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- PDB-5bsi: Crystal structure of Y36A mutant of human macrophage migration in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bsi
タイトルCrystal structure of Y36A mutant of human macrophage migration inhibitory factor
要素Macrophage migration inhibitory factor
キーワードISOMERASE / surface / mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / phenylpyruvate tautomerase / dopachrome isomerase activity / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonate secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / phenylpyruvate tautomerase / dopachrome isomerase activity / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonate secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / negative regulation of protein metabolic process / prostaglandin biosynthetic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / positive regulation of protein kinase A signaling / protein homotrimerization / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular senescence / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / protease binding / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pantouris, G. / Lolis, E.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: An Analysis of MIF Structural Features that Control Functional Activation of CD74.
著者: Pantouris, G. / Syed, M.A. / Fan, C. / Rajasekaran, D. / Cho, T.Y. / Rosenberg, E.M. / Bucala, R. / Bhandari, V. / Lolis, E.J.
履歴
登録2015年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor
B: Macrophage migration inhibitory factor
C: Macrophage migration inhibitory factor
D: Macrophage migration inhibitory factor
E: Macrophage migration inhibitory factor
F: Macrophage migration inhibitory factor
G: Macrophage migration inhibitory factor
J: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,42522
ポリマ－98,1048
非ポリマー1,32114
水10,377576
1
A: Macrophage migration inhibitory factor
B: Macrophage migration inhibitory factor
C: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3539
ポリマ－36,7893
非ポリマー5646
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7770 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area13000 Å2
手法PISA
2
D: Macrophage migration inhibitory factor
E: Macrophage migration inhibitory factor
F: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3539
ポリマ－36,7893
非ポリマー5646
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7810 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area12970 Å2
手法PISA
3
G: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子

G: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子

G: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0776
ポリマ－36,7893
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_435-y-1,x-y-2,z1
crystal symmetry operation3_645-x+y+1,-x-1,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
4
J: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子

J: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子

J: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0776
ポリマ－36,7893
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area6880 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.771, 177.771, 217.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27J
18B
28C
19B
29D
110B
210E
111B
211F
112B
212G
113B
213J
114C
214D
115C
215E
116C
216F
117C
217G
118C
218J
119D
219E
120D
220F
121D
221G
122D
222J
123E
223F
124E
224G
125E
225J
126F
226G
127F
227J
128G
228J

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 114 / Label seq-ID: 1 - 114

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14AA
24EE
15AA
25FF
16AA
26GG
17AA
27JH
18BB
28CC
19BB
29DD
110BB
210EE
111BB
211FF
112BB
212GG
113BB
213JH
114CC
214DD
115CC
215EE
116CC
216FF
117CC
217GG
118CC
218JH
119DD
219EE
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220FF
121DD
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122DD
222JH
123EE
223FF
124EE
224GG
125EE
225JH
126FF
226GG
127FF
227JH
128GG
228JH

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28

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要素

#1: タンパク質
Macrophage migration inhibitory factor / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase


分子量: 12262.959 Da / 分子数: 8 / 変異: Y36A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIF, GLIF, MMIF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14174, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 3% 2-propanol, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 173102 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.609 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3DJH

3djh


解像度: 2→44.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 8507 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 163006 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6831 0 76 576 7483
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0197048
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.951.9669591
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.633.00215217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4535904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.07524.564287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.319151066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.7181534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.21086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0218122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0220.021604
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2712.6593640
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2712.6583639
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4833.9614536
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A128520.07
12B128520.07
21A128020.08
22C128020.08
31A128280.08
32D128280.08
41A126980.08
42E126980.08
51A127440.07
52F127440.07
61A129020.07
62G129020.07
71A126540.08
72J126540.08
81B127300.08
82C127300.08
91B127760.08
92D127760.08
101B127280.07
102E127280.07
111B126520.08
112F126520.08
121B128000.08
122G128000.08
131B126200.08
132J126200.08
141C126520.09
142D126520.09
151C125780.09
152E125780.09
161C129080.07
162F129080.07
171C127220.09
172G127220.09
181C128340.07
182J128340.07
191D127320.08
192E127320.08
201D126900.08
202F126900.08
211D128260.08
212G128260.08
221D126540.09
222J126540.09
231E125960.07
232F125960.07
241E127240.07
242G127240.07
251E125820.08
252J125820.08
261F126740.08
262G126740.08
271F128120.08
272J128120.08
281G127120.08
282J127120.08
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 610 -
Rwork0.23 11903 -
obs--97.78 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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