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- PDB-5bze: Crystal structure of the murine CD44 hyaluronan binding domain co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bze
タイトルCrystal structure of the murine CD44 hyaluronan binding domain complex with a small molecule
要素CD44 antigen
キーワードPROTEIN BINDING / Link module
機能・相同性
機能・相同性情報


Hyaluronan uptake and degradation / macrophage fusion / hyaluronic acid binding / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / negative regulation of regulatory T cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / hyaluronan catabolic process ...Hyaluronan uptake and degradation / macrophage fusion / hyaluronic acid binding / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / negative regulation of regulatory T cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / hyaluronan catabolic process / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of neutrophil apoptotic process / branching involved in prostate gland morphogenesis / type II transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of mature B cell apoptotic process / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / wound healing, spreading of cells / cargo receptor activity / branching involved in ureteric bud morphogenesis / epidermal growth factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / channel regulator activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / microvillus / lamellipodium membrane / Neutrophil degranulation / receptor-mediated endocytosis / cell projection / regulation of cell growth / phosphoprotein binding / Wnt signaling pathway / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / neuron projection development / transmembrane signaling receptor activity / cell migration / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / basolateral plasma membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / inflammatory response / membrane raft / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / cell surface / protein-containing complex / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD44 antigen / CD44 antigen-like / Link domain signature. / Link domain / Extracellular link domain / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
[(1S)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-1-yl]methanol / [(1R)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-1-yl]methanol / CD44 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å
データ登録者Liu, L.K. / Finzel, B.C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the murine cd44 hyaluronan binding domain complex with a small molecule
著者: Liu, L.K. / Finzel, B.C.
履歴
登録2015年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD44 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3565
ポリマ－16,8561
非ポリマー5014
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.940, 81.901, 32.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CD44 antigen / Extracellular matrix receptor III / ECMR-III / GP90 lymphocyte homing/adhesion receptor / HUTCH-I / ...Extracellular matrix receptor III / ECMR-III / GP90 lymphocyte homing/adhesion receptor / HUTCH-I / Hermes antigen / Hyaluronate receptor / Lymphocyte antigen 24 / Ly-24 / Phagocytic glycoprotein 1 / PGP-1 / Phagocytic glycoprotein I / PGP-I


分子量: 16855.803 Da / 分子数: 1 / 断片: HYALURONAN BINDING DOMAIN, RESIDUES 21-171 / 変異: H23M; Q24N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd44, Ly-24 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15379

-
非ポリマー , 5種, 110分子

#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-68N / [(1S)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-1-yl]methanol


分子量: 163.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13NO
#5: 化合物 ChemComp-6BT / [(1R)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-1-yl]methanol


分子量: 163.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13NO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG MME 5000, MES, (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.312→81.901 Å / Num. obs: 33652 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 109201
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.3 % / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.312-1.3170.22211643560.1440.2655.9100
6.09-81.9010.03111473490.020.03725.198.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.31→40.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 0.691 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19529 1710 5.1 %RANDOM
Rwork0.17699 ---
obs0.17793 31846 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.884 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0 Å2-0.19 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.31→40.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1171 0 33 106 1310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0211298
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2531.9381782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8235169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.16824.21964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.65415205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.16159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211033
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6521.5812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2521337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9073486
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0824.5445
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.31→1.344 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 134 -
Rwork0.211 2168 -
obs--96.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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