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万見
- PDB-5c12: Nuclease domain of the large terminase subunit gp2 of bacterial v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c12
タイトルNuclease domain of the large terminase subunit gp2 of bacterial virus Sf6
要素Gene 2 protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / nuclease domain / metal binding site / K428A mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terminase RNAseH like domain / Phage terminase large subunit, N-terminal / Phage terminase large subunit / Bacteriophage terminase, large subunit / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #240 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage Sf6 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.517 Å
データ登録者Zhao, H. / Tang, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM090010 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Two distinct modes of metal ion binding in the nuclease active site of a viral DNA-packaging terminase: insight into the two-metal-ion catalytic mechanism.
著者: Zhao, H. / Lin, Z. / Lynn, A.Y. / Varnado, B. / Beutler, J.A. / Murelli, R.P. / Le Grice, S.F. / Tang, L.
履歴
登録2015年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gene 2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7703
ポリマ－30,7221
非ポリマー492
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.645, 57.519, 46.598
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.760, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1225-

HOH

21A-1230-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Gene 2 protein


分子量: 30721.578 Da / 分子数: 1 / 断片: nuclease domain (UNP residues 213-470) / 変異: K428A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage Sf6 (ファージ)
プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q716H3
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.02 % / 解説: long rod
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100mM HEPES, pH7.5, 50mM NaCl, 8% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03316 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03316 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→29.54 Å / Num. obs: 52497 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 16.45 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 172494
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) all% possible allCC1/2
1.49-1.521.12.350.12492242.358
8.18-29.5430.06222.110513490.04595.10.985

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.29データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Blu-Iceデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)モデル構築
精密化解像度: 1.517→18.971 Å / FOM work R set: 0.886 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1832 2607 5 %Random selection
Rwork0.1579 49526 --
obs0.1592 52133 97.07 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.2 Å2 / Biso mean: 24.4 Å2 / Biso min: 8.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.517→18.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1785 0 2 330 2117
Biso mean--33.31 39.09 -
残基数----230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2082466
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07262
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.982680
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.517-1.54460.2948920.25541741183365
1.5446-1.57430.29351380.22392605274399
1.5743-1.60640.22981400.20852666280699
1.6064-1.64130.21541380.1882621275999
1.6413-1.67940.22361420.188826792821100
1.6794-1.72140.21331390.18882651279099
1.7214-1.76790.2271380.18172629276799
1.7679-1.81990.22811390.1742652279199
1.8199-1.87860.17691390.1632633277299
1.8786-1.94570.2041420.15872688283099
1.9457-2.02350.20241390.148926552794100
2.0235-2.11550.1751410.14122684282599
2.1155-2.22690.16141410.14092655279699
2.2269-2.36610.16961390.14222648278799
2.3661-2.54840.18291400.14792669280999
2.5484-2.80410.16871400.15112641278198
2.8041-3.20820.17621390.16552663280298
3.2082-4.03560.18751390.13962641278097
4.0356-18.97270.151420.16012705284798
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.7962 Å / Origin y: 39.6403 Å / Origin z: 24.4381 Å
111213212223313233
T0.0733 Å2-0.0142 Å20.0026 Å2-0.0865 Å2-0.0129 Å2--0.0989 Å2
L1.5442 °2-0.2833 °2-0.1496 °2-1.0567 °2-0.2231 °2--1.8706 °2
S0.0012 Å °-0.0324 Å °0.1113 Å °-0.0028 Å °-0.0277 Å °-0.032 Å °-0.0425 Å °0.0932 Å °0.0277 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ( CHAIN A AND RESID 213:454 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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