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- PDB-5bu8: HK620 Tail Needle crystallized at pH 7.5 and derivatized with Xenon -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bu8
タイトルHK620 Tail Needle crystallized at pH 7.5 and derivatized with Xenon
要素(DNA stabilization protein) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / HK620 / Tail Needle / Membrane penetration
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / virus tail / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #940 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / Helix Hairpins / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
XENON / Tail needle protein gp26
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella phage HK620 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.202 Å
データ登録者Sankhala, R.S. / Cingolani, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM100888 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Plasticity of the Protein Plug That Traps Newly Packaged Genomes in Podoviridae Virions.
著者: Bhardwaj, A. / Sankhala, R.S. / Olia, A.S. / Brooke, D. / Casjens, S.R. / Taylor, D.J. / Prevelige, P.E. / Cingolani, G.
履歴
登録2015年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22016年1月13日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年6月17日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年10月23日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA stabilization protein
B: DNA stabilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,94710
ポリマ－46,0792
非ポリマー8688
水5,405300
1
A: DNA stabilization protein
ヘテロ分子

A: DNA stabilization protein
ヘテロ分子

A: DNA stabilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,67918
ポリマ－62,9833
非ポリマー1,69615
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_1095x,y,z1
crystal symmetry operation3_6105x,y,z1
2
B: DNA stabilization protein
ヘテロ分子

B: DNA stabilization protein
ヘテロ分子

B: DNA stabilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,16212
ポリマ－75,2543
非ポリマー9089
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_1085x,y,z1
crystal symmetry operation3_7105x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.642, 43.642, 271.063
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

CA

21A-302-

XE

31A-303-

XE

41A-304-

XE

51A-305-

XE

61B-301-

CA

71B-302-

XE

81B-303-

XE

91A-461-

HOH

101B-521-

HOH

111B-562-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA stabilization protein


分子量: 20994.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella phage HK620 (ファージ)
遺伝子: 26 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AYZ3
#2: タンパク質 DNA stabilization protein


分子量: 25084.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella phage HK620 (ファージ)
遺伝子: 26 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AYZ3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-XE / XENON


分子量: 131.293 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN
配列の詳細Residues 26-46 in chain A had been modeled as a poly ALA but represented here as UNK residues in ...Residues 26-46 in chain A had been modeled as a poly ALA but represented here as UNK residues in the coordinates. Residue numbers are arbitrary as the exact registry is not clear. Full sequence is the same as that of the chain B.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG 1000, 0.1M Tris pH 7.5 derivatized with Xenon gas prior to data collection
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月6日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→28.988 Å / Num. obs: 26538 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / % possible all: 58.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2POH

2poh


解像度: 2.202→28.988 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.25 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2507 1468 5.55 %Thin resolution shells
Rwork0.2263 ---
obs0.2306 26470 90.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.202→28.988 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2805 0 8 300 3113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8923860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.578998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004502
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2211-2.29880.3207880.28021633X-RAY DIFFRACTION58
2.2988-2.38870.30681100.25171883X-RAY DIFFRACTION69
2.3887-2.49460.25271320.24442272X-RAY DIFFRACTION81
2.4946-2.62220.26711530.24292582X-RAY DIFFRACTION92
2.6222-2.78060.23621500.23132636X-RAY DIFFRACTION94
2.7806-2.9860.26681300.20482646X-RAY DIFFRACTION95
2.986-3.26960.2691820.22692713X-RAY DIFFRACTION96
3.2696-3.70530.22131550.2082635X-RAY DIFFRACTION94
3.7053-4.53730.21791480.20152622X-RAY DIFFRACTION94
4.5373-8.29180.27332100.25632580X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1102-0.00910.05770.0321-0.18131.4861-0.0594-0.0580.07370.1103-0.08120.048-0.12510.1804-0.1650.18840.01080.01960.1033-0.00060.022722.1712113.851394.9698
20.2262-0.0476-0.04620.1406-0.080.773-0.02290.03090.0097-0.01620.0201-0.01730.0127-0.0779-0.00770.0682-0.01950.00360.053-0.00380.081223.1249111.4033191.1851
30.09430.0255-0.10180.04290.1381.0386-0.0716-0.05390.01950.0906-0.0431-0.0470.0216-0.0834-0.05760.16990.0413-0.00620.1484-0.03140.018843.3467100.1145-40.5535
40.1824-0.01240.07170.18550.01170.62810.0217-0.00160.0071-0.0505-0.00350.03860.07930.01590.00590.04240.0037-0.00360.05040.00020.05642.2344102.851755.6689
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 56 through 139 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 140 through 233 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 56 through 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 140 through 233 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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