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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c4y
タイトルCrystal structure of putative TetR family transcription factor from Listeria monocytogenes
要素Putative transcription regulator Lmo0852
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Transcriptional factor / Listeria monocytogenes
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Chang, C. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of putative TetR family transcription factor from Listeria monocytogenes
著者: Chang, C. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2015年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_related / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transcription regulator Lmo0852
B: Putative transcription regulator Lmo0852
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8564
ポリマ-42,7322
非ポリマー1242
3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.697, 52.169, 50.403
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative transcription regulator Lmo0852


分子量: 21365.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (バクテリア)
: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo0852 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8P4
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 12% PEG6000, 2.0M sodium chlorode

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月2日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 47069 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 18.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 0.907 / Net I/av σ(I): 30.585 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 297155
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.77-1.84.40.42220700.88287.5
1.8-1.8350.41721460.89991.6
1.83-1.875.70.39523290.995.9
1.87-1.9160.36522910.92898.8
1.91-1.956.30.29923810.92799.9
1.95-1.996.50.25723720.989100
1.99-2.046.60.23223790.964100
2.04-2.16.60.1823730.989100
2.1-2.166.60.13123570.958100
2.16-2.236.60.10723830.958100
2.23-2.316.60.0923750.926100
2.31-2.46.60.07924110.886100
2.4-2.516.60.06623760.865100
2.51-2.646.60.05623730.822100
2.64-2.816.60.04923960.784100
2.81-3.036.60.04423860.815100
3.03-3.336.60.04324041.032100
3.33-3.816.50.04123971.304100
3.81-4.86.40.02724430.759100
4.8-506.30.02224270.53397.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX(dev_2056: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
SBC-Collectデータ収集
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→33.838 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.32 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2062 3486 5.13 %random
Rwork0.162 64433 --
obs0.1643 42896 72.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.47 Å2 / Biso mean: 37.0194 Å2 / Biso min: 7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→33.838 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2201 0 8 170 2379
Biso mean--57.03 39.64 -
残基数----272
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0162478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5783368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008442
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5281504
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.769-1.79320.2443370.190882986623
1.7932-1.81880.1902620.14461015107729
1.8188-1.8460.1748640.12841159122333
1.846-1.87480.1655780.12621349142738
1.8748-1.90550.1472790.131445152441
1.9055-1.93840.1311710.11891636170745
1.9384-1.97360.1788810.11381681176248
1.9736-2.01160.1551050.11321867197252
2.0116-2.05270.16261150.1251936205156
2.0527-2.09730.14931290.11572319244863
2.0973-2.14610.1641180.11512516263470
2.1461-2.19970.13231550.11542728288376
2.1997-2.25920.12311570.10272859301681
2.2592-2.32560.16591460.11363009315585
2.3256-2.40070.17542020.11653169337189
2.4007-2.48650.1681710.12683310348192
2.4865-2.5860.18071670.13623383355095
2.586-2.70360.16921490.15923494364397
2.7036-2.84610.21721960.16893470366699
2.8461-3.02430.21731960.17713584378099
3.0243-3.25770.28942090.195936003809100
3.2577-3.58520.22641880.170135023690100
3.5852-4.10320.22672120.164435543766100
4.1032-5.16660.21942320.175435383770100
5.1666-33.84450.25811670.24783481364897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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