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万見
- PDB-5c5c: Human metabotropic glutamate receptor 7, extracellular ligand bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c5c
タイトルHuman metabotropic glutamate receptor 7, extracellular ligand binding domain
要素Metabotropic glutamate receptor 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / GLUTAMATE RECEPTORS / GLUTAMIC ACID BINDING / MGLUR7 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


group III metabotropic glutamate receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / adenylate cyclase inhibitor activity / glycosylation / negative regulation of glutamate secretion / serine binding / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / glutamate binding ...group III metabotropic glutamate receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / adenylate cyclase inhibitor activity / glycosylation / negative regulation of glutamate secretion / serine binding / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / glutamate binding / axon development / presynaptic active zone / asymmetric synapse / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / dendritic shaft / PDZ domain binding / sensory perception of sound / cell cortex / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / receptor complex / protein dimerization activity / axon / calcium ion binding / dendrite / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 7 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 7 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Response regulator / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metabotropic glutamate receptor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.862 Å
データ登録者Dong, A. / Dobrovetsky, E. / Hutchinson, A. / Tempel, W. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Human metabotropic glutamate receptor 7, extracellular ligand binding domain
著者: Dobrovetsky, E. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Tempel, W. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2015年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / citation_author / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _audit_author.pdbx_ordinal / _chem_comp.name ..._audit_author.pdbx_ordinal / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation_author.ordinal / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metabotropic glutamate receptor 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,00716
ポリマ－53,6131
非ポリマー39315
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.175, 101.203, 55.318
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.460, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 7 / mGluR7


分子量: 53613.152 Da / 分子数: 1 / 変異: C249S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRM7, GPRC1G, MGLUR7 / プラスミド: pFHMSP-LIC-N
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q14831
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 95分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M K2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 44656 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.011 / Net I/av σ(I): 36.25 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 297932
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.86-1.8960.78120850.8420.3350.8520.71891.4
1.89-1.936.20.59521500.9030.2520.6470.72294.5
1.93-1.966.40.50421890.9350.2110.5470.74895.8
1.96-26.60.4621790.9450.1910.4980.73896.9
2-2.056.80.34822740.9650.1440.3770.7697.6
2.05-2.096.80.29422030.9790.1210.3180.79497.4
2.09-2.156.80.23622160.9850.0970.2550.8197.7
2.15-2.216.90.19122350.9890.0790.2070.81897.6
2.21-2.276.90.16922190.9910.070.1830.84498.1
2.27-2.346.80.14322430.9940.0590.1550.84298
2.34-2.436.80.12422570.9940.0510.1340.85998.1
2.43-2.526.80.10122550.9960.0420.1090.90598.3
2.52-2.646.80.08122350.9980.0340.0880.91498.5
2.64-2.786.80.0722510.9980.0290.075198.7
2.78-2.956.80.05722550.9980.0240.0621.14998.6
2.95-3.186.80.04922740.9990.020.0531.37299
3.18-3.56.70.04422690.9990.0180.0471.64899.1
3.5-4.016.60.03622780.9990.0150.0391.65799.3
4.01-5.056.50.0323020.9990.0130.0321.38699.5
5.05-506.60.03122870.9980.0140.0341.44597.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.06 Å31.91 Å
Translation2.06 Å31.91 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MQ4

3mq4


解像度: 1.862→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.2512 / WRfactor Rwork: 0.204 / FOM work R set: 0.801 / SU B: 3.605 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.1334 / SU Rfree: 0.1328 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2483 1420 3.2 %RANDOM
Rwork0.2061 ---
obs0.2075 43231 97.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.16 Å2 / Biso mean: 43.798 Å2 / Biso min: 25.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.79 Å20 Å22.57 Å2
2---3.87 Å20 Å2
3----0.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.862→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3236 0 33 83 3352
Biso mean--50.58 45.39 -
残基数----432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193426
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2271.9424681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90937067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6145451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.06924.581155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.6915499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3651518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2414.4951780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2394.4931779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5976.7172233
LS精密化 シェル解像度: 1.862→1.91 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 97 -
Rwork0.283 2945 -
all-3042 -
obs--90.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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