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万見
- PDB-5c0m: Crystal structure of SGF29 tandem tudor domain in complex with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c0m
タイトルCrystal structure of SGF29 tandem tudor domain in complex with a Carba containing peptide
要素
  • Carba-containing peptide
  • SAGA-associated factor 29 homolog
キーワードTRANSCRIPTION / SGF29 / tandem tudor domain / Carba containing peptide / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


SAGA-type complex / establishment of protein localization to chromatin / ATAC complex / SAGA complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of RNA splicing / regulation of cell division / regulation of embryonic development / regulation of DNA repair / : ...SAGA-type complex / establishment of protein localization to chromatin / ATAC complex / SAGA complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of RNA splicing / regulation of cell division / regulation of embryonic development / regulation of DNA repair / : / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / response to endoplasmic reticulum stress / mitotic spindle / HATs acetylate histones / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
SGF29 tudor-like domain / SAGA-associated factor 29 / : / : / SGF29 tudor-like domain / SGF29 C-terminal domain profile. / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SAGA-associated factor 29
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Dong, A. / Xu, C. / Tempel, W. / Cerovina, T. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Chemical basis for the recognition of trimethyllysine by epigenetic reader proteins.
著者: Kamps, J.J. / Huang, J. / Poater, J. / Xu, C. / Pieters, B.J. / Dong, A. / Min, J. / Sherman, W. / Beuming, T. / Matthias Bickelhaupt, F. / Li, H. / Mecinovic, J.
履歴
登録2015年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAGA-associated factor 29 homolog
B: SAGA-associated factor 29 homolog
C: Carba-containing peptide
D: Carba-containing peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,06914
ポリマ－42,7854
非ポリマー28410
水6,756375
1
A: SAGA-associated factor 29 homolog
D: Carba-containing peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4887
ポリマ－21,3922
非ポリマー965
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9950 Å2
手法PISA
2
B: SAGA-associated factor 29 homolog
C: Carba-containing peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5817
ポリマ－21,3922
非ポリマー1885
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area9960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.109, 65.193, 105.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 SAGA-associated factor 29 homolog / SGF29 / Coiled-coil domain-containing protein 101


分子量: 20201.951 Da / 分子数: 2 / 断片: tandem tudor domain (UNP residues 115-293) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCDC101, SGF29 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q96ES7
#2: タンパク質・ペプチド Carba-containing peptide


分子量: 1190.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 385分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→37.17 Å / Num. obs: 45670 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 17.6 / Num. measured all: 308623
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.6-1.636.60.7752.61370620800.7660.3292.1
8.77-37.175.60.0345.918963370.9990.01398.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0107精密化
Coot0.8.1モデル構築
精密化開始モデル: PDB entry 3ME9

3me9


解像度: 1.6→37.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.2185 / WRfactor Rwork: 0.1879 / FOM work R set: 0.8212 / SU B: 2.431 / SU ML: 0.083 / SU R Cruickshank DPI: 0.1089 / SU Rfree: 0.1066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2391 1269 2.8 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.205 44342 98.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.03 Å2 / Biso mean: 17.246 Å2 / Biso min: 7.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2---1.08 Å20 Å2
3---1.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→37.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2811 0 23 381 3215
Biso mean--26.57 26.03 -
残基数----360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193055
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3841.994194
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91636687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.555386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.2923.551138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.42815488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3391526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2453
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9751.6081499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9741.6071497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6422.4021885
LS精密化 シェル解像度: 1.602→1.644 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 71 -
Rwork0.286 3100 -
all-3171 -
obs--94.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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