADOLINIUM ATOM / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Galli, L. / Barends, T.R.M. / Son, S.-K. / White, T.A. / Barty, A. / Botha, S. / Boutet, S. / Caleman, C. / Doak, R.B. / Nanao, M.H. ...Galli, L. / Barends, T.R.M. / Son, S.-K. / White, T.A. / Barty, A. / Botha, S. / Boutet, S. / Caleman, C. / Doak, R.B. / Nanao, M.H. / Nass, K. / Shoeman, R.L. / Timneanu, N. / Santra, R. / Schlichting, I. / Chapman, H.N.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2015
タイトル: Towards phasing using high X-ray intensity.
著者: Galli, L. / Son, S.K. / Barends, T.R. / White, T.A. / Barty, A. / Botha, S. / Boutet, S. / Caleman, C. / Doak, R.B. / Nanao, M.H. / Nass, K. / Shoeman, R.L. / Timneanu, N. / Santra, R. / ...著者: Galli, L. / Son, S.K. / Barends, T.R. / White, T.A. / Barty, A. / Botha, S. / Boutet, S. / Caleman, C. / Doak, R.B. / Nanao, M.H. / Nass, K. / Shoeman, R.L. / Timneanu, N. / Santra, R. / Schlichting, I. / Chapman, H.N.
履歴
登録2015年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5969
ポリマ－14,3311
非ポリマー1,2658
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area7000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.200, 79.200, 39.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 19-147 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-DO3 / 10-((2R)-2-HYDROXYPROPYL)-1,4,7,10-TETRAAZACYCLODODECANE 1,4,7-TRIACETIC ACID


分子量: 404.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32N4O7
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウム


分子量: 157.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 3
詳細: 20 % NaCl, 6 % PEG 6000, 1 M Na acetate pH 3.0, stored in 8% NaCl, 0.1 M sodium acetate buffer, pH 4.0, soaked in storage solution + 100 mM gadoteridol, batch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.463 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.463 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→56 Å / Num. obs: 10347 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Net I/σ(I): 18.17

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
CrystFELデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H87

1h87


解像度: 1.9→35.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.14 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2218 984 9.5 %RANDOM
Rwork0.1994 ---
obs0.2015 9361 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.67 Å2 / Biso mean: 32.599 Å2 / Biso min: 18.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→35.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 62 27 1090
Biso mean--47.64 37.03 -
残基数----129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0191083
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6251.9571464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9263.0072292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6255128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.8212350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.82915167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.451511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02271
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 72 -
Rwork0.21 668 -
all-740 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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