PDB-5bu5: HK620 Tail Needle crystallized at pH 9 (crystal form I)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bu5

タイトル

HK620 Tail Needle crystallized at pH 9 (crystal form I)

要素

DNA stabilization protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / tail needle / viral genome-ejection / coiled-coil / trimer / bacteriophage

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage HK620 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.952 Å

データ登録者

Bhardwaj, A. / Cingolani, G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM100888	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	P30 CA56036	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Plasticity of the Protein Plug That Traps Newly Packaged Genomes in Podoviridae Virions.
著者: Bhardwaj, A. / Sankhala, R.S. / Olia, A.S. / Brooke, D. / Casjens, S.R. / Taylor, D.J. / Prevelige, P.E. / Cingolani, G.

履歴

登録	2015年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2015年6月24日	ID: 4FMY
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Data collection / Database references
改定 1.2	2015年12月2日	Group: Database references
改定 1.3	2016年1月13日	Group: Database references
改定 1.4	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bu5.cif.gz	424.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bu5.ent.gz	346.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bu5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5bu5_validation.pdf.gz	467.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bu5_full_validation.pdf.gz	472.4 KB	表示
XML形式データ	5bu5_validation.xml.gz	45.9 KB	表示
CIF形式データ	5bu5_validation.cif.gz	66.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/5bu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/5bu5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zkpC 4zkuC 4zxqC 5bu8C 5bvzC 3c9iS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6vfq-d 4zku-2 5bvz-2 5dzw-d 4zku-1 5bvz-1 4zkp-2 6dd8-d 6f5x-1 6pgw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA stabilization protein

B: DNA stabilization protein

C: DNA stabilization protein

D: DNA stabilization protein

E: DNA stabilization protein

F: DNA stabilization protein

ヘテロ分子

151 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA stabilization protein

B: DNA stabilization protein

C: DNA stabilization protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: DNA stabilization protein

E: DNA stabilization protein

F: DNA stabilization protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.032, 73.265, 77.355
Angle α, β, γ (deg.)	96.64, 89.77, 111.16
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	DNA stabilization protein 分子量: 25084.785 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage HK620 (ファージ) 遺伝子: 26 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9AYZ3
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 926 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.45 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 40% PEG 4000, 0.1M potassium chloride, 0.1M TAPS buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月6日詳細: HORIZONTAL BENT SI(111), ASYMMETRICALLY CUT WITH WATER COOLED CU BLOCK. RH-COATED SI MIRROR FOR VERTICAL FOCUSING
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→15 Å / Num. obs: 72716 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 1.8 % / R_sym value: 0.136 / Net I/σ(I): 14.45
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 1.4 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / R_sym value: 0.41 / % possible all: 73.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3C9I

3c9i

解像度: 1.952→14.947 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 24.69 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2228	2011	2.95 %	Random Selection
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.2017	68211	87.21 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.952→14.947 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7920	0	4	926	8850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7992
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.882	10890
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.649	2880
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	1374
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1410

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9518-2.0005	0.3788	89	0.3138	3136	X-RAY DIFFRACTION	58
2.0005-2.0545	0.3338	133	0.2886	4487	X-RAY DIFFRACTION	82
2.0545-2.1148	0.3701	142	0.3044	4635	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1148-2.1829	0.2872	149	0.2418	4975	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1829-2.2606	0.2761	144	0.2341	4702	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2606-2.3508	0.2639	137	0.2295	4631	X-RAY DIFFRACTION	85
2.3508-2.4574	0.2707	144	0.2232	4599	X-RAY DIFFRACTION	85
2.4574-2.5863	0.2505	141	0.2179	4626	X-RAY DIFFRACTION	86
2.5863-2.7474	0.1977	148	0.2166	4714	X-RAY DIFFRACTION	87
2.7474-2.958	0.2493	139	0.2068	4748	X-RAY DIFFRACTION	87
2.958-3.2529	0.1844	158	0.1963	5185	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2529-3.7173	0.2104	164	0.1709	5292	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7173-4.6597	0.1603	160	0.1468	5236	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6597-14.9479	0.1729	163	0.172	5234	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1131	0.0459	0.0446	2.2791	2.1888	2.5519	-0.0628	0.0208	-0.0251	0.2405	-0.0988	0.1483	0.3879	-0.2032	0.1865	0.186	-0.0115	0.0001	0.2318	0.0066	0.2226	14.7634	-72.0912	-76.4389
2	0.5409	-0.1841	0.132	1.4671	0.1939	1.4683	-0.0929	-0.0743	0.1702	0.2165	0.1318	-0.1243	0.0613	0.093	-0.0754	0.1623	0.0071	-0.0426	0.1997	-0.0031	0.23	10.9583	-20.2279	1.054
3	0.2525	-0.3326	-0.432	0.5989	0.9731	1.8917	-0.0008	0.0078	-0.0058	0.1564	0.0399	0.0364	0.314	0.034	-0.1651	0.2704	-0.0083	-0.0093	0.1917	0.0293	0.2447	14.2375	-67.4588	-72.8235
4	1.1444	-0.0759	0.0624	1.5057	0.0737	1.1218	0.0684	0.0868	0.1602	-0.0728	-0.0207	-0.062	-0.067	0.1208	-0.0111	0.2415	0.0228	-0.0168	0.2444	-0.0015	0.2102	13.9601	-25.4822	-15.367
5	1.0339	0.2165	0.1466	0.7322	-0.4691	0.3799	0.018	-0.1396	0.1148	0.4067	0.0681	-0.2579	-0.1103	0.1424	-0.0613	0.295	0.0591	-0.105	0.2558	-0.0782	0.2871	16.4116	-15.6417	13.1733
6	0.1737	-0.1797	-0.1786	1.8071	1.796	2.2129	-0.0771	-0.012	-0.0323	-0.0732	-0.0792	0.1826	-0.0272	-0.084	0.191	0.1867	-0.0341	0.032	0.1711	0.014	0.2528	12.7915	-70.8627	-77.0413
7	0.4717	-0.1872	-0.0944	0.7776	0.0775	1.0833	-0.061	-0.0254	0.2141	0.1569	0.0783	-0.1514	-0.0484	0.1307	0.0039	0.2101	0.021	-0.0485	0.2324	-0.025	0.2766	13.6444	-17.4249	-0.4272
8	0.0231	-0.2359	-0.2584	1.9533	1.984	2.3965	-0.0499	-0.0098	0.0144	-0.1857	-0.1333	0.1542	-0.227	-0.1598	0.2524	0.1724	0.0049	-0.0092	0.2212	0.0061	0.2121	41.6081	15.434	-3.0505
9	0.5586	-0.0012	-0.1718	1.3041	0.358	1.4345	-0.0754	0.052	-0.1024	-0.1946	0.0921	-0.0707	0.0739	0.0558	-0.0479	0.2149	-0.0361	0.0312	0.187	-0.0029	0.222	37.2373	-36.4518	-80.5231
10	0.1831	0.2178	0.2701	1.0091	1.5507	2.8207	-0.007	-0.0043	0.003	-0.0862	0.0491	0.0409	-0.1742	0.0572	-0.0869	0.2386	0.0103	-0.0048	0.189	0.0224	0.2198	41.1335	10.7717	-6.6502
11	3.5654	0.9882	0.0463	3.984	0.2052	1.4512	0.0927	-0.1114	-0.2282	0.1688	-0.0365	-0.1481	0.1011	0.1761	-0.0449	0.193	-0.0424	0.0218	0.2409	-0.0196	0.1327	40.5286	-27.0119	-61.9408
12	0.9387	-0.2616	-0.2517	1.3066	-0.2098	0.6943	0.0143	0.1736	-0.0951	-0.3077	0.103	-0.2494	0.3242	0.2545	-0.0525	0.275	-0.0414	0.0783	0.2335	-0.0369	0.2782	42.2412	-40.7324	-89.1715
13	0.0311	0.2039	0.1902	1.3681	1.1642	1.4134	-0.0611	-0.0033	-0.0017	-0.0261	-0.0319	0.1465	-0.0503	0.0045	0.2051	0.189	0.0286	-0.0525	0.244	-0.0135	0.2604	39.6693	14.173	-2.4623
14	0.6119	0.1896	0.2443	0.9577	0.3789	1.2091	0.0233	0.0729	-0.1751	-0.168	0.0534	-0.2309	0.0557	0.1392	-0.0345	0.2303	-0.0166	0.0407	0.2333	-0.0126	0.2747	39.9293	-39.2693	-79.0435

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 60 through 139 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 140 through 233 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 60 through 147 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 148 through 175 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 176 through 233 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 60 through 139 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 140 through 233 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 60 through 139 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 140 through 233 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 60 through 147 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 148 through 165 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 166 through 233 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'F' and (resid 60 through 139 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resid 140 through 233 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)