PDB-5c69: Crystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F variant PR-DM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c69

タイトル

Crystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F variant PR-DM

要素

Fusion glycoprotein F0,Fibritin

キーワード

VIRAL PROTEIN / class I viral fusion protein / fusion / respiratory syncytial virus / prefusion

機能・相同性

機能・相同性情報

Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated induction of syncytium formation / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)

Enterobacteria phage Ox2 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

McLellan, J.S. / Langedijk, J.P.M.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: A highly stable prefusion RSV F vaccine derived from structural analysis of the fusion mechanism.
著者: Krarup, A. / Truan, D. / Furmanova-Hollenstein, P. / Bogaert, L. / Bouchier, P. / Bisschop, I.J. / Widjojoatmodjo, M.N. / Zahn, R. / Schuitemaker, H. / McLellan, J.S. / Langedijk, J.P.

履歴

登録	2015年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月24日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c69.cif.gz	198.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c69.ent.gz	155.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c69.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/5c69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/5c69	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5c6bC 4mmrS 4zyp C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5c6b-1 1nek-3 6bl3-d 6v3r-d 1nen-3 1bvp-d 5vnw-d 6w2j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Fusion glycoprotein F0,Fibritin

ヘテロ分子

55.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fusion glycoprotein F0,Fibritin

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
334 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	14_444	-y-1/4,-x-1/4,-z-1/4	1
crystal symmetry operation	19_444	-x-1/4,-z-1/4,-y-1/4	1
crystal symmetry operation	24_444	-z-1/4,-y-1/4,-x-1/4	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.820, 167.820, 167.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-610- CL
2	1	A-843- HOH
3	1	A-865- HOH

#1: タンパク質	Fusion glycoprotein F0,Fibritin / Protein F 分子量: 54443.020 Da / 分子数: 1 / 断片: F2 subunit, F1 subunit ectodomain / 変異: N67I, S215P, I379V, M447V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (ウイルス), (組換発現) Enterobacteria phage Ox2 (ファージ) 株: A2 / 遺伝子: wac / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420, UniProt: Q38650
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 / 詳細: 1.24M K/Na tartrate, 0.2M LiSO4, 0.1M CHES pH 9.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792368 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792368 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→46.54 Å / Num. all: 36440 / Num. obs: 36440 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 1.554 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Coot		モデル構築
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MMR

4mmr

解像度: 2.3→46.54 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2167	1834	5.04 %	Random
R_work	0.1803	34550	-	-
obs	0.1821	36384	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 182.42 Å² / B_iso mean: 56.6179 Å² / B_iso min: 26.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→46.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3450	0	66	173	3689
B_iso mean	-	-	106.12	48	-
残基数	-	-	-	-	447

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3572
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.858	4839
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	580
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	599
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.827	1309

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.3004-2.3626	0.2876	131	0.2711	2610	2741
2.3626-2.4321	0.2791	115	0.2486	2618	2733
2.4321-2.5106	0.3116	151	0.2463	2598	2749
2.5106-2.6004	0.2548	140	0.2357	2601	2741
2.6004-2.7045	0.2838	153	0.2268	2611	2764
2.7045-2.8275	0.2559	155	0.2201	2611	2766
2.8275-2.9766	0.2439	125	0.2188	2637	2762
2.9766-3.163	0.2753	132	0.1978	2649	2781
3.163-3.4072	0.2445	150	0.1847	2628	2778
3.4072-3.7499	0.1901	129	0.1558	2686	2815
3.7499-4.2922	0.1639	155	0.1471	2682	2837
4.2922-5.4064	0.1698	139	0.1374	2734	2873
5.4064-46.5544	0.2083	159	0.1758	2885	3044

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.871	5.8587	5.4982	6.6826	5.2512	4.5894	0.113	0.141	-0.422	-0.2532	0.1691	-0.7235	0.0886	0.8015	-0.3996	0.3161	0.0926	0.0419	0.3697	0.0851	0.4639	36.1054	0.0062	11.4558
2	8.3892	0.0279	2.7712	1.098	-1.0874	2.8738	-0.2235	1.1921	0.1791	-0.2435	0.0462	0.0136	0.0757	0.4278	0.1102	0.3546	-0.0452	0.0574	0.3518	-0.0735	0.2599	12.9551	6.9513	-14.213
3	1.7543	-3.0208	0.905	5.3284	-1.6012	3.4776	0.562	-0.2742	-0.6363	0.7325	-0.3216	0.5389	-0.2698	0.2678	-0.2367	1.1381	-0.0041	-0.3592	1.392	0.0572	1.414	-21.1889	6.7549	-24.0065
4	2.063	-0.296	-0.53	0.2411	0.8533	3.1801	-0.4845	0.7867	0.9137	-0.7499	-0.3276	-1.3969	-1.1831	0.4278	0.784	0.8312	-0.2147	0.012	0.9821	0.0232	0.968	-30.17	-4.0693	-22.856
5	8.3964	6.4995	5.2475	5.0573	4.0731	3.3074	0.133	0.0527	0.8478	0.0824	-0.3039	1.125	-0.1619	-0.4798	0.2027	0.466	-0.0291	-0.0441	0.4913	-0.0365	0.608	-16.1992	3.469	-15.69
6	5.6948	3.065	-3.2589	8.9756	1.6097	3.8957	0.7875	0.752	-0.0749	-1.0176	-0.8574	2.0765	-0.4663	-0.4593	-0.0097	1.1816	0.5395	-0.262	1.4374	0.0587	1.118	0.8455	18.2729	-6.9703
7	2.5302	1.763	0.7252	2.9557	0.7285	2.2608	-0.6147	1.0091	0.303	-1.0806	0.5168	0.4703	-0.3934	0.2116	0.0838	0.6137	-0.0325	-0.0262	0.5949	0.0582	0.3921	-0.8666	8.7379	-22.0988
8	3.0295	0.2772	1.4643	0.9616	0.2593	1.3426	-0.0263	0.3813	-0.1544	-0.169	0.0082	-0.0347	0.1439	0.0203	0.0277	0.3001	-0.0331	0.0568	0.2556	-0.0044	0.2496	10.0811	2.9293	-8.4546
9	1.0574	0.1871	-0.0656	1.5431	-0.8792	3.2274	0.0279	-0.033	-0.051	0.1623	-0.0283	-0.3139	-0.1759	0.3267	-0.0067	0.2458	0.0125	-0.0076	0.3205	0.0289	0.3595	30.7882	5.6258	15.9772

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 42 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 62 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 67 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 68 through 73 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 74 through 98 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 99 through 103 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 137 through 216 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 217 through 331 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 332 through 506 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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