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- PDB-5c5b: Crystal Structure of Human APPL BAR-PH Heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c5b
タイトルCrystal Structure of Human APPL BAR-PH Heterodimer
要素
  • DCC-interacting protein 13-alpha
  • DCC-interacting protein 13-beta
キーワードPROTEIN TRANSPORT / heterodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / early phagosome membrane / negative regulation of Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / negative regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of macropinocytosis / adiponectin-activated signaling pathway / macropinosome / regulation of fibroblast migration / negative regulation of neural precursor cell proliferation ...negative regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / early phagosome membrane / negative regulation of Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / negative regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of macropinocytosis / adiponectin-activated signaling pathway / macropinosome / regulation of fibroblast migration / negative regulation of neural precursor cell proliferation / cold acclimation / protein kinase B binding / regulation of D-glucose import / maintenance of synapse structure / signaling / positive regulation of melanin biosynthetic process / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of phagocytosis, engulfment / negative regulation of D-glucose import / early phagosome / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / vesicle membrane / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / intracellular vesicle / regulation of innate immune response / phosphatidylserine binding / diet induced thermogenesis / beta-tubulin binding / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / regulation of protein localization to plasma membrane / ruffle / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / phosphatidylinositol binding / positive regulation of D-glucose import / negative regulation of neurogenesis / ruffle membrane / protein import into nucleus / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / glucose homeostasis / presynapse / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / protein homotetramerization / vesicle / postsynapse / early endosome / endosome membrane / endosome / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / APPL1, BAR domain / : / : / : / BAR domain of APPL family / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / BAR domain / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. ...: / APPL1, BAR domain / : / : / : / BAR domain of APPL family / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / BAR domain / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / AH/BAR domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DCC-interacting protein 13-beta / DCC-interacting protein 13-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chen, Y.J. / Chen, B.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
Hong Kong General Research FundHK-GRF 766911 香港
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Human APPL BAR-PH Heterodimer
著者: Chen, Y.J. / Chen, B.
履歴
登録2015年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DCC-interacting protein 13-alpha
B: DCC-interacting protein 13-beta
C: DCC-interacting protein 13-alpha
D: DCC-interacting protein 13-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,0787
ポリマ－170,8014
非ポリマー2763
水41423
1
A: DCC-interacting protein 13-alpha
B: DCC-interacting protein 13-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5854
ポリマ－85,4012
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12180 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area35390 Å2
手法PISA
2
C: DCC-interacting protein 13-alpha
D: DCC-interacting protein 13-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4933
ポリマ－85,4012
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12210 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area35040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.924, 88.542, 147.388
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.650, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12chain B
22chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLYSLYSchain AAA4 - 3754 - 375
21METMETLYSLYSchain CCC4 - 3754 - 375
12ASPASPSERSERchain BBB5 - 3745 - 374
22ASPASPARGARGchain DDD5 - 3755 - 375

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 DCC-interacting protein 13-alpha / Dip13-alpha / Adapter protein containing PH domain / PTB domain and leucine zipper motif 1


分子量: 42966.359 Da / 分子数: 2 / 断片: BAR-PH domain, UNP residues 5-375 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APPL1, APPL, DIP13A, KIAA1428 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UKG1
#2: タンパク質 DCC-interacting protein 13-beta / Dip13-beta / Adapter protein containing PH domain / PTB domain and leucine zipper motif 2


分子量: 42434.359 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-375 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APPL2, DIP13B / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NEU8
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M disodium hydrogen phosphate, 18% (w/v) PEG3350, 100 mM HEPES, and 1 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月28日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 46308 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 14.89
反射 シェルMean I/σ(I) obs: 1.72 / % possible all: 90.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-20000.95データスケーリング
HKL-20000.95データ削減
PHASER2.5.7位相決定
PHENIX1.9-1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→49.077 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2682 2155 5.19 %Random selection
Rwork0.2104 39398 --
obs0.2135 41553 98.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 166.14 Å2 / Biso mean: 68.2411 Å2 / Biso min: 21.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→49.077 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11308 0 18 23 11349
Biso mean--85.76 48.21 -
残基数----1457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511494
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97115537
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381775
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4024236
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3172X-RAY DIFFRACTION5.837TORSIONAL
12C3172X-RAY DIFFRACTION5.837TORSIONAL
21B3243X-RAY DIFFRACTION5.837TORSIONAL
22D3243X-RAY DIFFRACTION5.837TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.96750.34491450.29512572271796
2.9675-3.04170.35961560.29462618277499
3.0417-3.12390.34781560.28212576273299
3.1239-3.21580.38261610.2612608276999
3.2158-3.31960.35411450.25562621276699
3.3196-3.43820.31061250.24482669279499
3.4382-3.57580.29561400.23642644278499
3.5758-3.73850.2891410.22182634277599
3.7385-3.93550.31531290.20982628275799
3.9355-4.1820.24661380.19772635277399
4.182-4.50470.24331510.18122634278599
4.5047-4.95760.23821320.17862637276999
4.9576-5.67410.23651510.18942645279699
5.6741-7.14520.24161430.20726862829100
7.1452-49.08370.17861420.16082591273394

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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