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- PDB-5c0b: 1E6 TCR in complex with HLA-A02 carrying RQFGPDFPTI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c0b
タイトル1E6 TCR in complex with HLA-A02 carrying RQFGPDFPTI
要素
  • 1E6 TCR Alpha Chain
  • 1E6 TCR Beta Chain
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • Marker peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNO / HLA-A02 / 1E6-TCR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell receptor complex / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell receptor complex / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / TAP binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / T cell receptor signaling pathway / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin ...: / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 12-3 / T cell receptor beta variable 12-4 / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Bulek, A.M. / Cole, D.K. / Sewell, A.K.
引用ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2016
タイトル: Hotspot autoimmune T cell receptor binding underlies pathogen and insulin peptide cross-reactivity.
著者: Cole, D.K. / Bulek, A.M. / Dolton, G. / Schauenberg, A.J. / Szomolay, B. / Rittase, W. / Trimby, A. / Jothikumar, P. / Fuller, A. / Skowera, A. / Rossjohn, J. / Zhu, C. / Miles, J.J. / ...著者: Cole, D.K. / Bulek, A.M. / Dolton, G. / Schauenberg, A.J. / Szomolay, B. / Rittase, W. / Trimby, A. / Jothikumar, P. / Fuller, A. / Skowera, A. / Rossjohn, J. / Zhu, C. / Miles, J.J. / Peakman, M. / Wooldridge, L. / Rizkallah, P.J. / Sewell, A.K.
履歴
登録2015年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22016年6月8日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Marker peptide
D: 1E6 TCR Alpha Chain
E: 1E6 TCR Beta Chain
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Marker peptide
I: 1E6 TCR Alpha Chain
J: 1E6 TCR Beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,84280
ポリマ－190,91310
非ポリマー4,92970
水8,503472
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Marker peptide
D: 1E6 TCR Alpha Chain
E: 1E6 TCR Beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,07543
ポリマ－95,4565
非ポリマー2,61938
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Marker peptide
I: 1E6 TCR Alpha Chain
J: 1E6 TCR Beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,76737
ポリマ－95,4565
非ポリマー2,31032
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.940, 100.280, 122.440
Angle α, β, γ (deg.)96.980, 98.050, 96.530
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21F
12B
22G
13D
23I
14E
24J

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLUGLUAA1 - 2751 - 275
21GLYGLYGLUGLUFF1 - 2751 - 275
12METMETMETMETBB0 - 991 - 100
22METMETMETMETGG0 - 991 - 100
13GLUGLUPHEPHEDD3 - 1981 - 196
23GLUGLUPHEPHEII3 - 1981 - 196
14GLYGLYALAALAEE3 - 2454 - 246
24GLYGLYALAALAJJ3 - 2454 - 246

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AFBGDIEJ

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2 / HLA-A02 Heavy Chain


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 1E6 TCR Alpha Chain


分子量: 22386.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4J271*PLUS
#5: タンパク質 1E6 TCR Beta Chain


分子量: 28157.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4J2E0*PLUS

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CH

#3: タンパク質・ペプチド Marker peptide


分子量: 1178.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 542分子

#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES, pH 7.5, 15% PEG 4000, 0.2M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→42.76 Å / Num. all: 128366 / Num. obs: 128366 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2 % / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.05 / Net I/av σ(I): 8.876 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 253296
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.03-2.081.90.2682.81766694470.4280.268296.7
2.08-2.1420.2013.71812490960.3250.2012.696.1
2.14-2.21.90.1674.41707989570.2780.167396.7
2.2-2.2720.1395.31741886520.220.1393.797
2.27-2.3420.1186.31713484010.180.1184.297
2.34-2.4320.0997.41668082570.1530.099597.1
2.43-2.5220.089.21578077890.1210.08697.3
2.52-2.621.90.0739.61459376830.1070.0736.597.9
2.62-2.7420.06310.91442473120.090.0637.797.5
2.74-2.871.90.05811.81340969890.0760.0588.998.2
2.87-3.0320.051131359066830.0580.05110.698.5
3.03-3.212.10.0513.31299663390.0480.0511.998.5
3.21-3.4320.04713.81199059370.0430.04713.297.9
3.43-3.711.90.04115.71066255310.0380.0411498
3.71-4.061.90.0416.3979750950.0350.0414.798.5
4.06-4.541.90.03817.1883246140.0290.03815.399
4.54-5.242.10.03917.2836140600.0280.03916.198.4
5.24-6.4220.04113.8674934370.0270.04115.598.6
6.42-9.081.90.03815.6502126580.0280.03815.598.8
9.08-42.762.10.0416299114290.0240.0416.997.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 44.4 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å42.76 Å
Translation2.5 Å42.76 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3UTQ for the MHC part and 4UTQ for the TCR part.

3utq

4utq


解像度: 2.03→42.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.2453 / WRfactor Rwork: 0.2038 / FOM work R set: 0.8187 / SU B: 10.357 / SU ML: 0.138 / SU R Cruickshank DPI: 0.1868 / SU Rfree: 0.1639 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2307 6446 5 %RANDOM
Rwork0.1921 ---
obs0.194 121919 97.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 135.32 Å2 / Biso mean: 52.559 Å2 / Biso min: 19.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.91 Å20.29 Å2-0.77 Å2
2--0.95 Å20.6 Å2
3----2.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→42.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13402 0 306 472 14180
Biso mean--61.26 45.75 -
残基数----1657
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01914036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0212747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9231.9418918
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.269329347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.52751651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.02323.641714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.315152245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9915105
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.21951
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02115739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.023406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5031.9096628
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5041.9096627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3062.8538271
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A145540.14
12F145540.14
21B55040.13
22G55040.13
31D92850.16
32I92850.16
41E131930.13
42J131930.13
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.083 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 467 -
Rwork0.3 8956 -
all-9423 -
obs--96.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.70111.1338-0.30473.59280.14173.4186-0.1553-0.0488-0.241-0.43340.0552-0.18330.58150.30750.10010.18730.06230.06210.0915-0.00890.207310.7417-4.896812.2956
23.92470.4655-1.3723.1204-0.3545.8242-0.12920.2949-0.1708-0.36210.0923-0.41050.43750.58560.03690.46490.07330.10980.42-0.02170.284615.43532.5612-22.7595
32.0982-0.7672.10941.6689-1.26936.3868-0.0870.28060.2248-0.01430.0201-0.0475-0.1323-0.0270.0670.1791-0.02390.08160.22070.00050.19273.454413.4647-6.5797
41.8024-1.96481.39334.494-2.93366.2332-0.00850.026-0.0282-0.0269-0.006-0.10570.2283-0.060.01450.31820.008-0.01080.0181-0.06380.2527.5522-29.156236.1164
56.4884-2.4259-2.01964.32530.89844.2957-0.1128-0.6266-0.48070.16250.16020.58470.5345-0.1597-0.04740.79650.0214-0.00660.50710.18670.5428-1.5411-38.782267.1302
65.314-0.0183-1.99531.5849-0.01563.66290.1897-0.02180.1174-0.0086-0.08980.10490.0734-0.2681-0.09980.13130.02620.00210.0477-0.02170.2086-2.7523-8.775438.9716
75.0391-3.0372.24243.8864-1.00623.6524-0.1052-0.4963-0.34030.33280.34540.20960.44680.0071-0.24020.36970.03460.13770.3558-0.02890.2756-4.7637-21.821266.8181
82.7052-1.24150.09542.8693-0.11672.4845-0.0756-0.05670.17760.26250.0602-0.0396-0.29020.11290.01550.0821-0.00920.04550.0296-0.04340.167417.647840.7755-61.8064
93.24650.71091.43323.0449-0.78736.20580.0242-0.51860.09730.4466-0.0369-0.2585-0.05530.29580.01270.5233-0.0240.0360.4234-0.08750.265812.690134.0255-26.7401
104.27962.1164-3.13282.2097-1.58834.57520.0227-0.3321-0.34610.0418-0.1217-0.08590.29120.09250.0990.21250.01770.00590.17680.01710.18048.905520.8199-45.3397
111.88341.6793-1.5565.4177-2.95914.7009-0.02820.00450.0469-0.06790.0408-0.0881-0.3316-0.0677-0.01270.20440.03170.07650.0202-0.04580.261316.540364.5623-86.1408
125.10240.78881.16543.55582.6495.32790.01990.58770.1505-0.4474-0.01250.4698-0.66670.1141-0.00741.0859-0.14760.03720.43860.15280.502614.333573.8577-118.1276
133.39490.51792.48421.50840.53476.06870.11320.0769-0.0557-0.09090.01930.09240.0947-0.2205-0.13250.0653-0.00820.05980.0246-0.02660.242511.862842.6576-91.283
144.54042.9052-1.82634.491-1.97062.89830.00220.30120.3591-0.25540.20340.0943-0.75540.1893-0.20560.7416-0.09090.07140.3845-0.09870.274615.503956.2868-118.9312
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 10
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D0 - 113
6X-RAY DIFFRACTION5D114 - 203
7X-RAY DIFFRACTION6E0 - 114
8X-RAY DIFFRACTION7E115 - 246
9X-RAY DIFFRACTION8F1 - 180
10X-RAY DIFFRACTION8H1 - 10
11X-RAY DIFFRACTION9F181 - 276
12X-RAY DIFFRACTION10G0 - 99
13X-RAY DIFFRACTION11I0 - 113
14X-RAY DIFFRACTION12I114 - 203
15X-RAY DIFFRACTION13J0 - 114
16X-RAY DIFFRACTION14J115 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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