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- PDB-5bt2: MeCP2 MBD domain (A140V) in complex with methylated DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bt2
タイトルMeCP2 MBD domain (A140V) in complex with methylated DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*(5CM)P*GP*TP*TP*CP*CP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*(5CM)P*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*TP*A)-3')
  • Methyl-CpG-binding protein 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / A/T run / MeCP2 / hydration spine / methylated DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-synaptic signaling by BDNF / regulation of action potential firing threshold / negative regulation of respiratory gaseous exchange / Loss of MECP2 binding ability to 5hmC-DNA / cellular response to isoquinoline alkaloid / positive regulation of anterograde dense core granule transport / positive regulation of retrograde dense core granule transport / positive regulation of branching morphogenesis of a nerve / catecholamine secretion / MECP2 regulates transcription of genes involved in GABA signaling ...trans-synaptic signaling by BDNF / regulation of action potential firing threshold / negative regulation of respiratory gaseous exchange / Loss of MECP2 binding ability to 5hmC-DNA / cellular response to isoquinoline alkaloid / positive regulation of anterograde dense core granule transport / positive regulation of retrograde dense core granule transport / positive regulation of branching morphogenesis of a nerve / catecholamine secretion / MECP2 regulates transcription of genes involved in GABA signaling / biogenic amine metabolic process / negative regulation of dendrite extension / principal sensory nucleus of trigeminal nerve development / cardiolipin metabolic process / negative regulation of locomotion involved in locomotory behavior / Loss of MECP2 binding ability to 5mC-DNA / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / proprioception / negative regulation of primary miRNA processing / negative regulation of smooth muscle cell differentiation / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of dendritic spine development / Transcriptional Regulation by MECP2 / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / double-stranded methylated DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / inositol metabolic process / genomic imprinting / phosphatidylcholine metabolic process / thalamus development / positive regulation of microtubule nucleation / glucocorticoid metabolic process / ventricular system development / cellular response to potassium ion / unmethylated CpG binding / positive regulation of synaptic plasticity / oligodendrocyte development / respiratory gaseous exchange by respiratory system / olfactory bulb development / positive regulation of dendrite extension / striatum development / response to other organism / siRNA binding / neuron maturation / methyl-CpG binding / MECP2 regulates transcription factors / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / response to ionizing radiation / spinal cord development / positive regulation of dendritic spine development / regulation of synapse organization / lung alveolus development / glutamine metabolic process / startle response / dendrite development / social behavior / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / Regulation of MECP2 expression and activity / negative regulation of astrocyte differentiation / behavioral fear response / glial cell proliferation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / heterochromatin / long-term memory / heterochromatin formation / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / four-way junction DNA binding / positive regulation of glial cell proliferation / Notch signaling pathway / sensory perception of pain / synapse assembly / histone reader activity / excitatory postsynaptic potential / negative regulation of angiogenesis / adult locomotory behavior / cerebellum development / post-embryonic development / molecular condensate scaffold activity / response to cocaine / long-term synaptic potentiation / promoter-specific chromatin binding / hippocampus development / response to lead ion / visual learning / protein localization / chromatin DNA binding / cerebral cortex development / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / response to estradiol / gene expression / postsynapse / negative regulation of neuron apoptotic process / nucleic acid binding / molecular adaptor activity / response to hypoxia / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding protein MeCP2 / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding protein MeCP2/MBD4 / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ho, K.L. / Chia, J.Y. / Tan, W.S. / Ng, C.L. / Hu, N.J. / Foo, H.L.
資金援助 マレーシア, 2件
組織認可番号国
Ministry of Higher Education03-10-10-948FR マレーシア
Universiti Putra Malaysia04-02-12-1813RU マレーシア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: A/T Run Geometry of B-form DNA Is Independent of Bound Methyl-CpG Binding Domain, Cytosine Methylation and Flanking Sequence.
著者: Chia, J.Y. / Tan, W.S. / Ng, C.L. / Hu, N.J. / Foo, H.L. / Ho, K.L.
履歴
登録2015年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding protein 2
B: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*(5CM)P*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*(5CM)P*GP*TP*TP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4503
ポリマ－23,4503
非ポリマー00
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.660, 53.490, 65.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 132.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding protein 2 / MeCp2


分子量: 11155.526 Da / 分子数: 1 / 断片: MBD domain, UNP residues 77-167 / 変異: A140V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MECP2 / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys / 参照: UniProt: P51608
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*(5CM)P*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*TP*A)-3')


分子量: 6138.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*(5CM)P*GP*TP*TP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量: 6156.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 2000, 200 mM ammonium acetate, 10 mM magnesium acetate, 50 mM sodium cacodylate
PH範囲: 6.0-6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.5 Å / Num. obs: 10482 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 9.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ収集
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALAデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C2I

3c2i


解像度: 2.2→48.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 13.84 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2266 525 5 %RANDOM
Rwork0.1746 ---
obs0.1773 9955 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.62 Å2 / Biso mean: 73.464 Å2 / Biso min: 39.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.12 Å20 Å21.92 Å2
2---3.4 Å20 Å2
3----1.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数572 816 0 141 1529
Biso mean---69.46 -
残基数----111
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0141500
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.831.5132198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.37232365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.441570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.28723.21428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.8515102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.745155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3994.784283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3994.773282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7097.152352
LS精密化 シェル解像度: 2.182→2.239 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 44 -
Rwork0.284 734 -
all-778 -
obs--98.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.92860.315-0.18097.95460.70722.9093-0.0596-0.3707-0.30380.99270.1367-0.82570.14150.2197-0.07710.20540.0437-0.1860.06390.00630.229.222-1.429-17.755
25.1673-0.404-2.92580.60680.26124.1612-0.15340.14120.2714-0.08330.27220.18220.39040.1195-0.11880.0634-0.046-0.0190.21520.03560.16981.6860.63-30.22
34.32010.1296-2.27150.4598-0.5394.2976-0.450.48730.08510.03050.2233-0.01440.5495-0.08590.22670.1359-0.02020.05360.24980.00330.11014.7680.483-33.654
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A92 - 162
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 20
3X-RAY DIFFRACTION3C21 - 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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