+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5by1 | |||||||||
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Title | H18 Bat Influenza NS1 RNA Binding Domain | |||||||||
Components | Non-structural protein 1 | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Immune Antagonist | |||||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / host cell cytoplasm / host cell nucleus / RNA binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Influenza A virus | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.751 Å | |||||||||
Authors | Kerry, P.S. / Hale, B.G. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, Switzerland, 2items
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Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2015 Title: Novel Bat Influenza Virus NS1 Proteins Bind Double-Stranded RNA and Antagonize Host Innate Immunity. Authors: Turkington, H.L. / Juozapaitis, M. / Kerry, P.S. / Aydillo, T. / Ayllon, J. / Garcia-Sastre, A. / Schwemmle, M. / Hale, B.G. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5by1.cif.gz | 73.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5by1.ent.gz | 53.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5by1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5by1_validation.pdf.gz | 448.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5by1_full_validation.pdf.gz | 449.7 KB | Display | |
Data in XML | 5by1_validation.xml.gz | 8.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5by1_validation.cif.gz | 11.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/5by1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/5by1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5bxzC 1ailS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9433.925 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-74 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (A/flat-faced bat/Peru/033/2010(H18N11)) Gene: NS1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: U5N1D7 #2: Chemical | ChemComp-PEG / | #3: Chemical | ChemComp-1PE / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.82 Å3/Da / Density % sol: 32.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 / Details: 0.2M Na Acetate, 0.1M MES pH 6.5, 30% PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 / Wavelength: 1.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Aug 20, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→30 Å / Num. obs: 13038 / % possible obs: 94.9 % / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 2.268 / Net I/av σ(I): 33.261 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 41172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1AIL Resolution: 1.751→19.716 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 22.93 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 205.54 Å2 / Biso mean: 33.5906 Å2 / Biso min: 16.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.751→19.716 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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