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- PDB-5c55: Crystal structure of the Y138F mutant of C.glutamicum N-acetylneu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c55
タイトルCrystal structure of the Y138F mutant of C.glutamicum N-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate
要素Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase
キーワードLYASE / Complex / Aldolase type TIM barrel / Schiff base intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylneuraminate lyase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity
類似検索 - 分子機能
DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PYRUVIC ACID / Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Shen, Y. / Zhou, J. / Xie, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Y138F mutant of C.glutamicum N-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate
著者: Shen, Y. / Zhou, J. / Xie, J.
履歴
登録2015年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase
B: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,61419
ポリマ－65,4862
非ポリマー1,12817
水6,882382
1
A: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase
B: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase
ヘテロ分子

A: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase
B: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,22838
ポリマ－130,9724
非ポリマー2,25634
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area17620 Å2
ΔGint26 kcal/mol
Surface area39560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.893, 149.959, 143.444
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase


分子量: 32743.055 Da / 分子数: 2 / 変異: Y138F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / 遺伝子: Cgl2646 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NMD2, N-acetylneuraminate lyase

-
非ポリマー , 5種, 399分子

#2: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 32% PEG 3350, 0.6 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 65906 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.14 / Net I/av σ(I): 24.599 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 448127
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.7370.63231620.8680.2490.6811.23895.9
1.73-1.766.90.5332100.8960.210.5721.20696.1
1.76-1.796.90.45632180.9230.1810.4921.21396.5
1.79-1.836.90.39132290.9450.1550.4221.18996.9
1.83-1.876.90.32732550.9560.130.3531.1897.3
1.87-1.916.80.28432220.9670.1130.3071.23697.2
1.91-1.966.80.25832660.9680.1040.2791.24898
1.96-2.026.90.18932520.9840.0760.2041.18697.1
2.02-2.076.80.16932790.9860.0680.1831.28198.5
2.07-2.146.80.14232770.9890.0570.1531.07798
2.14-2.226.80.11832920.9910.0470.1281.05198.3
2.22-2.316.60.11933030.9910.0490.1291.12598.4
2.31-2.416.80.09533270.9940.0380.1021.05599.2
2.41-2.546.80.0933260.9940.0370.0981.02198.7
2.54-2.76.70.08533180.9940.0350.0921.06298.6
2.7-2.916.60.07533550.9950.0320.0821.05399.3
2.91-3.26.50.06733830.9960.0280.0731.17499.4
3.2-3.666.80.05534040.9970.0220.061.02999.4
3.66-4.616.90.04234040.9980.0170.0451.12299.3
4.61-506.90.03534240.9990.0140.0381.06394.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C54

5c54


解像度: 1.7→36.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.709 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1761 3345 5.1 %RANDOM
Rwork0.1443 ---
obs0.1459 62510 97.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.04 Å2 / Biso mean: 26.817 Å2 / Biso min: 17.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1 Å2-0 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→36.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4543 0 72 382 4997
Biso mean--53.57 38.7 -
残基数----613
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0194700
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8551.9686374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.893310479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4915615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.93224.239184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.21515729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9891522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0215321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021005
LS精密化 シェル解像度: 1.693→1.737 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 235 -
Rwork0.205 4384 -
all-4619 -
obs--93.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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