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万見
- PDB-5c5u: The crystal structure of viral collagen prolyl hydroxylase vCPH f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c5u
タイトルThe crystal structure of viral collagen prolyl hydroxylase vCPH from Paramecium Bursaria Chlorella virus-1 - Truncated Construct
要素Prolyl 4-hydroxylase
キーワードHYDROLASE / dioxygenase / prolyl hydroxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ascorbic acid binding / dioxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / iron ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Prolyl 4-hydroxylase / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / q2cbj1_9rhob like domain / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Jelly Rolls ...Prolyl 4-hydroxylase / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / q2cbj1_9rhob like domain / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Prolyl 4-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Longbotham, J.E. / Levy, C.W. / Johannisen, L.O. / Tarhonskaya, H. / Jiang, S. / Loenarz, C. / Flashman, E. / Hay, S. / Schofiled, C.J. / Scrutton, N.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
英国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structure and Mechanism of a Viral Collagen Prolyl Hydroxylase.
著者: Longbotham, J.E. / Levy, C. / Johannissen, L.O. / Tarhonskaya, H. / Jiang, S. / Loenarz, C. / Flashman, E. / Hay, S. / Schofield, C.J. / Scrutton, N.S.
履歴
登録2015年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl 4-hydroxylase
B: Prolyl 4-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,90616
ポリマ－51,7372
非ポリマー16914
水9,476526
1
A: Prolyl 4-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9238
ポリマ－25,8681
非ポリマー557
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Prolyl 4-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9828
ポリマ－25,8681
非ポリマー1147
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.770, 157.670, 41.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Prolyl 4-hydroxylase


分子量: 25868.334 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 36-242 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
遺伝子: A085R / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84406
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: vCPH was concentrated to 30 mg/ml in 100 mM HEPES, pH 7.5, before being supplemented with 1.1 mM MnCl2. Crystals of vCPH were grown by sitting drop vapour diffusion, incubated at 4 C and ...詳細: vCPH was concentrated to 30 mg/ml in 100 mM HEPES, pH 7.5, before being supplemented with 1.1 mM MnCl2. Crystals of vCPH were grown by sitting drop vapour diffusion, incubated at 4 C and arose from a reservoir solution containing 0.1 M [Imidazole; MES monohydrate (acid)], 0.1 M amino acids [0.2 M L-Na-Glutamate; 0.2 M Alanine (racemic); 0.2 M Glycine; 0.2M Lysine HCL (racemic); 0.2 M Serine (racemic)], 30 % PEGMME 550 PEG 20K pH 6.5 [Morpheus HT96 condition H1, Molecular Dimensions].

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→28.4 Å / Num. obs: 44328 / % possible obs: 94.56 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 10.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1977精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JIG

2jig


解像度: 1.7→28.4 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 28.94 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2024 2085 4.7 %
Rwork0.156 --
obs0.163 44328 94.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3045 0 17 526 3588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8724208
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6981191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7019-1.74440.26821240.22672392X-RAY DIFFRACTION73
1.7444-1.79160.23721390.21712929X-RAY DIFFRACTION86
1.7916-1.84430.23381450.19543089X-RAY DIFFRACTION93
1.8443-1.90380.23181470.18813111X-RAY DIFFRACTION94
1.9038-1.97180.23651570.17513177X-RAY DIFFRACTION94
1.9718-2.05070.20131450.17623034X-RAY DIFFRACTION92
2.0507-2.1440.22211370.16063004X-RAY DIFFRACTION90
2.144-2.2570.24521360.16612864X-RAY DIFFRACTION85
2.257-2.39830.22971380.15583045X-RAY DIFFRACTION91
2.3983-2.58330.21261500.15373068X-RAY DIFFRACTION93
2.5833-2.8430.1811400.15683154X-RAY DIFFRACTION94
2.843-3.25370.20231430.15243085X-RAY DIFFRACTION93
3.2537-4.09670.19091530.14633183X-RAY DIFFRACTION94
4.0967-25.72660.17881490.14033164X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.85371.30560.92932.90611.89652.51250.0508-0.4065-0.77480.58060.03-0.47750.50340.4201-0.28780.17770.0409-0.00520.19810.03630.251218.05459.082616.9886
20.83850.1412-0.0240.9004-0.20240.7340.0139-0.00230.0022-0.0006-0.009-0.01660.0092-0.0155-0.00480.03170.0158-0.00630.0638-0.00590.060140.085721.153617.1022
31.8181-0.7437-0.36860.9540.73950.60810.0514-0.07090.49330.0018-0.0501-0.0811-0.29690.0472-0.10740.1333-0.0086-0.03450.10.01320.1911.259868.9882-1.6982
41.5702-0.45330.24571.3504-0.36350.73310.04080.073-0.0357-0.0602-0.0447-0.02510.00360.01140.01020.0441-0.0091-0.00840.08920.00440.05827.479153.7931-6.9785
51.01440.1397-0.05840.706-0.16490.92060.0363-0.01690.05040.0633-0.02170.0164-0.0734-0.0053-0.01460.0261-0.0036-0.01270.07250.00720.079820.32159.49641.8174
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 34 through 46 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 241 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 33 through 46 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 47 through 138 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 139 through 242 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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