PDB-5c3y: Structure of human ribokinase crystallized with AMPPNP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c3y

タイトル

Structure of human ribokinase crystallized with AMPPNP

要素

Ribokinase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

ribokinase / ribokinase activity / Pentose phosphate pathway / D-ribose catabolic process / pentose-phosphate shunt / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Park, J. / Chakrabarti, J. / Singh, B. / Gupta, R.S. / Junop, M.S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human ribokinase crystallized with AMPPNP
著者: Park, J. / Chakrabarti, J. / Singh, B. / Gupta, R.S. / Junop, M.S.

履歴

登録	2015年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月26日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c3y.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c3y.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c3y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/5c3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/5c3y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fv7S 5byc 5byd 5bye 5byf 5c3z 5c40 5c41 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5byf-d 2afb-d 6wjz-d 2fv7-2 3in1-2 3l66-1 3iq0-d 2g5g-1 3in1-1 3nc2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribokinase

B: Ribokinase

C: Ribokinase

D: Ribokinase

E: Ribokinase

F: Ribokinase

G: Ribokinase

H: Ribokinase

I: Ribokinase

J: Ribokinase

K: Ribokinase

L: Ribokinase

ヘテロ分子

429 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Ribokinase

B: Ribokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ribokinase

D: Ribokinase

ヘテロ分子

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71.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Ribokinase

F: Ribokinase

ヘテロ分子

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71.4 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Ribokinase

H: Ribokinase

ヘテロ分子

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71.4 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Ribokinase

J: Ribokinase

ヘテロ分子

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71.4 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Ribokinase

L: Ribokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.310, 168.140, 161.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.82, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	15 - 319	15 - 319
2	1	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	15 - 319	15 - 319
1	2	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	15 - 319	15 - 319
2	2	VAL	VAL	LEU	LEU	C	C	15 - 319	15 - 319
1	3	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	15 - 319	15 - 319
2	3	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	15 - 319	15 - 319
1	4	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	15 - 319	15 - 319
2	4	VAL	VAL	LEU	LEU	E	E	15 - 319	15 - 319
1	5	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	15 - 319	15 - 319
2	5	VAL	VAL	LEU	LEU	F	F	15 - 319	15 - 319
1	6	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	15 - 319	15 - 319
2	6	VAL	VAL	LEU	LEU	G	G	15 - 319	15 - 319
1	7	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	15 - 319	15 - 319
2	7	VAL	VAL	LEU	LEU	H	H	15 - 319	15 - 319
1	8	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	15 - 319	15 - 319
2	8	VAL	VAL	LEU	LEU	I	I	15 - 319	15 - 319
1	9	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	15 - 319	15 - 319
2	9	VAL	VAL	LEU	LEU	J	J	15 - 319	15 - 319
1	10	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	15 - 319	15 - 319
2	10	VAL	VAL	LEU	LEU	K	K	15 - 319	15 - 319
1	11	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	15 - 319	15 - 319
2	11	VAL	VAL	LEU	LEU	L	L	15 - 319	15 - 319
1	12	GLU	GLU	HIS	HIS	B	B	14 - 325	14 - 325
2	12	GLU	GLU	HIS	HIS	C	C	14 - 325	14 - 325
1	13	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	14 - 323	14 - 323
2	13	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	14 - 323	14 - 323
1	14	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	14 - 323	14 - 323
2	14	GLU	GLU	LEU	LEU	E	E	14 - 323	14 - 323
1	15	VAL	VAL	HIS	HIS	B	B	15 - 325	15 - 325
2	15	VAL	VAL	HIS	HIS	F	F	15 - 325	15 - 325
1	16	GLU	GLU	HIS	HIS	B	B	14 - 327	14 - 327
2	16	GLU	GLU	HIS	HIS	G	G	14 - 327	14 - 327
1	17	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	14 - 323	14 - 323
2	17	GLU	GLU	LEU	LEU	H	H	14 - 323	14 - 323
1	18	VAL	VAL	HIS	HIS	B	B	15 - 326	15 - 326
2	18	VAL	VAL	HIS	HIS	I	I	15 - 326	15 - 326
1	19	GLU	GLU	HIS	HIS	B	B	14 - 327	14 - 327
2	19	GLU	GLU	HIS	HIS	J	J	14 - 327	14 - 327
1	20	VAL	VAL	HIS	HIS	B	B	15 - 325	15 - 325
2	20	VAL	VAL	HIS	HIS	K	K	15 - 325	15 - 325
1	21	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	14 - 323	14 - 323
2	21	GLU	GLU	LEU	LEU	L	L	14 - 323	14 - 323
1	22	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	14 - 323	14 - 323
2	22	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	14 - 323	14 - 323
1	23	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	14 - 323	14 - 323
2	23	GLU	GLU	LEU	LEU	E	E	14 - 323	14 - 323
1	24	VAL	VAL	HIS	HIS	C	C	15 - 325	15 - 325
2	24	VAL	VAL	HIS	HIS	F	F	15 - 325	15 - 325
1	25	GLU	GLU	HIS	HIS	C	C	14 - 325	14 - 325
2	25	GLU	GLU	HIS	HIS	G	G	14 - 325	14 - 325
1	26	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	14 - 323	14 - 323
2	26	GLU	GLU	LEU	LEU	H	H	14 - 323	14 - 323
1	27	VAL	VAL	HIS	HIS	C	C	15 - 325	15 - 325
2	27	VAL	VAL	HIS	HIS	I	I	15 - 325	15 - 325
1	28	GLU	GLU	HIS	HIS	C	C	14 - 325	14 - 325
2	28	GLU	GLU	HIS	HIS	J	J	14 - 325	14 - 325
1	29	VAL	VAL	HIS	HIS	C	C	15 - 325	15 - 325
2	29	VAL	VAL	HIS	HIS	K	K	15 - 325	15 - 325
1	30	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	14 - 323	14 - 323
2	30	GLU	GLU	LEU	LEU	L	L	14 - 323	14 - 323
1	31	GLU	GLU	GLU	GLU	D	D	14 - 324	14 - 324
2	31	GLU	GLU	GLU	GLU	E	E	14 - 324	14 - 324
1	32	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	15 - 323	15 - 323
2	32	VAL	VAL	LEU	LEU	F	F	15 - 323	15 - 323
1	33	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	14 - 323	14 - 323
2	33	GLU	GLU	LEU	LEU	G	G	14 - 323	14 - 323
1	34	GLU	GLU	GLU	GLU	D	D	14 - 324	14 - 324
2	34	GLU	GLU	GLU	GLU	H	H	14 - 324	14 - 324
1	35	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	15 - 323	15 - 323
2	35	VAL	VAL	LEU	LEU	I	I	15 - 323	15 - 323
1	36	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	14 - 323	14 - 323
2	36	GLU	GLU	LEU	LEU	J	J	14 - 323	14 - 323
1	37	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	15 - 323	15 - 323
2	37	VAL	VAL	LEU	LEU	K	K	15 - 323	15 - 323
1	38	GLU	GLU	GLU	GLU	D	D	14 - 324	14 - 324
2	38	GLU	GLU	GLU	GLU	L	L	14 - 324	14 - 324
1	39	VAL	VAL	LEU	LEU	E	E	15 - 323	15 - 323
2	39	VAL	VAL	LEU	LEU	F	F	15 - 323	15 - 323
1	40	GLU	GLU	LEU	LEU	E	E	14 - 323	14 - 323
2	40	GLU	GLU	LEU	LEU	G	G	14 - 323	14 - 323
1	41	GLU	GLU	GLU	GLU	E	E	14 - 324	14 - 324
2	41	GLU	GLU	GLU	GLU	H	H	14 - 324	14 - 324
1	42	VAL	VAL	LEU	LEU	E	E	15 - 323	15 - 323
2	42	VAL	VAL	LEU	LEU	I	I	15 - 323	15 - 323
1	43	GLU	GLU	LEU	LEU	E	E	14 - 323	14 - 323
2	43	GLU	GLU	LEU	LEU	J	J	14 - 323	14 - 323
1	44	VAL	VAL	LEU	LEU	E	E	15 - 323	15 - 323
2	44	VAL	VAL	LEU	LEU	K	K	15 - 323	15 - 323
1	45	GLU	GLU	GLU	GLU	E	E	14 - 324	14 - 324
2	45	GLU	GLU	GLU	GLU	L	L	14 - 324	14 - 324
1	46	VAL	VAL	HIS	HIS	F	F	15 - 325	15 - 325
2	46	VAL	VAL	HIS	HIS	G	G	15 - 325	15 - 325
1	47	VAL	VAL	LEU	LEU	F	F	15 - 323	15 - 323
2	47	VAL	VAL	LEU	LEU	H	H	15 - 323	15 - 323
1	48	VAL	VAL	HIS	HIS	F	F	15 - 325	15 - 325
2	48	VAL	VAL	HIS	HIS	I	I	15 - 325	15 - 325
1	49	VAL	VAL	HIS	HIS	F	F	15 - 325	15 - 325
2	49	VAL	VAL	HIS	HIS	J	J	15 - 325	15 - 325
1	50	VAL	VAL	HIS	HIS	F	F	15 - 326	15 - 326
2	50	VAL	VAL	HIS	HIS	K	K	15 - 326	15 - 326
1	51	VAL	VAL	LEU	LEU	F	F	15 - 323	15 - 323
2	51	VAL	VAL	LEU	LEU	L	L	15 - 323	15 - 323
1	52	GLU	GLU	LEU	LEU	G	G	14 - 323	14 - 323
2	52	GLU	GLU	LEU	LEU	H	H	14 - 323	14 - 323
1	53	VAL	VAL	HIS	HIS	G	G	15 - 326	15 - 326
2	53	VAL	VAL	HIS	HIS	I	I	15 - 326	15 - 326
1	54	GLU	GLU	HIS	HIS	G	G	14 - 327	14 - 327
2	54	GLU	GLU	HIS	HIS	J	J	14 - 327	14 - 327
1	55	VAL	VAL	HIS	HIS	G	G	15 - 325	15 - 325
2	55	VAL	VAL	HIS	HIS	K	K	15 - 325	15 - 325
1	56	GLU	GLU	LEU	LEU	G	G	14 - 323	14 - 323
2	56	GLU	GLU	LEU	LEU	L	L	14 - 323	14 - 323
1	57	VAL	VAL	LEU	LEU	H	H	15 - 323	15 - 323
2	57	VAL	VAL	LEU	LEU	I	I	15 - 323	15 - 323
1	58	GLU	GLU	LEU	LEU	H	H	14 - 323	14 - 323
2	58	GLU	GLU	LEU	LEU	J	J	14 - 323	14 - 323
1	59	VAL	VAL	LEU	LEU	H	H	15 - 323	15 - 323
2	59	VAL	VAL	LEU	LEU	K	K	15 - 323	15 - 323
1	60	GLU	GLU	GLU	GLU	H	H	14 - 324	14 - 324
2	60	GLU	GLU	GLU	GLU	L	L	14 - 324	14 - 324
1	61	VAL	VAL	HIS	HIS	I	I	15 - 326	15 - 326
2	61	VAL	VAL	HIS	HIS	J	J	15 - 326	15 - 326
1	62	VAL	VAL	HIS	HIS	I	I	15 - 325	15 - 325
2	62	VAL	VAL	HIS	HIS	K	K	15 - 325	15 - 325
1	63	VAL	VAL	LEU	LEU	I	I	15 - 323	15 - 323
2	63	VAL	VAL	LEU	LEU	L	L	15 - 323	15 - 323
1	64	VAL	VAL	HIS	HIS	J	J	15 - 325	15 - 325
2	64	VAL	VAL	HIS	HIS	K	K	15 - 325	15 - 325
1	65	GLU	GLU	LEU	LEU	J	J	14 - 323	14 - 323
2	65	GLU	GLU	LEU	LEU	L	L	14 - 323	14 - 323
1	66	VAL	VAL	LEU	LEU	K	K	15 - 323	15 - 323
2	66	VAL	VAL	LEU	LEU	L	L	15 - 323	15 - 323

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Ribokinase 分子量: 35241.008 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBKS, RBSK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H477, ribokinase
#2: 化合物	ChemComp-AN2 / AMP PHOSPHORAMIDATE / アミドりん酸5′-アデニリル分子量: 426.216 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₆O₉P₂
#3: 化合物	... ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 810 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.1M sodium HEPES, 7% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→51.26 Å / Num. obs: 130659 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.521 Å² / R_merge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.703 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FV7

2fv7

解像度: 2.6→51.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 24.881 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.939 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23205	6493	5 %	RANDOM
R_work	0.2047	-	-	-
obs	0.20609	124139	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.583 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.05 Å²	0 Å²	0.21 Å²
2-	-	0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→51.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27417	0	348	810	28575

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	28250
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.015	0.02	26927
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.903	1.982	38549
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.117	3	61873
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.081	5	3748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.029	25.668	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.833	15	4471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.387	15	82
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	4722
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	32327
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	5955
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.582	1.19	15001
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.582	1.19	15000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.022	1.784	18746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.022	1.784	18747
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.907	1.323	13249
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.907	1.323	13250
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.419	1.96	19804
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.806	9.991	30082
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.806	9.992	30083
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	34986	0.06
1	2	B	34986	0.06
2	1	A	35180	0.06
2	2	C	35180	0.06
3	1	A	35046	0.07
3	2	D	35046	0.07
4	1	A	35080	0.06
4	2	E	35080	0.06
5	1	A	35182	0.07
5	2	F	35182	0.07
6	1	A	35108	0.06
6	2	G	35108	0.06
7	1	A	35264	0.06
7	2	H	35264	0.06
8	1	A	35008	0.06
8	2	I	35008	0.06
9	1	A	35294	0.05
9	2	J	35294	0.05
10	1	A	34902	0.06
10	2	K	34902	0.06
11	1	A	34836	0.06
11	2	L	34836	0.06
12	1	B	36324	0.07
12	2	C	36324	0.07
13	1	B	35600	0.07
13	2	D	35600	0.07
14	1	B	35472	0.07
14	2	E	35472	0.07
15	1	B	35856	0.07
15	2	F	35856	0.07
16	1	B	35756	0.07
16	2	G	35756	0.07
17	1	B	35840	0.06
17	2	H	35840	0.06
18	1	B	36464	0.06
18	2	I	36464	0.06
19	1	B	35940	0.06
19	2	J	35940	0.06
20	1	B	35910	0.06
20	2	K	35910	0.06
21	1	B	35552	0.06
21	2	L	35552	0.06
22	1	C	35648	0.08
22	2	D	35648	0.08
23	1	C	35802	0.07
23	2	E	35802	0.07
24	1	C	36018	0.07
24	2	F	36018	0.07
25	1	C	35928	0.08
25	2	G	35928	0.08
26	1	C	35934	0.07
26	2	H	35934	0.07
27	1	C	36354	0.06
27	2	I	36354	0.06
28	1	C	36104	0.06
28	2	J	36104	0.06
29	1	C	36140	0.07
29	2	K	36140	0.07
30	1	C	35802	0.07
30	2	L	35802	0.07
31	1	D	35546	0.08
31	2	E	35546	0.08
32	1	D	36016	0.07
32	2	F	36016	0.07
33	1	D	35372	0.08
33	2	G	35372	0.08
34	1	D	35942	0.07
34	2	H	35942	0.07
35	1	D	35866	0.06
35	2	I	35866	0.06
36	1	D	35904	0.06
36	2	J	35904	0.06
37	1	D	35774	0.06
37	2	K	35774	0.06
38	1	D	35858	0.06
38	2	L	35858	0.06
39	1	E	35528	0.08
39	2	F	35528	0.08
40	1	E	35710	0.07
40	2	G	35710	0.07
41	1	E	36188	0.06
41	2	H	36188	0.06
42	1	E	35408	0.07
42	2	I	35408	0.07
43	1	E	35902	0.06
43	2	J	35902	0.06
44	1	E	35438	0.07
44	2	K	35438	0.07
45	1	E	35518	0.07
45	2	L	35518	0.07
46	1	F	35624	0.08
46	2	G	35624	0.08
47	1	F	35732	0.07
47	2	H	35732	0.07
48	1	F	36024	0.07
48	2	I	36024	0.07
49	1	F	35776	0.07
49	2	J	35776	0.07
50	1	F	35912	0.07
50	2	K	35912	0.07
51	1	F	35548	0.07
51	2	L	35548	0.07
52	1	G	35572	0.07
52	2	H	35572	0.07
53	1	G	35420	0.08
53	2	I	35420	0.08
54	1	G	35614	0.07
54	2	J	35614	0.07
55	1	G	35512	0.07
55	2	K	35512	0.07
56	1	G	35152	0.08
56	2	L	35152	0.08
57	1	H	35698	0.06
57	2	I	35698	0.06
58	1	H	36080	0.06
58	2	J	36080	0.06
59	1	H	35520	0.06
59	2	K	35520	0.06
60	1	H	35532	0.07
60	2	L	35532	0.07
61	1	I	35790	0.06
61	2	J	35790	0.06
62	1	I	36204	0.06
62	2	K	36204	0.06
63	1	I	35778	0.06
63	2	L	35778	0.06
64	1	J	35710	0.06
64	2	K	35710	0.06
65	1	J	35688	0.06
65	2	L	35688	0.06
66	1	K	35982	0.06
66	2	L	35982	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.602→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	512	-
R_work	0.321	8916	-
obs	-	-	97.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3181	1.5924	1.2863	2.1061	-0.0557	2.5347	-0.2483	0.0665	0.3607	-0.0429	0.0404	0.0454	-0.3115	0.2321	0.2079	0.1421	0.0178	-0.047	0.0742	0.0603	0.218	76.0153	46.8562	-17.5474
2	3.4771	2.0215	-0.2183	12.9684	8.6851	13.9858	-0.1039	0.0348	-0.3195	-0.2451	-0.1166	-0.0976	0.0052	0.4369	0.2205	0.3727	-0.0424	-0.0811	0.5638	0.121	0.2732	82.6478	56.1622	-33.8103
3	3.3767	-1.0583	-2.2193	3.383	0.9673	7.7343	-0.0974	1.5246	-0.0903	-1.1494	0.112	-0.4598	-0.2966	1.1994	-0.0145	0.5018	-0.4079	0.0836	1.6142	0.0147	0.4343	92.5188	48.1973	-34.1984
4	6.2861	0.7529	0.9553	2.9069	0.0662	4.3368	-0.1463	1.1422	-0.1773	-0.1624	0.2233	-0.3234	-0.0316	0.9809	-0.077	0.1043	-0.0303	-0.05	0.5382	-0.0207	0.2987	95.4526	42.6281	-18.6591
5	3.245	3.0452	-1.3346	3.9271	-2.6534	2.3968	-0.0178	0.0971	0.1302	-0.1484	0.0244	0.1223	0.1604	0.0933	-0.0066	0.1631	0.0453	-0.0451	0.0896	0.0453	0.2626	58.4313	34.3927	-21.3695
6	3.1302	0.3925	-0.0516	2.0824	-0.0956	1.3621	-0.0784	-0.2467	-0.0465	0.1369	0.0431	-0.0294	0.2191	-0.0543	0.0353	0.1154	0.023	-0.0086	0.0483	0.0559	0.2016	52.1162	25.3414	-9.421
7	2.4757	-0.0738	0.1949	4.4423	-0.1819	2.3396	-0.0053	0.3489	-0.3279	-0.517	0.0503	0.3835	0.3583	-0.4135	-0.045	0.1918	-0.0749	-0.0445	0.2435	0.0412	0.2852	37.6901	21.7993	-21.2262
8	6.2653	-2.3533	4.2789	6.1129	2.656	6.4049	0.1523	-0.7391	-0.4242	0.2499	-0.3701	0.823	0.4243	-0.9372	0.2178	0.1723	0.0738	-0.0123	0.6807	0.0428	0.5004	22.385	32.2257	-11.9896
9	4.7223	2.0658	0.4137	2.7612	0.2758	0.0626	0.006	0.0271	-0.3503	-0.1751	0.0259	-0.0687	0.0141	-0.0322	-0.0319	0.1681	-0.0226	-0.0277	0.0615	0.0297	0.2824	-14.8882	-9.7275	-8.0522
10	3.6816	0.9864	-0.4827	2.9135	-0.1726	1.819	-0.1429	0.3806	0.2087	-0.358	0.0842	0.0754	-0.1109	-0.0239	0.0587	0.2211	0.0124	-0.0445	0.047	0.0454	0.2842	-5.7322	6.17	-14.0985
11	1.7286	1.9316	0.4732	6.509	-0.0154	0.5575	-0.0526	0.2902	-0.1091	-0.3482	0.1811	-0.3534	0.0623	0.2546	-0.1285	0.3032	0.0085	0.021	0.3249	-0.0443	0.3006	8.5046	-0.9407	-22.3569
12	3.8326	0.3216	1.0991	2.6448	0.4383	3.5749	0.0032	0.3768	-0.6485	-0.2816	0.1362	-0.4564	0.2156	0.2465	-0.1394	0.1616	0.0184	-0.0372	0.0496	-0.096	0.4285	6.148	-10.0524	-10.6007
13	3.6276	3.3277	0.0594	6.3016	-0.1095	0.0358	0.0254	0.2704	0.2349	-0.558	-0.0171	0.2964	-0.0046	0.0762	-0.0083	0.2695	0.0018	-0.0794	0.1777	-0.0432	0.306	-31.5402	-14.8896	-14.395
14	3.6805	1.9592	0.0063	3.5985	0.3555	1.339	0.0839	-0.1788	-0.2061	-0.0373	-0.0741	-0.1656	0.0331	0.0903	-0.0098	0.1084	0.0144	-0.0861	0.0175	-0.0099	0.2883	-35.4273	-26.2175	-6.7414
15	3.1042	0.7644	0.2638	3.3122	0.8585	2.995	0.1153	0.5323	-0.0304	-0.5925	-0.065	0.4501	-0.0909	-0.3145	-0.0502	0.1762	0.0571	-0.125	0.1397	-0.0348	0.376	-52.88	-27.7459	-17.2104
16	6.1717	0.989	0.0692	3.6042	-1.3338	3.2419	0.1787	-0.2572	0.3362	0.3282	-0.0868	0.3563	-0.3321	-0.4273	-0.092	0.1754	0.034	0.0094	0.0859	-0.0501	0.4292	-54.9805	-17.1859	-3.5206
17	3.629	-0.0347	2.7379	0.1261	0.6789	6.0667	0.1032	-0.4904	-0.0268	-0.1533	0.025	-0.0295	-0.7322	-0.1958	-0.1283	0.2408	-0.0331	0.0282	0.1057	0.0847	0.2547	28.1484	16.0993	21.7841
18	1.8206	-0.9084	0.2887	7.3669	-0.4835	2.3873	0.0416	-0.2996	0.1967	0.2185	-0.0136	0.2217	-0.1193	0.0029	-0.0279	0.2838	0.0193	-0.019	0.2324	-0.0333	0.2654	38.8913	30.6585	33.2701
19	3.56	1.0778	2.0234	1.1179	-0.336	2.3194	0.0336	0.0956	-0.1295	-0.1395	-0.0158	-0.0913	0.1368	0.1117	-0.0178	0.141	0.0121	0.0538	0.0087	0.0229	0.1794	27.1816	12.3917	14.1278
20	2.5425	-0.054	1.9199	2.7188	-0.6992	4.547	-0.1363	-0.3717	0.3635	0.0342	0.0073	0.2442	-0.4633	-0.4833	0.129	0.124	0.0425	0.0053	0.0685	-0.0511	0.2318	9.8442	19.5194	16.9165
21	3.8757	-0.585	0.6903	1.0982	-0.23	1.9411	-0.1077	-0.3194	-0.2748	-0.0172	0.1265	0.0553	-0.0073	0.0908	-0.0188	0.1624	-0.0469	0.0228	0.0754	0.0154	0.2724	48.5598	18.849	32.102
22	3.8758	-1.3931	-0.2461	6.322	-3.2025	2.3134	-0.0941	-0.8362	-0.1407	0.4595	0.1268	-0.0782	0.1688	-0.0047	-0.0327	0.4647	0.0055	-0.0825	0.701	-0.0296	0.3065	58.1004	16.4531	50.4684
23	3.7606	-0.1828	0.2796	4.3056	1.3029	3.8469	0.0591	-0.5164	1.1354	0.0926	0.0942	-0.368	-0.5869	0.4727	-0.1533	0.2687	-0.0849	0.1221	0.4503	-0.2073	0.6623	67.3862	30.4154	40.7063
24	8.3417	-0.7685	-0.0844	1.554	0.3901	0.5756	0.1262	0.1679	-0.0626	-0.0771	-0.0105	-0.0504	-0.0997	0.1163	-0.1157	0.3113	-0.018	0.0555	0.2922	-0.0143	0.2139	71.0577	18.0488	27.8244
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29	3.4841	0.3606	-1.9634	0.041	-0.2284	6.4597	-0.1757	0.6004	0.0337	0.0047	0.0419	-0.0105	0.5778	0.1191	0.1338	0.2366	-0.0649	-0.0236	0.1999	0.1158	0.2722	-12.9944	-11.928	59.0939
30	4.477	0.583	0.6347	11.9384	-2.5733	1.1681	-0.1492	0.5381	-0.4881	-0.3257	0.2795	0.0478	0.4168	-0.2663	-0.1303	0.4331	-0.1108	0.024	0.4189	-0.0846	0.2359	-2.3274	-26.8426	47.9041
31	4.52	-1.2501	-0.9207	1.9848	-0.865	1.9515	-0.0134	0.0491	0.3019	0.1154	-0.071	-0.2592	-0.1409	0.219	0.0845	0.1057	-0.0509	-0.061	0.0549	0.0553	0.2083	-12.5871	-7.9615	65.757
32	2.6227	-0.1953	-0.2162	2.1554	-0.2982	3.9473	-0.0172	0.0882	-0.2897	0.0657	-0.1026	0.1331	0.3289	-0.244	0.1198	0.0767	-0.0207	0.0103	0.025	-0.0101	0.2076	-30.6666	-14.8762	65.1662
33	8.0153	-5.8848	4.3871	4.9187	-3.2483	3.1167	-0.3487	-1.1255	-0.9663	0.59	0.742	0.4977	-0.1905	-0.1095	-0.3933	0.2987	0.0366	0.0856	0.6431	0.3684	0.5226	17.4318	-29.3102	102.5792
34	5.5356	-0.4911	-0.2911	3.96	-0.0757	1.7415	-0.1971	-0.1861	-0.0798	-0.0565	0.0582	-0.1669	-0.1667	0.1671	0.1389	0.1217	-0.0422	0.0172	0.1728	0.1454	0.222	10.1514	-19.0847	91.168
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38	4.5932	-0.6949	0.5126	1.3784	-1.4132	3.386	-0.1768	-0.2259	-0.5067	0.1131	0.2718	0.1604	0.5537	-0.2887	-0.0949	0.2817	-0.0637	0.0424	0.311	0.2199	0.4544	39.4383	-49.2542	104.3457
39	2.7536	-0.2891	1.0186	4.3057	-2.196	5.0421	-0.0256	-0.4713	0.173	0.3827	-0.0337	-0.4139	-0.1787	0.3042	0.0593	0.1706	-0.0006	0.0375	0.3395	0.068	0.3704	53.7063	-39.8533	110.6007
40	4.4022	1.3836	-0.3109	4.0021	-0.7073	5.7489	0.0357	0.3438	0.1217	-0.3728	-0.0678	-0.5389	0.189	0.5454	0.0321	0.1395	0.0128	0.0965	0.2578	0.0899	0.34	55.0447	-37.1012	92.9
41	5.5809	-3.3663	-0.9724	3.4359	0.7453	0.2065	-0.3695	-0.6066	0.6397	0.7304	0.4427	-0.2569	0.1417	0.0536	-0.0733	0.3748	0.0668	-0.0218	0.2861	-0.1239	0.3943	21.232	16.9958	95.6993
42	4.0303	-1.5377	-0.1995	3.7024	-0.1915	0.8486	-0.1246	-0.1315	0.1123	0.1628	0.1097	-0.0381	0.1311	-0.1074	0.0149	0.1251	-0.0427	0.0148	0.0929	-0.0413	0.2581	27.8649	5.9892	87.4064
43	2.9886	-0.13	-0.3494	3.7378	-0.7527	1.7279	-0.1795	-0.9163	0.3891	0.787	0.1379	-0.6233	-0.1438	0.2228	0.0416	0.2776	0.0661	-0.096	0.3062	-0.1533	0.4464	43.3424	7.2981	98.3071
44	5.4286	-1.4773	3.4569	0.9592	0.5278	6.0836	0.2153	0.5025	0.2041	-0.1442	-0.2275	-0.1218	-0.0889	0.1125	0.0122	0.3218	-0.0782	0.0772	0.2752	-0.0032	0.5889	55.9718	15.1347	85.1658
45	4.6598	-3.0638	0.3585	4.5973	0.0931	0.786	-0.0451	-0.0757	0.0204	0.2595	-0.0705	-0.0132	0.0595	0.2417	0.1156	0.141	-0.0241	0.0963	0.1317	-0.0488	0.3147	4.3942	23.0321	88.963
46	3.4495	-2.3	-0.0154	3.3468	1.0549	1.6954	0.0057	0.0149	0.3439	0.1105	0.0061	-0.2405	-0.0998	0.0742	-0.0118	0.1069	-0.0384	0.0793	0.1196	-0.0462	0.3878	4.2333	32.5864	87.9097
47	4.6139	-0.8099	-0.9855	4.1508	0.4205	4.5062	-0.0465	-0.5534	0.0935	0.8073	-0.1207	0.5122	0.1459	-0.2817	0.1673	0.3595	-0.019	0.1756	0.1844	-0.1288	0.4436	-14.0424	35.3662	99.8057
48	3.7562	-0.7287	-0.2555	6.1906	0.1759	3.6198	0.0029	0.0259	-0.4728	0.0624	-0.2011	0.8232	0.3323	-0.4488	0.1982	0.1241	-0.059	0.0925	0.154	-0.1286	0.4957	-15.293	22.3642	85.7966

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 181
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	182 - 189
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	190 - 226
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	227 - 320
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	14 - 50
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	51 - 168
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	169 - 319
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	320 - 327
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	14 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	117 - 229
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	230 - 259
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	260 - 326
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	14 - 45
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	46 - 167
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	168 - 282
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	283 - 324
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	14 - 34
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	35 - 48
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	49 - 180
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	181 - 324
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	15 - 133
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	134 - 171
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	172 - 289
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	290 - 326
25	X-RAY DIFFRACTION	25	G	14 - 47
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	48 - 137
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	138 - 314
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	315 - 327
29	X-RAY DIFFRACTION	29	H	14 - 34
30	X-RAY DIFFRACTION	30	H	35 - 48
31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	49 - 167
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	168 - 324
33	X-RAY DIFFRACTION	33	I	15 - 50
34	X-RAY DIFFRACTION	34	I	51 - 186
35	X-RAY DIFFRACTION	35	I	187 - 321
36	X-RAY DIFFRACTION	36	I	322 - 327
37	X-RAY DIFFRACTION	37	J	14 - 114
38	X-RAY DIFFRACTION	38	J	115 - 189
39	X-RAY DIFFRACTION	39	J	190 - 276
40	X-RAY DIFFRACTION	40	J	277 - 327
41	X-RAY DIFFRACTION	41	K	15 - 45
42	X-RAY DIFFRACTION	42	K	46 - 188
43	X-RAY DIFFRACTION	43	K	189 - 318
44	X-RAY DIFFRACTION	44	K	319 - 326
45	X-RAY DIFFRACTION	45	L	14 - 78
46	X-RAY DIFFRACTION	46	L	79 - 167
47	X-RAY DIFFRACTION	47	L	168 - 252
48	X-RAY DIFFRACTION	48	L	253 - 324

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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