PDB-5c50: Crystal structure of the complex of human Atg101-Atg13 HORMA domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c50

タイトル

Crystal structure of the complex of human Atg101-Atg13 HORMA domain

要素

Autophagy-related protein 101
Autophagy-related protein 13

キーワード

PROTEIN BINDING / complex / autophagy / HORMA domain

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein lipidation / Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / protein kinase regulator activity / phagophore assembly site / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Macroautophagy ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Qi, S. / Hurley, J.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure of the Human Atg13-Atg101 HORMA Heterodimer: an Interaction Hub within the ULK1 Complex.
著者: Qi, S. / Kim, D.J. / Stjepanovic, G. / Hurley, J.H.

履歴

登録	2015年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月21日	Group: Database references
改定 1.2	2015年11月4日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ..._pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name / _software.version
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5c50.ent.gz	199.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	5c50_full_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c50	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3u9d-2 4b2z-1 3q1g-2 3pf7-1 3per-2 3u9z-d 3pf7-2 3sjh-d 3u9d-1 4gyn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (4) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Autophagy-related protein 101

B: Autophagy-related protein 13

ヘテロ分子

45.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.722, 64.447, 94.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.540, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Autophagy-related protein 101 分子量: 22890.082 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG101, C12orf44, PP894 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9BSB4
#2: タンパク質	Autophagy-related protein 13 分子量: 21566.047 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 12-200 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GAMGS is from vector / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG13, KIAA0652 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O75143
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 19% PEG 3350, 0.5 M benzamidine, and 0.2 M lithium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.07207 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月18日

放射

モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.07207 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.3 % / 数: 263036 / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 0.92 / D res high: 1.63 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 49908 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.51	50	1	0.076	0.838	8
2.79	3.51	1	0.107	0.877	8.3
2.43	2.79	1	0.119	0.869	7
2.21	2.43	1	0.095	0.855	4.3
2.05	2.21	1	0.106	0.874	4.3
1.93	2.05	1	0.126	0.946	4.3
1.84	1.93	1	0.16	0.961	4.2
1.76	1.84	1	0.233	1.047	4.2
1.69	1.76	1	0.342	1.091	4.1
1.63	1.69	1	0.486	1.055	3.9

反射

解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 49908 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 24.72 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 0.919 / Net I/av σ(I): 12.891 / Net I/σ(I): 20.6 / Num. measured all: 263036

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
1.63-1.69	3.9	0.486	4942	0.872	0.278	0.562	1.055
1.69-1.76	4.1	0.342	4955	0.936	0.19	0.392	1.091
1.76-1.84	4.2	0.233	4994	0.969	0.129	0.267	1.047
1.84-1.93	4.2	0.16	4985	0.982	0.088	0.183	0.961
1.93-2.05	4.3	0.126	4966	0.984	0.069	0.144	0.946
2.05-2.21	4.3	0.106	4980	0.988	0.058	0.121	0.874
2.21-2.43	4.3	0.095	4977	0.988	0.052	0.109	0.855
2.43-2.79	7	0.119	5002	0.991	0.047	0.129	0.869
2.79-3.51	8.3	0.107	4996	0.993	0.04	0.115	0.877
3.51-50	8	0.076	5111	0.995	0.03	0.082	0.838

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1819	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXDE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Coot		モデル構築
ARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.63→46.653 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1946	2451	4.91 %	Random selection
R_work	0.1761	47451	-	-
obs	0.177	49902	99.4 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 208.61 Å² / B_iso mean: 46.8279 Å² / B_iso min: 14.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.63→46.653 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3048	0	81	197	3326
B_iso mean	-	-	58.33	38.37	-
残基数	-	-	-	-	383

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3178
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.996	4293
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	484
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	546
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.537	1184

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6299-1.6612	0.3401	113	0.2905	2386	2499	89
1.6612-1.6951	0.3005	109	0.2563	2642	2751	100
1.6951-1.732	0.2938	132	0.2477	2679	2811	100
1.732-1.7723	0.2624	149	0.2274	2582	2731	100
1.7723-1.8166	0.2407	156	0.2101	2621	2777	100
1.8166-1.8657	0.2354	148	0.2026	2635	2783	100
1.8657-1.9206	0.2187	128	0.1932	2627	2755	100
1.9206-1.9826	0.2128	130	0.1872	2664	2794	100
1.9826-2.0535	0.2111	158	0.1893	2630	2788	100
2.0535-2.1357	0.192	130	0.1828	2663	2793	100
2.1357-2.2329	0.2081	108	0.1814	2668	2776	100
2.2329-2.3506	0.1675	149	0.1718	2635	2784	100
2.3506-2.4979	0.1976	134	0.1797	2632	2766	100
2.4979-2.6907	0.1969	142	0.1821	2655	2797	100
2.6907-2.9614	0.2035	153	0.1923	2659	2812	100
2.9614-3.3899	0.215	144	0.1851	2659	2803	100
3.3899-4.2704	0.1699	129	0.1573	2688	2817	100
4.2704-46.6724	0.1583	139	0.1421	2726	2865	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1831	1.5144	1.0641	2.5511	1.8013	2.3474	-0.3577	0.4744	-0.4371	-0.4778	0.5466	-0.0246	-0.1936	0.6312	-0.6176	0.2562	-0.0138	-0.0055	0.2348	-0.0093	0.2886	38.5665	25.86	34.9429
2	4.0051	-0.0386	3.439	0.2695	-0.276	3.455	-0.0699	0.2068	0.1025	-0.1252	-0.0111	0.0702	-0.2788	0.1143	0.1846	0.184	0.0135	-0.0185	0.107	0.006	0.1727	36.5621	38.6335	23.4799
3	6.1406	0.6526	5.0069	0.5824	0.3529	8.1212	0.0435	-0.1725	0.0449	-0.0009	0.0126	-0.0111	-0.1456	0.0822	-0.0019	0.1609	0.0077	-0.0092	0.093	0.0131	0.1587	43.7826	42.7954	25.7464
4	3.9474	3.5075	-4.3611	7.7214	-6.9767	6.8125	0.2997	-0.1369	0.1651	0.146	-0.0082	0.2655	-0.6486	-0.0284	-0.2393	0.1943	0.0426	0.0286	0.1572	-0.0314	0.2149	33.0764	43.3301	38.4388
5	3.2046	1.6216	1.2278	3.3459	3.1733	3.0169	-0.0696	-0.1692	-0.153	-0.0533	0.0771	0.092	0.0718	-0.172	0.0326	0.1248	0.001	0.0073	0.1697	0.0222	0.1867	30.7024	31.1117	36.4763
6	2.1373	0.5378	3.4532	2.8599	0.648	5.994	-0.3467	0.3432	0.6264	-0.9641	0.2007	0.966	1.2553	-1.4268	0.3412	0.7493	-0.3984	-0.0431	0.8186	0.0609	0.5658	18.2811	23.3657	18.9454
7	8.1877	5.4658	5.4692	4.8066	3.353	3.6812	0.5176	-0.6984	-0.187	0.4223	-0.3532	-0.1466	0.8082	-0.6685	-0.2077	0.1378	0.0351	-0.001	0.1621	-0.018	0.186	37.0632	30.3866	38.2047
8	6.8254	1.887	4.2053	3.7695	1.1507	3.339	0.0415	-0.3289	-0.125	0.358	-0.0842	-0.0603	0.3009	0.363	-0.1402	0.196	0.002	0.014	0.2261	0.05	0.2174	50.5958	33.091	38.5812
9	9.2177	-3.5042	4.7314	6.8508	-4.2468	3.76	0.1216	0.3143	-0.2252	-0.6953	0.202	0.2026	0.8428	-0.3821	-0.4632	0.3904	-0.0762	-0.0775	0.392	-0.0511	0.2285	28.3242	29.7877	13.8524
10	9.387	0.9988	0.2295	7.1591	1.2147	7.3626	0.0584	0.1308	0.4434	-0.2543	0.1513	0.3256	-0.5923	-0.3719	-0.1533	0.2012	0.0066	-0.0379	0.1911	0.0047	0.1629	30.0978	40.263	19.2569
11	5.8334	3.584	-3.0288	9.1604	-5.577	3.5407	0.021	-0.401	-0.3243	0.1427	-0.3058	0.0379	0.3839	0.2392	0.2142	0.1365	0.0563	0.0272	0.2154	-0.0024	0.2092	29.412	32.6125	39.2583
12	5.7318	2.5057	3.0386	5.612	3.0438	2.6614	-0.1706	0.8884	-0.3782	-0.3721	0.1823	-0.0204	0.041	0.4787	-0.0024	0.1985	-0.0351	0.0307	0.2736	-0.0485	0.1722	53.4369	36.3129	10.1087
13	6.224	1.8526	5.281	5.8223	2.5401	4.6579	-0.4978	-0.2119	0.7517	-0.0245	0.0719	0.1117	-0.626	-0.2327	0.8033	0.2904	-0.0314	-0.0109	0.2003	0.0243	0.26	49.3066	49.0165	21.6629
14	3.5655	0.593	-3.7906	2.0972	1.2153	6.0047	-0.0178	1.0871	0.7059	-0.3985	-0.1207	0.3764	-0.8518	-0.2969	0.2358	0.3404	0.0003	-0.0657	0.3394	0.0451	0.2756	45.7764	44.0171	10.4349
15	4.9044	-1.9244	-0.0659	9.4003	-0.1086	4.7425	-0.158	1.2057	-0.3418	-0.8191	-0.3071	-0.4779	0.4543	0.5488	0.2317	0.39	-0.0409	0.1928	0.5926	-0.0569	0.3401	62.5843	35.3079	6.5278
16	4.0002	4.7066	4.2442	8.715	6.4499	8.613	-0.1212	0.5567	-0.5403	-0.0156	0.3646	-0.6945	0.2402	0.77	-0.4073	0.1912	0.0605	0.0501	0.2428	0.0059	0.3218	67.1517	34.4462	21.689
17	3.2589	-2.5487	-1.718	4.9274	-1.3524	3.4001	0.0983	2.1281	-0.8157	-1.6713	0.68	0.9121	0.7656	-0.6371	-0.6503	1.0588	-0.2083	-0.0079	0.8237	-0.2285	1.1086	46.4885	18.3675	5.961
18	7.5258	3.7066	4.8071	5.9381	3.6794	4.2625	-0.2723	0.5062	-0.2059	-0.4923	0.0945	0.2641	0.1801	-0.3497	0.1385	0.2459	-0.0741	0.012	0.2682	-0.0445	0.205	45.8122	32.9556	16.0138
19	9.4705	4.044	-5.0141	9.3707	-4.6405	3.6639	-0.3355	-0.4124	-0.1882	0.1119	0.1985	-0.2018	0.4363	0.2422	0.1159	0.2073	0.0292	-0.0171	0.1927	-0.0137	0.1908	59.1913	40.6414	31.3644
20	3.4836	1.2947	0.8853	1.6692	0.8371	4.4524	-0.217	0.2626	-0.3332	0.0916	0.2425	-0.5152	0.3987	0.5918	-0.029	0.1761	0.0644	0.0568	0.282	0.0166	0.3216	68.2609	34.3719	22.5475
21	6.4623	0.7148	0.9891	3.1985	-0.0173	5.3483	-0.487	0.0854	-0.7411	0.1546	0.1388	-0.2528	0.3468	0.1208	0.1458	0.4212	0.0502	0.1339	0.1513	-0	0.363	58.0213	26.6616	21.9232

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 13 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 44 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 45 through 69 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 70 through 89 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 90 through 105 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 106 through 115 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 116 through 133 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 134 through 161 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 162 through 176 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 177 through 189 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 190 through 198 )	A
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid -1 through 32 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 33 through 42 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 43 through 58 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 59 through 78 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 79 through 103 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 104 through 113 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 114 through 133 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 134 through 143 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 144 through 168 )	B
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 169 through 195 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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