PDB-5c4k: APH(2")-IVa in complex with GET (G418) at room temperature

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c4k

タイトル

APH(2")-IVa in complex with GET (G418) at room temperature

要素

APH(2'')-Id

キーワード

TRANSFERASE / Aminoglycoside phosphotransferase / antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus casseliflavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Kaplan, E. / Guichou, J.F. / Berrou, K. / Chaloin, L. / Leban, N. / Lallemand, P. / Barman, T. / Serpersu, E.H. / Lionne, C.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Aminoglycoside binding and catalysis specificity of aminoglycoside 2-phosphotransferase IVa: A thermodynamic, structural and kinetic study.
著者: Kaplan, E. / Guichou, J.F. / Chaloin, L. / Kunzelmann, S. / Leban, N. / Serpersu, E.H. / Lionne, C.

履歴

登録	2015年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月17日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c4k.cif.gz	265.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c4k.ent.gz	218 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c4k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c4k_validation.pdf.gz	724.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c4k_full_validation.pdf.gz	727.8 KB	表示
XML形式データ	5c4k_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	5c4k_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/5c4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/5c4k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5c4lC 4n57S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3n4t-d 5c4l-1 4dfb-1 4dtb-1 6cd7-1 4dt8-2 4dta-2 6cd7-2 4de4-2 4dbx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: APH(2'')-Id

B: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

75.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: APH(2'')-Id

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.703, 64.941, 78.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.730, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 296 / Label seq-ID: 22 - 316

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	APH(2'')-Id 分子量: 37595.852 Da / 分子数: 2 / 変異: E26Q, E30K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア) 遺伝子: aph(2'')-Id / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O68183
#2: 化合物	ChemComp-GET / GENETICIN / G418 / G-418 分子量: 496.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₄₀N₄O₁₀ / コメント: 抗生剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.37 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 12% PEG3350, 50-90 mM Ammonium citrate / PH範囲: 7.0-7.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291.15 K / Ambient temp details: in situ
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→42.44 Å / Num. all: 17997 / Num. obs: 16269 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 2.6
反射シェル	解像度: 2.9→3.05 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4n57

4n57

解像度: 3.05→78.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 40.11 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1992	721	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1591	-	-	-
obs	0.1612	13126	89.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 174.94 Å² / B_iso mean: 90.908 Å² / B_iso min: 41.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.3 Å²	-0 Å²	-0.93 Å²
2-	-	-3.13 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.05→78.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4914	0	34	0	4948
B_iso mean	-	-	123.12	-	-
残基数	-	-	-	-	593

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	5086
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	4810
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.515	1.97	6864
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.978	3	11135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.236	5	595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.484	25	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.388	15	940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.62	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	733
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5676
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.207	3.587	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.205	3.585	2379
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.526	5.378	2975

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17878 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	61	-
R_work	0.305	991	-
all	-	1052	-
obs	-	-	94.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.0803	-9.6679	-7.204	16.2993	1.2679	16.4938	0.0173	0.9963	-0.6097	-0.2877	-0.1102	2.4199	0.563	-2.3427	0.0929	0.3874	-0.025	0.1069	0.695	0.0447	1.1459	-16.5175	9.1087	49.1744
2	7.6388	-1.5085	-0.8477	8.8531	-0.4864	4.5176	-0.2193	-0.8709	0.2626	1.614	0.1518	0.9437	0.1108	-0.875	0.0674	0.5265	-0.032	0.2338	0.42	0.0101	0.3822	-10.4932	6.3877	55.7303
3	11.391	-3.4431	1.5316	8.799	-2.0664	7.7308	0.1683	0.3384	0.0418	0.295	-0.1404	0.7492	0.621	-0.3588	-0.0278	0.44	-0.1124	0.1004	0.3159	0.1299	0.2939	-6.0651	-0.0619	48.106
4	25.1924	-13.3993	-9.7321	26.5378	-8.7566	22.0114	0.17	0.015	-1.1773	0.907	-0.2775	-0.3393	2.2334	0.3385	0.1074	1.2571	0.0628	-0.25	0.3102	0.0348	0.5593	3.9804	-9.338	50.0838
5	6.5723	-1.734	-3.3163	4.7084	-1.4404	5.9764	-0.2581	-0.2591	-0.3891	1.1736	0.3729	0.1234	0.2032	-0.0321	-0.1148	0.6039	0.0036	-0.0665	0.2374	0.0042	0.2374	0.049	0.7801	49.4185
6	2.9637	0.6897	0.3067	11.2686	-1.404	5.9037	0.1715	-0.199	0.1788	0.5756	-0.2184	-1.2337	0.3128	0.7871	0.0469	0.3052	0.1282	-0.0618	0.4581	0.0306	0.6988	13.8831	-1.7833	40.1162
7	10.7432	-3.7533	4.9658	8.6449	-5.6203	9.3791	0.3043	0.3458	-0.5177	-1.0172	0.1296	1.3783	0.8535	-1.0621	-0.4339	0.6029	0.0019	-0.2652	0.3287	-0.0204	0.5132	-10.296	-3.8788	18.4609
8	5.7418	-1.2447	1.3389	5.1421	-1.1105	4.8011	0.1552	1.1117	-0.0891	-1.1329	-0.2707	0.3065	0.1563	0.1383	0.1156	0.3554	0.0153	0.032	0.2938	0.0241	0.3263	2.3573	-5.8655	21.0613
9	3.9282	0.1667	-0.3909	7.6906	0.8045	8.3445	-0.0405	0.3706	0.7917	-0.2093	0.084	-0.8979	-0.8924	0.6823	-0.0435	0.2209	0.0016	-0.034	0.2369	0.0942	0.4269	12.7266	2.9673	34.671
10	8.8054	-1.8707	3.0497	8.344	0.8362	6.0823	-0.1249	-0.1725	0.96	-0.9143	-0.2449	0.6979	-0.7674	-0.6575	0.3699	0.6402	0.2058	-0.0171	0.3875	0.0949	0.4896	-6.4098	6.3336	22.9511
11	18.5462	5.5408	2.8301	12.9259	6.9227	4.1563	0.3229	-2.2783	0.049	1.829	-0.4893	-0.3202	0.6796	-0.4572	0.1664	0.5395	0.0134	-0.251	0.7614	0.1529	0.5495	52.0196	22.863	91.5404
12	8.5958	-0.3103	0.7102	7.6297	2.1252	7.3841	0.1337	-0.2318	0.3968	0.2593	-0.1894	-1.5037	-0.0978	0.6599	0.0556	0.2134	-0.0419	-0.0417	0.4757	0.3193	0.633	55.4347	19.9472	82.9881
13	7.7804	2.5269	5.7197	14.0161	5.0605	21.2076	0.662	-0.0499	-0.9794	0.187	-0.65	-0.4955	0.6552	-0.3238	-0.0119	0.4142	0.002	-0.0183	0.4732	0.3358	0.609	45.0202	6.9215	79.6213
14	8.3209	0.3481	4.0031	6.902	-0.6297	6.4206	0.4742	-0.0936	-0.8556	0.2843	-0.2958	-0.97	0.4395	0.0354	-0.1784	0.3473	0.1005	0.0578	0.425	0.2765	0.5935	49.6558	9.2195	77.9419
15	7.4303	-0.6767	3.8763	5.3103	0.3636	5.7954	-0.1312	1.1569	0.8111	-1.3509	-0.5014	-0.1495	-0.7576	0.1269	0.6326	0.7031	0.1707	0.0555	0.6776	0.3121	0.3844	40.0156	22.5858	65.095
16	7.7198	-4.4933	0.6643	10.9873	0.3551	4.7607	0.1436	0.9377	-0.7873	-0.9417	-0.3905	0.1924	0.4292	0.274	0.2469	0.4406	0.146	0.0392	0.5532	-0.0887	0.3902	36.974	4.0603	67.0961
17	5.6848	-3.0492	-3.3042	5.6241	4.4309	5.415	-0.7173	-0.827	-0.9077	1.2798	-0.3151	1.2664	0.5843	-0.2442	1.0324	0.7622	0.0838	0.3215	0.5246	-0.1061	0.6851	19.2453	8.4369	88.0395
18	7.1249	1.0268	-1.2433	8.5401	-0.7045	5.1006	0.1997	0.6818	0.8401	-0.3998	-0.3053	0.6994	-0.7017	-0.1025	0.1056	0.4495	0.1844	-0.0978	0.4464	0.0517	0.2968	33.6701	17.3345	68.9198
19	6.1961	2.6223	-3.8883	5.8143	0.7497	5.7469	0.3472	0.0062	0.6304	0.2054	-0.4413	1.0281	-0.2802	-0.0017	0.0942	0.4	0.2389	-0.0727	0.506	-0.1084	0.6725	23.8119	14.9366	76.6167
20	10.5002	4.7357	-5.8726	9.5418	-1.2813	8.1819	1.5206	-1.2794	1.6987	1.4781	-0.9054	1.314	-1.116	1.1578	-0.6152	0.8501	-0.2451	0.509	0.5374	-0.5809	0.8988	20.9829	25.1059	91.5183

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 38
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	39 - 63
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	64 - 68
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	69 - 107
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	108 - 144
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	145 - 168
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	169 - 199
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	200 - 264
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	265 - 297
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	2 - 6
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	7 - 50
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	51 - 68
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	69 - 89
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	90 - 122
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	123 - 139
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	140 - 190
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	191 - 247
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	248 - 284
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	285 - 298

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)