PDB-5bwf: Crystal structure of the beta-glucosidase from Trichoderma harzianum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bwf

タイトル

Crystal structure of the beta-glucosidase from Trichoderma harzianum

要素

Beta-1,4-glucosidase

キーワード

HYDROLASE / beta-glucosidase / GH1 family

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichoderma harzianum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Santos, C.A. / Zanphorlin, L.M. / Crucello, A. / Tonoli, C.C.C. / Ruller, R. / Souza, A.P. / Murakami, M.T.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the beta-glucosidase from Trichoderma harzianum
著者: Santos, C.A. / Zanphorlin, L.M. / Crucello, A. / Tonoli, C.C.C. / Ruller, R. / Souza, A.P. / Murakami, M.T.

履歴

登録	2015年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bwf.cif.gz	381.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bwf.ent.gz	312.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bwf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5bwf_validation.pdf.gz	457.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bwf_full_validation.pdf.gz	461.9 KB	表示
XML形式データ	5bwf_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	5bwf_validation.cif.gz	46.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/5bwf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/5bwf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ahyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6djg-2 6dim-2 1v03-d 4mdp-d 4jho-d 3aiw-d 1h49-2 6dji-2 1of0-d 3aiv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-1,4-glucosidase

B: Beta-1,4-glucosidase

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-1,4-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
55.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-1,4-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	218.241, 218.241, 84.675
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

詳細

Authors have indicated that the protein is monomeric as supported by Analytical Ultracentrifugation

#1: タンパク質	Beta-1,4-glucosidase 分子量: 55193.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoderma harzianum (菌類) / 遺伝子: bgl2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3FPG4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2 M ammonium sulphate 0.1 M sodium acetate pH 5.5 2% (v/v) PEG400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.458 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→47.25 Å / Num. obs: 71026 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / B_iso Wilson estimate: 30.56 Å² / R_merge F obs: 0.969 / R_merge(I) obs: 0.218 / R_rim(I) all: 0.248 / Χ²: 0.918 / Net I/σ(I): 7.06 / Num. measured all: 599403

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.6-2.76		0.586	0.786	1.56	67858	22396	21293	0.935	95.1
2.76-2.95		0.707	0.569	2.36	74703	21048	20629	0.668	98
2.95-3.18		0.85	0.414	3.65	80527	19596	19468	0.476	99.3
3.18-3.48		0.943	0.282	6.28	90088	18082	18052	0.315	99.8
3.48-3.89		0.967	0.196	9.14	77962	16363	16248	0.221	99.3
3.89-4.49		0.983	0.15	12.25	73214	14388	14366	0.168	99.8
4.49-5.49		0.984	0.138	12.59	60612	12191	12156	0.154	99.7
5.49-7.71		0.979	0.15	11.05	46718	9455	9386	0.168	99.3
	7.71	0.996	0.068	22.61	27721	5318	5262	0.076	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3AHY

3ahy

解像度: 2.6→47.25 Å / FOM work R set: 0.8732 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2108	3540	5 %
R_work	0.1764	67301	-
obs	0.1781	70841	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.16 Å² / B_iso mean: 37.31 Å² / B_iso min: 12.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→47.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7590	0	38	161	7789
B_iso mean	-	-	61.61	31.45	-
残基数	-	-	-	-	942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7865
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.703	10689
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	1088
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1398
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.567	2846

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5994-2.635	0.3438	138	0.2753	2590	2728	96
2.635-2.6726	0.2877	122	0.2651	2660	2782	100
2.6726-2.7125	0.3195	136	0.2572	2701	2837	100
2.7125-2.7549	0.2662	150	0.2527	2659	2809	100
2.7549-2.8	0.2988	136	0.2434	2692	2828	100
2.8-2.8483	0.3026	155	0.2387	2662	2817	100
2.8483-2.9001	0.3003	127	0.2233	2702	2829	100
2.9001-2.9559	0.2488	147	0.2182	2660	2807	100
2.9559-3.0162	0.2674	138	0.2182	2689	2827	100
3.0162-3.0818	0.2671	164	0.2168	2651	2815	100
3.0818-3.1534	0.2651	135	0.2053	2714	2849	100
3.1534-3.2323	0.259	128	0.2	2686	2814	100
3.2323-3.3196	0.2516	129	0.1976	2711	2840	100
3.3196-3.4173	0.2294	149	0.1863	2684	2833	100
3.4173-3.5276	0.223	120	0.1799	2720	2840	100
3.5276-3.6536	0.1961	146	0.1705	2658	2804	100
3.6536-3.7998	0.1771	159	0.1562	2691	2850	100
3.7998-3.9727	0.1594	137	0.1428	2710	2847	100
3.9727-4.182	0.1828	160	0.1358	2693	2853	100
4.182-4.4438	0.1626	147	0.1325	2690	2837	100
4.4438-4.7867	0.1673	150	0.1274	2699	2849	100
4.7867-5.2678	0.1409	131	0.1289	2710	2841	100
5.2678-6.0287	0.1703	135	0.1505	2747	2882	100
6.0287-7.5905	0.1819	149	0.1589	2741	2890	100
7.5905-47.2583	0.1491	152	0.1434	2781	2933	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8387	-0.1691	0.0098	0.0694	-0.1351	0.5022	0.0672	0.0713	0.3803	0.0678	-0.1317	-0.2774	-0.0961	0.0022	-0.006	0.3919	-0.0435	0.0021	0.2256	0.0326	0.3106	107.0113	-37.3855	-14.8068
2	0.6138	0.0272	-0.0603	0.5092	0.1497	0.8722	0.0126	-0.043	0.1353	0.129	-0.0072	-0.0021	-0.2702	-0.0172	-0.0031	0.3187	-0.0033	0.0112	0.211	-0.006	0.2643	97.3955	-43.5213	-1.8221
3	0.4114	-0.2119	0.1311	0.4944	0.5103	0.9344	-0.0137	-0.0031	-0.0063	-0.0046	-0.0302	0.0168	-0.0175	0.0731	0.0537	0.2172	-0.0521	0.0448	0.2125	0.0155	0.2116	93.8089	-59.6218	-5.9668
4	2.0294	0.5772	-0.5613	1.3858	-0.3327	1.1089	-0.1363	0.0798	0.0709	-0.2317	-0.0053	0.0069	-0.1745	-0.1394	0.1265	0.3169	-0.0349	-0.0432	0.2345	-0.0139	0.3022	83.4283	-48.4659	-16.8966
5	4.4379	-0.0176	0.528	2.4952	-0.2189	1.7116	-0.1207	0.7007	0.4561	-0.4287	-0.0326	0.0347	-0.4312	0.1878	0.1297	0.4624	-0.0357	-0.041	0.3425	0.0713	0.317	91.1258	-39.3641	-24.5756
6	0.3979	0.8431	0.0109	2.2224	-1.2332	4.0126	0.0314	0.0796	0.389	0.0422	0.0102	0.7845	-0.3791	-0.7401	0.0292	0.3169	0.1065	0.0176	0.4086	0.0071	0.4506	70.3089	-44.11	-12.9172
7	0.4193	0.0732	0.1466	0.3658	-0.3171	0.381	-0.0438	-0.1381	-0.1299	0.1489	-0.0289	0.1548	0.2268	-0.4273	0.0753	0.3541	-0.2277	0.0417	0.7838	-0.0071	0.341	45.3253	-88.9733	-11.1555
8	0.3993	0.1491	0.1955	0.5469	-0.1862	0.3698	0.014	0.0363	-0.1992	-0.0837	-0.0291	-0.0165	0.2199	-0.2953	-0.0292	0.3451	-0.2369	0.0217	0.5562	-0.0226	0.3137	59.1297	-95.2168	-13.8126
9	0.0522	0.2307	0.0435	1.0131	0.0063	0.5352	0.0517	-0.0568	-0.0027	0.1093	-0.0893	0.04	0.033	-0.192	0.0326	0.23	-0.1406	0.0458	0.492	-0.0348	0.3113	66.9688	-78.7206	-0.7082
10	0.8119	0.3091	-0.3632	0.8193	-0.0975	0.7134	0.0396	0.083	0.1125	-0.0958	-0.044	0.0511	0.0458	-0.26	0.0271	0.2974	-0.1502	0.0006	0.4756	-0.0298	0.3226	63.7789	-72.6442	-19.5708
11	1.0389	0.496	-0.0179	1.0068	-0.2017	0.2805	-0.2091	0.2368	0.0048	-0.4388	0.0941	0.1905	-0.0694	-0.3737	0.1131	0.3815	-0.1693	-0.0644	0.6104	-0.0228	0.3019	56.6328	-75.6902	-25.0667

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 49 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 255 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 256 through 377 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 378 through 424 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 425 through 454 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 455 through 484 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 15 through 49 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 50 through 173 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 174 through 377 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 378 through 424 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 425 through 484 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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