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- PDB-5bul: Structure of flavin-dependent brominase Bmp2 triple mutant Y302S ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bul
タイトルStructure of flavin-dependent brominase Bmp2 triple mutant Y302S F306V A345W
要素flavin-dependent halogenase triple mutant
キーワードHYDROLASE / flavin-dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Tryptophan halogenase / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Flavin-dependent halogenase triple mutant
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9784 Å
データ登録者Agarwal, V. / Louie, G.V. / Noel, J.P. / Moore, B.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Biosynthesis of coral settlement cue tetrabromopyrrole in marine bacteria by a uniquely adapted brominase-thioesterase enzyme pair.
著者: El Gamal, A. / Agarwal, V. / Diethelm, S. / Rahman, I. / Schorn, M.A. / Sneed, J.M. / Louie, G.V. / Whalen, K.E. / Mincer, T.J. / Noel, J.P. / Paul, V.J. / Moore, B.S.
履歴
登録2015年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22016年6月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: flavin-dependent halogenase triple mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8152
ポリマ－46,0291
非ポリマー7861
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.232, 51.531, 77.062
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 flavin-dependent halogenase triple mutant


分子量: 46029.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A140UHM1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.978→40 Å / Num. obs: 26147 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 30.01

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.1_743精密化
HKL-2000データ収集
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BVA

5bva


解像度: 1.9784→32.974 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2145 1308 5.01 %
Rwork0.1788 --
obs0.1806 26126 97.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.538 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20.1655 Å2
2--0.3533 Å20 Å2
3----0.2333 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9784→32.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3096 0 53 219 3368
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073234
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0854382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9781171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004561
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9784-2.05760.2511280.18272513X-RAY DIFFRACTION90
2.0576-2.15120.23661410.18352733X-RAY DIFFRACTION98
2.1512-2.26460.2221350.16922762X-RAY DIFFRACTION99
2.2646-2.40650.21471530.17362757X-RAY DIFFRACTION99
2.4065-2.59220.271540.17862800X-RAY DIFFRACTION99
2.5922-2.85290.20741340.19122806X-RAY DIFFRACTION100
2.8529-3.26540.21231580.18552792X-RAY DIFFRACTION99
3.2654-4.11280.18481580.1622820X-RAY DIFFRACTION100
4.1128-32.97810.21191470.18672835X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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