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- PDB-5c30: Crystal Structure of Rabbit Ryanodine Receptor 1 Repeat12 Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c30
タイトルCrystal Structure of Rabbit Ryanodine Receptor 1 Repeat12 Domain
要素Ryanodine receptor 1
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Repeat motif
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / cellular response to caffeine / outflow tract morphogenesis / intracellularly gated calcium channel activity ...ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / cellular response to caffeine / outflow tract morphogenesis / intracellularly gated calcium channel activity / organelle membrane / toxic substance binding / smooth endoplasmic reticulum / voltage-gated calcium channel activity / skeletal muscle fiber development / striated muscle contraction / release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to calcium ion / sarcoplasmic reticulum / muscle contraction / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / sarcolemma / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / disordered domain specific binding / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain ...: / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / : / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Ryanodine receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Yuchi, Z. / Van Petegem, F.
資金援助 カナダ, 米国, 3件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-119608 カナダ
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)R01AR059124 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL092097 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of ryanodine receptor SPRY1 and tandem-repeat domains reveal a critical FKBP12 binding determinant.
著者: Yuchi, Z. / Yuen, S.M. / Lau, K. / Underhill, A.Q. / Cornea, R.L. / Fessenden, J.D. / Van Petegem, F.
履歴
登録2015年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ryanodine receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9762
ポリマ－22,9161
非ポリマー601
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area10740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.440, 94.440, 67.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1565-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ryanodine receptor 1 / RyR1 / Skeletal muscle calcium release channel / Skeletal muscle ryanodine receptor / Skeletal ...RyR1 / Skeletal muscle calcium release channel / Skeletal muscle ryanodine receptor / Skeletal muscle-type ryanodine receptor / Type 1 ryanodine receptor


分子量: 22916.008 Da / 分子数: 1 / 断片: repeat12 domain (UNP residues 857-1054) / 変異: C906A, C937A, C1040A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RYR1 / プラスミド: pET28-HMT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P11716
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 19% w/v PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月2日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→47.22 Å / Num. obs: 50032 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 19.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 13.82
反射 シェル解像度: 1.55→1.605 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 1.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / % possible all: 98.14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→47.22 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 16.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1645 1869 3.74 %
Rwork0.1491 --
obs0.1497 50026 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→47.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1500 0 4 388 1892
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111672
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3552288
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.25644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059245
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008307
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.5920.27131430.23893653X-RAY DIFFRACTION98
1.592-1.63880.25751380.20873610X-RAY DIFFRACTION98
1.6388-1.69170.20521390.18863641X-RAY DIFFRACTION99
1.6917-1.75220.20961440.18443676X-RAY DIFFRACTION99
1.7522-1.82230.18471410.16683641X-RAY DIFFRACTION98
1.8223-1.90530.20291450.15813680X-RAY DIFFRACTION99
1.9053-2.00570.14961440.15373688X-RAY DIFFRACTION99
2.0057-2.13140.16641420.14383673X-RAY DIFFRACTION99
2.1314-2.29590.15261410.13613718X-RAY DIFFRACTION99
2.2959-2.5270.14161430.13493736X-RAY DIFFRACTION100
2.527-2.89260.14421480.13793750X-RAY DIFFRACTION100
2.8926-3.64420.16671510.1343789X-RAY DIFFRACTION100
3.6442-47.24190.15371500.15143902X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.1552 Å / Origin y: 73.8508 Å / Origin z: 70.6741 Å
111213212223313233
T0.1476 Å20.0127 Å2-0.0014 Å2-0.0998 Å20.0088 Å2--0.1538 Å2
L0.7958 °20.4128 °20.0026 °2-1.538 °20.4466 °2--2.0877 °2
S-0.0148 Å °-0.0044 Å °0.0612 Å °-0.0717 Å °-0.0005 Å °0.0755 Å °-0.1205 Å °-0.0425 Å °0.0108 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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