PDB-5btu: The structure of Diels-Alderase PyrI4 in the biosynthetic pathway...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5btu

タイトル

The structure of Diels-Alderase PyrI4 in the biosynthetic pathway of pyrroindomycins

要素

PyrI4

キーワード

LYASE / beta-barrel / Diels-Alderase / pyrroindomycins

機能・相同性

Allene oxide cyclase barrel-like domain / Allene oxide cyclase barrel like domain / 異性化酵素 / antibiotic biosynthetic process / isomerase activity / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Spiro-conjugate synthase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces rugosporus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.503 Å

データ登録者

Pan, L. / Guo, Y. / Liu, J.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016
タイトル: Enzyme-Dependent [4 + 2] Cycloaddition Depends on Lid-like Interaction of the N-Terminal Sequence with the Catalytic Core in PyrI4
著者: Zheng, Q. / Guo, Y. / Yang, L. / Zhao, Z. / Wu, Z. / Zhang, H. / Liu, J. / Cheng, X. / Wu, J. / Yang, H. / Jiang, H. / Pan, L. / Liu, W.

履歴

登録	2015年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5btu.cif.gz	186.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5btu.ent.gz	161.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5btu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5btu_validation.pdf.gz	464.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5btu_full_validation.pdf.gz	472.1 KB	表示
XML形式データ	5btu_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	5btu_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/5btu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/5btu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5bu3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5czc-1 5e2h-3 4ap0-4 5yng-d 2qx3-1 5czc-2 5kku-3 1vji-d 5v01-d 6w4c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PyrI4

B: PyrI4

ヘテロ分子

40.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.379, 47.379, 131.209
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	PyrI4 分子量: 19827.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces rugosporus (バクテリア) 遺伝子: pyrI4 / プラスミド: pET28a 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: K7QVW7
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.45 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 1000, Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月20日
放射	モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 11339 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 5.42 / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 43.45
反射シェル	解像度: 2.5→2.75 Å / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.969 / Mean I/σ(I) obs: 7.62 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		data processing
PHENIX	1.8.2_1309	位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	1.8.2_1309	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.503→39.161 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 33.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2506	536	4.78 %	Random selection
R_work	0.1801	-	-	-
obs	0.1835	11215	98.92 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.503→39.161 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2382	0	48	10	2440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	2467
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.753	3339
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.575	888
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	394
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	432

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.503-2.7548	0.3703	145	0.2448	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7548-3.1533	0.3235	135	0.2291	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1533-3.9722	0.2758	132	0.1893	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9722-39.166	0.2012	124	0.1558	2655	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2715	0.2207	0.2173	0.1791	0.0438	0.5881	0.511	-0.5494	0.0195	0.2668	0.0697	-0.2081	0.5773	0.0705	0.0014	0.9295	0.1269	0.0073	0.7913	-0.0089	0.8366	18.7585	-10.0344	27.84
2	0.2752	0.0079	0.2623	0.332	-0.1166	0.2717	0.2923	-0.662	-0.7918	0.4741	0.2271	0.3613	1.0463	0.3411	0.0075	1.2936	-0.0107	0.1768	0.9325	0.169	0.825	10.3225	-16.5503	30.2452
3	0.6285	0.2847	0.7919	0.205	0.1567	0.888	-0.0663	0.0364	0.1343	-0.0266	0.3861	0.392	0.0669	-0.0515	0.0004	0.906	-0.2003	0.0476	0.687	-0.0177	0.6527	17.1382	-6.2142	5.3787
4	0.0521	-0.181	0.0425	0.6455	-0.0529	0.797	-0.7195	0.431	-0.1249	-0.3205	0.8126	-0.1018	0.0613	0.2315	-0.001	0.7513	-0.144	0.0357	0.8016	-0.0527	0.6315	14.9473	-2.9257	12.0753
5	0.0625	-0.0807	0.0235	0.1055	0.0036	0.0474	-0.2127	1.3274	-0.1954	-0.6659	0.9209	0.0291	-0.6885	0.9675	0.0028	0.5512	-0.1249	0.0482	0.9559	-0.1766	0.755	24.194	-0.7131	15.2965
6	0.3122	-0.5136	0.1312	1.2563	0.0931	0.509	-0.3905	1.0265	0.3766	0.1005	0.2849	0.0486	0.1164	-0.0331	0.0003	0.5187	-0.1487	0.0352	0.7582	-0.0628	0.6663	12.475	-8.3598	18.8487
7	-0.0001	0.0054	-0.0064	0.0979	0.0109	-0.0021	0.4443	1.486	0.0139	-0.3704	-0.0537	0.066	0.7472	-1.136	-0.0052	0.8649	-0.0687	-0.0501	0.6491	-0.0103	0.7262	16.537	-8.5	19.331
8	0.3236	0.1299	0.3178	1.0565	-0.0175	0.3216	-0.0238	-0.365	-0.1141	-0.0868	0.5168	-0.2708	1.1188	0.1197	0.0076	0.6191	-0.0891	0.073	0.7415	-0.2054	0.7598	23.2452	-11.488	13.3576
9	0.1976	-0.2151	-0.2535	0.194	0.3016	0.4677	0.1932	1.1451	0.5063	-0.3752	0.0184	-0.2359	-0.7127	0.7416	-0.0006	0.9677	-0.077	0.0659	0.8194	-0.0439	0.8513	18.6683	10.061	16.7619
10	0.094	0.5837	-0.0769	1.7265	0.8695	2.7763	-0.2734	-0.152	0.0334	0.2064	0.4786	-0.0674	-0.1656	-0.1528	-0	0.638	0.1149	-0.0138	0.6927	-0.0088	0.6261	15.9501	6.727	31.9273
11	0.5771	-0.0702	-0.3633	0.9515	0.583	1.0111	-0.0049	-0.1257	-0.0352	-0.1325	0.1983	-0.1902	-0.0723	-0.155	0.0001	0.5255	0.0833	-0.013	0.6244	-0.0209	0.6349	17.3408	9.5844	27.9021

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 41 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 42 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 131 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 132 through 140 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 141 through 159 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 160 through 167 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 168 through 184 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 23 through 41 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 42 through 140 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 141 through 184 )

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