[日本語] English
万見
- PDB-5bun: Crystal structure of an antigenic outer membrane protein ST50 fro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bun
タイトルCrystal structure of an antigenic outer membrane protein ST50 from Salmonella Typhi
要素Outer membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / outer membrane protein / TolC-like / multiple drug efflux pump
機能・相同性
機能・相同性情報


efflux pump complex / porin activity / efflux transmembrane transporter activity / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Type I secretion outer membrane protein, TolC / : / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Yoshimura, M. / Chuankhayan, P. / Lin, C.C. / Chen, N.C. / Yang, M.C. / Fun, H.K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of an antigenic outer-membrane protein from Salmonella Typhi suggests a potential antigenic loop and an efflux mechanism.
著者: Guan, H.H. / Yoshimura, M. / Chuankhayan, P. / Lin, C.C. / Chen, N.C. / Yang, M.C. / Ismail, A. / Fun, H.K. / Chen, C.J.
履歴
登録2015年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein
B: Outer membrane protein
C: Outer membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,6777
ポリマ－153,5073
非ポリマー1,1694
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15830 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area58070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)246.847, 246.847, 65.676
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

-
要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein


分子量: 51169.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0X1KHE0*PLUS
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A sequence reference for this protein does not currently exist.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 10% PEG 8000, 100mM NaCl, 0.5%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→30 Å / Num. all: 40826 / Num. obs: 40826 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 10.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EK9

1ek9


解像度: 2.98→29.935 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 1756 5.04 %
Rwork0.2096 33107 -
obs0.213 34863 85.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 144.56 Å2 / Biso mean: 46.2127 Å2 / Biso min: 12.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.98→29.935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9969 0 80 2 10051
Biso mean--77.29 28.08 -
残基数----1285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93113823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351617
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3693765
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9788-3.05930.319320.269456259419
3.0593-3.14920.4116700.28681139120939
3.1492-3.25080.32721040.26951938204266
3.2508-3.36680.36041510.26942593274488
3.3668-3.50140.36531400.24482897303797
3.5014-3.66050.31691930.23022932312599
3.6605-3.85310.30481400.204530013141100
3.8531-4.0940.26711600.184829513111100
4.094-4.40910.22271550.175529823137100
4.4091-4.85120.21151420.165130123154100
4.8512-5.54930.28391600.192230143174100
5.5493-6.97690.29471370.25230363173100
6.9769-29.93610.22851720.20163050322298

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る