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- PDB-5c22: Crystal structure of Zn-bound HlyD from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c22
タイトルCrystal structure of Zn-bound HlyD from E. coli
要素Chromosomal hemolysin D
キーワードPROTEIN TRANSPORT / HlyD / type I secretion system / Zn SAD / multicrystal averaging
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type I secretion system / protein secretion / transmembrane transport / killing of cells of another organism / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Secretion protein HlyD, conserved site / Type I secretion membrane fusion protein, HlyD family / HlyD family secretion proteins signature. / : / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane fusion protein (MFP) family protein / Hemolysin secretion protein D, chromosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.302 Å
データ登録者Ha, N.C. / Kim, J.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of a Soluble Fragment of the Membrane Fusion Protein HlyD in a Type I Secretion System of Gram-Negative Bacteria
著者: Kim, J.S. / Song, S. / Lee, M. / Lee, S. / Lee, K. / Ha, N.C.
履歴
登録2015年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosomal hemolysin D
B: Chromosomal hemolysin D
C: Chromosomal hemolysin D
D: Chromosomal hemolysin D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,2349
ポリマ－128,9074
非ポリマー3275
水2,720151
1
A: Chromosomal hemolysin D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2922
ポリマ－32,2271
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17280 Å2
手法PISA
2
B: Chromosomal hemolysin D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3583
ポリマ－32,2271
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17500 Å2
手法PISA
3
C: Chromosomal hemolysin D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2271
ポリマ－32,2271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17120 Å2
手法PISA
4
D: Chromosomal hemolysin D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3583
ポリマ－32,2271
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.865, 94.476, 181.378
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Chromosomal hemolysin D


分子量: 32226.791 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 57-333 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hlyD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O87505, UniProt: P09986*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate, 0.2M Calcium acetate, 14% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.28245 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28245 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→37.2 Å / Num. obs: 118968 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 65.8 % / Net I/σ(I): 21.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化解像度: 2.302→37.2 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 28.73 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2636 3614 3.33 %
Rwork0.2267 --
obs0.2279 108529 91.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.302→37.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8584 0 5 151 8740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75811663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0473455
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031491
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3024-2.33270.4198890.32872630X-RAY DIFFRACTION60
2.3327-2.36460.33761210.33033499X-RAY DIFFRACTION78
2.3646-2.39840.40591230.33683645X-RAY DIFFRACTION84
2.3984-2.43420.39131300.31783743X-RAY DIFFRACTION84
2.4342-2.47220.35311230.30783789X-RAY DIFFRACTION86
2.4722-2.51280.36121310.29993810X-RAY DIFFRACTION86
2.5128-2.55610.31871340.29433834X-RAY DIFFRACTION86
2.5561-2.60250.35411310.29523866X-RAY DIFFRACTION88
2.6025-2.65260.32991300.27953929X-RAY DIFFRACTION89
2.6526-2.70670.2981380.26873997X-RAY DIFFRACTION90
2.7067-2.76560.31441460.26924016X-RAY DIFFRACTION91
2.7656-2.82990.33521380.27574020X-RAY DIFFRACTION91
2.8299-2.90060.31051480.26414091X-RAY DIFFRACTION93
2.9006-2.9790.3051440.25474098X-RAY DIFFRACTION93
2.979-3.06660.27921390.24514202X-RAY DIFFRACTION95
3.0666-3.16560.27481520.24374232X-RAY DIFFRACTION96
3.1656-3.27860.30921500.24164282X-RAY DIFFRACTION97
3.2786-3.40980.24421490.2254337X-RAY DIFFRACTION98
3.4098-3.56490.22921480.20764368X-RAY DIFFRACTION99
3.5649-3.75270.26531510.19144387X-RAY DIFFRACTION99
3.7527-3.98750.19231500.18524364X-RAY DIFFRACTION99
3.9875-4.2950.22271490.17344354X-RAY DIFFRACTION99
4.295-4.72640.17741550.16424372X-RAY DIFFRACTION99
4.7264-5.40860.23751450.17134368X-RAY DIFFRACTION99
5.4086-6.80740.23771470.22044350X-RAY DIFFRACTION99
6.8074-37.22830.19071530.18094332X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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