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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bux | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of 3-hydroxyacyl-ACP dehydratase (FabZ) from Yersinia pestis with glycerol bound | ||||||
![]() | 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ | ||||||
![]() | LYASE / FabZ / antimicrobial target / hot-dog fold / fatty acid synthesis / trimer of dimers | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / : / : / : / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / lipid A biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McGillick, B. / Kumaran, D. / Swaminathan, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of 3-hydroxyacyl-ACP dehydratase (FabZ) from Yersinia pestis with glycerol bound 著者: McGillick, B. / Kumaran, D. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 465.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1zhgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21327.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: KIM10+ / 遺伝子: fabZ, YPA_0531 / プラスミド: pET28B / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q1CAM3, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 8% Tacsimate, pH 8.0, 400 mM sodium thiocyanate, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月20日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 42366 / Num. obs: 42366 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 30.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 84.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1ZHG 解像度: 1.9→39.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.852 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.887 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→39.61 Å
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拘束条件 |
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