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- PDB-5bvz: HK620 Tail Needle crystallized at pH 9 (Crystal form II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bvz
タイトルHK620 Tail Needle crystallized at pH 9 (Crystal form II)
要素DNA stabilization protein
キーワードVIRAL PROTEIN / tail needle / viral genome-ejection / Coiled coil / trimer / bacteriophage
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix Hairpins - #940 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / Helix Hairpins / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA stabilization protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage HK620 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bhardwaj, A. / Cingolani, G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM100888 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA56036 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2016
タイトル: Structural Plasticity of the Protein Plug That Traps Newly Packaged Genomes in Podoviridae Virions.
著者: Bhardwaj, A. / Sankhala, R.S. / Olia, A.S. / Brooke, D. / Casjens, S.R. / Taylor, D.J. / Prevelige, P.E. / Cingolani, G.
履歴
登録2015年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年6月24日ID: 4FOH
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Data collection / Database references
改定 1.22015年12月2日Group: Database references
改定 1.32016年1月13日Group: Database references
改定 1.42017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA stabilization protein
B: DNA stabilization protein
C: DNA stabilization protein
D: DNA stabilization protein
E: DNA stabilization protein
F: DNA stabilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,66010
ポリマ-150,5096
非ポリマー1514
6,251347
1
A: DNA stabilization protein
B: DNA stabilization protein
C: DNA stabilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3305
ポリマ-75,2543
非ポリマー762
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23910 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area24440 Å2
手法PISA
2
D: DNA stabilization protein
E: DNA stabilization protein
F: DNA stabilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3305
ポリマ-75,2543
非ポリマー762
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23810 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area24480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.002, 73.812, 77.633
Angle α, β, γ (deg.)83.21, 66.41, 70.66
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
DNA stabilization protein / Phage HK620 tail needle gp26


分子量: 25084.785 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage HK620 (ファージ)
遺伝子: 26 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9AYZ3
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 40% PEG 4000, 0.1M potassium chloride, 0.1M TAPS buffer, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月6日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→15 Å / Num. all: 71365 / Num. obs: 37023 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 9.04
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.327 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C9I
解像度: 2.5→15 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2597 1763 5.16 %Random selection
Rwork0.209 ---
obs0.2116 37023 89.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8178 0 4 347 8529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048256
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78711250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6822964
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041464
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4947-2.52870.3277930.29351883X-RAY DIFFRACTION66
2.5287-2.56470.38631540.28722383X-RAY DIFFRACTION84
2.5647-2.60280.37721320.28442508X-RAY DIFFRACTION88
2.6028-2.64320.3591370.28562551X-RAY DIFFRACTION88
2.6432-2.68630.36541270.28632531X-RAY DIFFRACTION88
2.6863-2.73240.29491390.28132545X-RAY DIFFRACTION88
2.7324-2.78170.30591560.25992463X-RAY DIFFRACTION89
2.7817-2.83490.3431250.2452658X-RAY DIFFRACTION89
2.8349-2.89240.32461420.25012510X-RAY DIFFRACTION89
2.8924-2.95480.3111550.24422585X-RAY DIFFRACTION89
2.9548-3.0230.27591320.24922551X-RAY DIFFRACTION90
3.023-3.09790.29981290.22632561X-RAY DIFFRACTION89
3.0979-3.18090.27641450.23312618X-RAY DIFFRACTION90
3.1809-3.27360.32811320.22212583X-RAY DIFFRACTION91
3.2736-3.37810.26791510.19912645X-RAY DIFFRACTION91
3.3781-3.49740.25061480.18592619X-RAY DIFFRACTION91
3.4974-3.63550.2041680.18072569X-RAY DIFFRACTION91
3.6355-3.79840.20181360.18752667X-RAY DIFFRACTION91
3.7984-3.99510.21421350.16772615X-RAY DIFFRACTION91
3.9951-4.24010.23341400.15852634X-RAY DIFFRACTION92
4.2401-4.55890.2091300.16062658X-RAY DIFFRACTION92
4.5589-5.00220.25261510.18472625X-RAY DIFFRACTION92
5.0022-5.69120.22391140.20162725X-RAY DIFFRACTION93
5.6912-7.04470.24831530.2222681X-RAY DIFFRACTION93
7.0447-15.00790.18771610.17352635X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0898-3.40043.03616.0433-4.6694.3852-0.34640.07040.33010.5015-0.1179-0.4956-0.44520.13450.43930.1871-0.03990.02830.24480.04010.2866-46.622282.5511-56.1837
22.0546-1.48561.77962.6596-2.00662.65670.0044-0.01560.0680.0308-0.0416-0.0638-0.0230.08530.05170.1562-0.0140.02940.1652-0.02190.1522-11.143917.998.3906
31.2419-1.71832.4044.4222-5.26636.6718-0.2039-0.11430.02440.42380.41760.1286-0.4223-0.4652-0.31920.29530.03250.08060.2196-0.07630.2213-46.792881.3255-57.3141
40.6499-0.28110.74381.3606-0.87021.94260.0390.01050.03920.05730.0327-0.02840.0435-0.0113-0.03020.23730.01520.02650.231-0.03210.2455-14.754618.142110.4741
50.3949-1.27351.02964.0009-3.09573.05190.0127-0.0445-0.0235-0.25760.03750.04280.1294-0.0292-0.03350.1051-0.0477-0.03610.2638-0.0030.3253-43.8377.1874-51.7198
60.9244-0.73050.85741.7692-1.14311.9696-0.0308-0.00580.0137-0.0028-0.0216-0.12440.1115-0.00610.04620.231-0.01180.02220.1709-0.06110.201-12.058712.44949.4391
70.9105-1.9641.97736.0987-5.41265.96450.09530.03020.0598-0.3344-0.1234-0.06480.48790.10740.03490.08970.04570.02080.2635-0.05730.2781-14.345448.464313.4146
80.8136-0.38451.021.3285-1.34542.34290.1216-0.0781-0.1297-0.00480.07270.18850.0793-0.1489-0.15080.1935-0.02540.00560.2055-0.00070.2344-43.338113.3056-53.8347
91.7215-1.67422.27052.1751-2.56683.8615-0.0241-0.0732-0.04760.05480.06490.0707-0.0087-0.0166-0.12430.1882-0.0365-0.0090.2129-0.04090.302-13.919749.445714.4278
100.6697-0.30730.72421.7378-1.06791.65470.1418-0.0675-0.216-0.08160.0990.13750.0626-0.06-0.27180.2361-0.0551-0.03620.2065-0.00480.2831-47.3172112.614-52.8293
111.2322-2.42941.81337.63-4.46533.4656-0.0517-0.06740.07390.13180.1051-0.10420.0475-0.15740.06510.1939-0.04360.03050.2126-0.040.203-13.100749.192713.1806
120.6499-0.72781.22952.1517-1.84892.35830.0055-0.1336-0.13050.09180.072-0.0856-0.0288-0.2352-0.03050.2352-0.0313-0.02540.2263-0.02180.2721-45.2455115.7106-50.9115
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 54 through 139 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 140 through 233 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 54 through 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 140 through 233 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 54 through 149 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 150 through 233 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 54 through 139 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 140 through 233 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 54 through 139 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 140 through 233 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 54 through 139 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 140 through 233 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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