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- PDB-5bx1: Crystal Structure of PRL-1 complex with compound analogy 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bx1
タイトルCrystal Structure of PRL-1 complex with compound analogy 3
要素Protein tyrosine phosphatase type IVA 1
キーワードHYDROLASE / monomer / protein tyrosine phosphatase / interface / detrimerizer
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / spindle / cytoplasmic side of plasma membrane / early endosome / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Polymorphic toxin system, DSP-PTPase phosphatase / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine-specific protein phosphatases domain ...: / Polymorphic toxin system, DSP-PTPase phosphatase / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4XA / Protein tyrosine phosphatase type IVA 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Liu, S. / Bai, Y. / Zhang, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of PRL-1 complex with compound analogy 3
著者: Liu, S. / Bai, Y. / Zhang, Z.
履歴
登録2015年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5624
ポリマ－18,0121
非ポリマー5503
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1
ヘテロ分子

A: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1238
ポリマ－36,0242
非ポリマー1,0996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area2060 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area14200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.070, 76.471, 86.873
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Protein tyrosine phosphatase type IVA 1 / PTP(CAAXI) / Protein-tyrosine phosphatase 4a1 / Protein-tyrosine phosphatase of regenerating liver 1 / PRL-1


分子量: 18012.029 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4-160 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTP4A1, PRL1, PTPCAAX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93096, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-4XA / 3-(5,6-dimethyl-2H-isoindol-2-yl)-N'-[(E)-furan-2-ylmethylidene]benzohydrazide


分子量: 357.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19N3O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.9 M amino sulfate, 100 mM sodium acetate, pH 4.6 ~ 4.9
PH範囲: pH 4.6 ~ 4.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 03/22/2012
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. all: 14049 / Num. obs: 13768 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.07 / Net I/av σ(I): 14.1 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 0.66 / % possible all: 69.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZCK

1zck


解像度: 1.9→50 Å / Data cutoff high absF: 17600 / Data cutoff low absF: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 460 3.6 %Random selection
Rwork0.195 ---
obs-11901 87.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1230 0 37 100 1367
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.98 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.307 35
Rwork0.285 853

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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