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万見
- PDB-5c5v: Recombinant Inorganic Pyrophosphatase from T brucei brucei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c5v
タイトルRecombinant Inorganic Pyrophosphatase from T brucei brucei
要素Acidocalcisomal pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / EF-hand / PPase domain / Ca binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrophosphatase activity / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / post-transcriptional regulation of gene expression / magnesium ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / EF-hand domain pair / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDODIPHOSPHORIC ACID / BROMIDE ION / inorganic diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Jamwal, A. / Yogavel, M. / Sharma, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology,Government of India インド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Highlights of Vacuolar Soluble Protein 1 from Pathogen Trypanosoma brucei brucei
著者: Jamwal, A. / Round, A.R. / Bannwarth, L. / Venien-Bryan, C. / Belrhali, H. / Yogavel, M. / Sharma, A.
履歴
登録2015年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22016年1月27日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acidocalcisomal pyrophosphatase
B: Acidocalcisomal pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,51620
ポリマ－79,6132
非ポリマー90318
水3,567198
1
A: Acidocalcisomal pyrophosphatase
B: Acidocalcisomal pyrophosphatase
ヘテロ分子

A: Acidocalcisomal pyrophosphatase
B: Acidocalcisomal pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,03340
ポリマ－159,2274
非ポリマー1,80636
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_685-x+1,-y+3,z1
Buried area19840 Å2
ΔGint-343 kcal/mol
Surface area54120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.210, 104.210, 215.513
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segidA0
211chain B and segidB0

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acidocalcisomal pyrophosphatase


分子量: 39806.672 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 73-414 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb11.02.4910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q384W5

-
非ポリマー , 6種, 216分子

#2: 化合物 ChemComp-2PN / IMIDODIPHOSPHORIC ACID / イミドジホスファ-ト


分子量: 176.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H5NO6P2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Single Cuboid shaped crystal 9 % PEG 8000, 18 % ethylene glycol, 0.02 M halide, 0.1 M bicine/trizma pH 8.0 and 0. 1 M spermine tetrahydrochloride
PH範囲: 8.0-8.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 50422 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 56.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 0.942 / Net I/av σ(I): 32.065 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 547845
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.35-2.39110.65824730.9130.2030.690.632100
2.39-2.43110.51524850.9390.1590.540.628100
2.43-2.48110.51224860.9440.1590.5370.644100
2.48-2.5311.10.4424660.9590.1350.4620.656100
2.53-2.59110.3424690.9730.1040.3560.684100
2.59-2.65110.28724900.9850.0880.30.68100
2.65-2.7111.10.26124760.9850.080.2740.697100
2.71-2.7911.10.20324900.9880.0620.2130.729100
2.79-2.8711.10.16925020.9930.0510.1770.785100
2.87-2.9611.10.13124870.9960.040.1380.855100
2.96-3.0711.10.11525200.9960.0350.1210.892100
3.07-3.1911.10.09724980.9970.030.1020.981100
3.19-3.3311.10.07925070.9980.0240.0821.116100
3.33-3.51110.07225140.9990.0220.0761.347100
3.51-3.73110.06925370.9980.0210.0721.297100
3.73-4.0210.80.0725420.9980.0210.0731.354100
4.02-4.4210.40.07125460.9980.0230.0751.249100
4.42-5.0610.20.06925720.9970.0220.0731.2299.9
5.06-6.3710.60.05326170.9980.0170.0561.243100
6.37-509.80.03527450.9990.0110.0371.15298

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→39.83 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2382 1964 3.97 %
Rwork0.199 47507 -
obs0.2006 49471 98.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.65 Å2 / Biso mean: 64.4024 Å2 / Biso min: 18.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→39.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5529 0 45 200 5774
Biso mean--55.6 61.23 -
残基数----684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0617725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044797
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005984
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5732092
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3307X-RAY DIFFRACTION7.301TORSIONAL
12B3307X-RAY DIFFRACTION7.301TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3479-2.40660.33081300.28433180331094
2.4066-2.47160.27151340.25983245337995
2.4716-2.54440.28921340.25983285341996
2.5444-2.62650.28851380.24813283342197
2.6265-2.72030.30141360.25833330346698
2.7203-2.82920.3221390.25523354349398
2.8292-2.95790.22991410.24083363350499
2.9579-3.11380.31431410.23873404354599
3.1138-3.30880.25771420.244734263568100
3.3088-3.56420.261430.21234363579100
3.5642-3.92260.21361420.189634663608100
3.9226-4.48950.21461440.169434883632100
4.4895-5.65370.20591470.163435453692100
5.6537-39.83580.21871530.17423702385599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 48.4145 Å / Origin y: 166.0983 Å / Origin z: 48.7385 Å
111213212223313233
T0.2833 Å2-0.0445 Å20.0122 Å2-0.4601 Å2-0.0241 Å2--0.4717 Å2
L0.4441 °20.022 °20.0068 °2-0.5217 °2-0.0278 °2--1.1863 °2
S0.0806 Å °-0.0894 Å °-0.0192 Å °0.0283 Å °-0.1211 Å °-0.008 Å °-0.0141 Å °0.0356 Å °0.0354 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA73 - 414
2X-RAY DIFFRACTION1allB73 - 414
3X-RAY DIFFRACTION1allC415 - 416
4X-RAY DIFFRACTION1allD417 - 424
5X-RAY DIFFRACTION1allE7 - 427
6X-RAY DIFFRACTION1allF3 - 6
7X-RAY DIFFRACTION1allF7
8X-RAY DIFFRACTION1allF10
9X-RAY DIFFRACTION1allF11
10X-RAY DIFFRACTION1allG3
11X-RAY DIFFRACTION1allH1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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