PDB-5bu8: HK620 Tail Needle crystallized at pH 7.5 and derivatized with Xenon

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bu8

タイトル

HK620 Tail Needle crystallized at pH 7.5 and derivatized with Xenon

要素

(DNA stabilization protein) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / HK620 / Tail Needle / Membrane penetration

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella phage HK620 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.202 Å

データ登録者

Sankhala, R.S. / Cingolani, G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Plasticity of the Protein Plug That Traps Newly Packaged Genomes in Podoviridae Virions.
著者: Bhardwaj, A. / Sankhala, R.S. / Olia, A.S. / Brooke, D. / Casjens, S.R. / Taylor, D.J. / Prevelige, P.E. / Cingolani, G.

履歴

登録	2015年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月2日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月13日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2020年6月17日	Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.6	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.7	2024年10月23日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bu8.cif.gz	157.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bu8.ent.gz	121.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bu8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5bu8_validation.pdf.gz	423.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bu8_full_validation.pdf.gz	427.6 KB	表示
XML形式データ	5bu8_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	5bu8_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/5bu8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/5bu8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zkpC 4zkuC 4zxqC 5bu5C 5bvzC 2pohS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pxt-1 4pxu-1 3o0z-2 6irb-2 6irb-1 2v71-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA stabilization protein

B: DNA stabilization protein

ヘテロ分子

46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA stabilization protein

ヘテロ分子

A: DNA stabilization protein

ヘテロ分子

A: DNA stabilization protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA stabilization protein

ヘテロ分子

B: DNA stabilization protein

ヘテロ分子

B: DNA stabilization protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
76.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.642, 43.642, 271.063
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-301- CA
2	1	A-302- XE
3	1	A-303- XE
4	1	A-304- XE
5	1	A-305- XE
6	1	B-301- CA
7	1	B-302- XE
8	1	B-303- XE
9	1	A-461- HOH
10	1	B-521- HOH
11	1	B-562- HOH

#1: タンパク質	DNA stabilization protein 分子量: 20994.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella phage HK620 (ファージ) 遺伝子: 26 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AYZ3
#2: タンパク質	DNA stabilization protein 分子量: 25084.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella phage HK620 (ファージ) 遺伝子: 26 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AYZ3
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-XE / XENON / キセノン分子量: 131.293 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N
配列の詳細	Residues 26-46 in chain A had been modeled as a poly ALA but represented here as UNK residues in ...Residues 26-46 in chain A had been modeled as a poly ALA but represented here as UNK residues in the coordinates. Residue numbers are arbitrary as the exact registry is not clear. Full sequence is the same as that of the chain B.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG 1000, 0.1M Tris pH 7.5 derivatized with Xenon gas prior to data collection PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月6日
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→28.988 Å / Num. obs: 26538 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 12.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / R_sym value: 0.11 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / % possible all: 58.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2POH

2poh

解像度: 2.202→28.988 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.25 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2507	1468	5.55 %	Thin resolution shells
R_work	0.2263	-	-	-
obs	0.2306	26470	90.29 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.202→28.988 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2805	0	8	300	3113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2830
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.892	3860
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.578	998
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	487
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	502

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2211-2.2988	0.3207	88	0.2802	1633	X-RAY DIFFRACTION	58
2.2988-2.3887	0.3068	110	0.2517	1883	X-RAY DIFFRACTION	69
2.3887-2.4946	0.2527	132	0.2444	2272	X-RAY DIFFRACTION	81
2.4946-2.6222	0.2671	153	0.2429	2582	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6222-2.7806	0.2362	150	0.2313	2636	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7806-2.986	0.2668	130	0.2048	2646	X-RAY DIFFRACTION	95
2.986-3.2696	0.2691	82	0.2269	2713	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2696-3.7053	0.2213	155	0.208	2635	X-RAY DIFFRACTION	94
3.7053-4.5373	0.2179	148	0.2015	2622	X-RAY DIFFRACTION	94
4.5373-8.2918	0.2733	210	0.2563	2580	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1102	-0.0091	0.0577	0.0321	-0.1813	1.4861	-0.0594	-0.058	0.0737	0.1103	-0.0812	0.048	-0.1251	0.1804	-0.165	0.1884	0.0108	0.0196	0.1033	-0.0006	0.0227	22.1712	113.8513	94.9698
2	0.2262	-0.0476	-0.0462	0.1406	-0.08	0.773	-0.0229	0.0309	0.0097	-0.0162	0.0201	-0.0173	0.0127	-0.0779	-0.0077	0.0682	-0.0195	0.0036	0.053	-0.0038	0.0812	23.1249	111.4033	191.1851
3	0.0943	0.0255	-0.1018	0.0429	0.138	1.0386	-0.0716	-0.0539	0.0195	0.0906	-0.0431	-0.047	0.0216	-0.0834	-0.0576	0.1699	0.0413	-0.0062	0.1484	-0.0314	0.0188	43.3467	100.1145	-40.5535
4	0.1824	-0.0124	0.0717	0.1855	0.0117	0.6281	0.0217	-0.0016	0.0071	-0.0505	-0.0035	0.0386	0.0793	0.0159	0.0059	0.0424	0.0037	-0.0036	0.0504	0.0002	0.056	42.2344	102.8517	55.6689

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 56 through 139 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 140 through 233 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 56 through 139 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 140 through 233 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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