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万見
- PDB-5bux: Crystal Structure of 3-hydroxyacyl-ACP dehydratase (FabZ) from Ye... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bux
タイトルCrystal Structure of 3-hydroxyacyl-ACP dehydratase (FabZ) from Yersinia pestis with glycerol bound
要素3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
キーワードLYASE / FabZ / antimicrobial target / hot-dog fold / fatty acid synthesis / trimer of dimers
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / lipid A biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabZ / Beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase, FabA/FabZ / FabA-like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis KIM10+ (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者McGillick, B. / Kumaran, D. / Swaminathan, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of 3-hydroxyacyl-ACP dehydratase (FabZ) from Yersinia pestis with glycerol bound
著者: McGillick, B. / Kumaran, D. / Swaminathan, S.
履歴
登録2015年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
B: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0147
ポリマ－42,6562
非ポリマー3585
水3,693205
1
A: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
B: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
ヘテロ分子

A: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
B: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
ヘテロ分子

A: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
B: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,04221
ポリマ－127,9676
非ポリマー1,07515
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area19430 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area31250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.760, 104.760, 87.961
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ / (3R)-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxymyristoyl-ACP dehydrase / ...(3R)-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxymyristoyl-ACP dehydrase / Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase


分子量: 21327.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pestis KIM10+ (ペスト菌)
株: KIM10+ / 遺伝子: fabZ, YPA_0531 / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q1CAM3, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8% Tacsimate, pH 8.0, 400 mM sodium thiocyanate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 42366 / Num. obs: 42366 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ZHG

1zhg


解像度: 1.9→39.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.852 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18534 2140 5.1 %RANDOM
Rwork0.15543 ---
obs0.15691 40206 97.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.887 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20.46 Å2-0 Å2
2--0.46 Å2-0 Å2
3----1.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→39.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2277 0 21 205 2503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0192349
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3641.9783157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99835302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0275283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.05522.593108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.63315407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3951520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1660.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02553
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.899→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 126 -
Rwork0.191 2528 -
obs--83.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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