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- PDB-5bro: Crystal structure of modified HexB (modB) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bro
タイトルCrystal structure of modified HexB (modB)
要素Beta-hexosaminidase subunit beta
キーワードHYDROLASE / Therapeutic enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase complex / Defective HEXB causes GM2G2 (Hyaluronan metabolism) / chondroitin sulfate proteoglycan catabolic process / dermatan sulfate proteoglycan catabolic process / Keratan sulfate degradation / CS/DS degradation / Hyaluronan degradation / penetration of zona pellucida / male courtship behavior / N-acetylglucosamine metabolic process ...beta-N-acetylhexosaminidase complex / Defective HEXB causes GM2G2 (Hyaluronan metabolism) / chondroitin sulfate proteoglycan catabolic process / dermatan sulfate proteoglycan catabolic process / Keratan sulfate degradation / CS/DS degradation / Hyaluronan degradation / penetration of zona pellucida / male courtship behavior / N-acetylglucosamine metabolic process / cortical granule / glycosaminoglycan metabolic process / acetylglucosaminyltransferase activity / astrocyte cell migration / beta-N-acetylhexosaminidase activity / N-glycan processing / hyaluronan catabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase / phospholipid biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism / lipid storage / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / azurophil granule / lysosome organization / neuromuscular process controlling balance / oogenesis / single fertilization / myelination / acrosomal vesicle / lysosomal lumen / skeletal system development / beta-N-acetylglucosaminidase activity / locomotory behavior / sensory perception of sound / neuron cellular homeostasis / intracellular calcium ion homeostasis / azurophil granule lumen / regulation of cell shape / carbohydrate binding / lysosome / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase, eukaryotic type, N-terminal / beta-acetyl hexosaminidase like / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Beta-hexosaminidase, eukaryotic type, N-terminal / beta-acetyl hexosaminidase like / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Beta-hexosaminidase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kitakaze, K. / Maita, N. / Itoh, K.
引用
ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2016
タイトル: Protease-resistant modified human beta-hexosaminidase B ameliorates symptoms in GM2 gangliosidosis model.
著者: Kitakaze, K. / Mizutani, Y. / Sugiyama, E. / Tasaki, C. / Tsuji, D. / Maita, N. / Hirokawa, T. / Asanuma, D. / Kamiya, M. / Sato, K. / Setou, M. / Urano, Y. / Togawa, T. / Otaka, A. / Sakuraba, H. / Itoh, K.
#1: ジャーナル: Mol. Ther. / 年: 2011
タイトル: Therapeutic potential of intracerebroventricular replacement of modified human beta-hexosaminidase B for GM2 gangliosidosis.
著者: Matsuoka, K. / Tamura, T. / Tsuji, D. / Dohzono, Y. / Kitakaze, K. / Ohno, K. / Saito, S. / Sakuraba, H. / Itoh, K.
履歴
登録2015年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hexosaminidase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7265
ポリマ－58,7391
非ポリマー9874
水2,702150
1
A: Beta-hexosaminidase subunit beta
ヘテロ分子

A: Beta-hexosaminidase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,45310
ポリマ－117,4792
非ポリマー1,9748
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-11
Buried area5780 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area38740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.470, 126.470, 88.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称))

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要素

#1: タンパク質 Beta-hexosaminidase subunit beta / Beta-N-acetylhexosaminidase subunit beta / Hexosaminidase subunit B / Cervical cancer proto- ...Beta-N-acetylhexosaminidase subunit beta / Hexosaminidase subunit B / Cervical cancer proto-oncogene 7 protein / HCC-7 / N-acetyl-beta-glucosaminidase subunit beta


分子量: 58739.438 Da / 分子数: 1 / 変異: R312G, Q313S, N314E, K315P, D452N, L453R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HEXB, HCC7 / Cell (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P07686, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2 M Sodium Formate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 28619 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 7.289 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24014 1428 5 %RANDOM
Rwork0.18749 ---
obs0.19009 27149 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.04 Å20 Å20 Å2
2---1.04 Å2-0 Å2
3---2.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3952 0 65 150 4167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0194136
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.9655624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77138810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1665488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.78623.579190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.87315664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7561524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0214591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02979
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.83.3751957
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7993.3751958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4515.0542444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.455.0552445
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8713.8352177
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.8713.8342175
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.1795.5723179
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.68427.3744851
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.69227.3744818
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 110 -
Rwork0.293 1959 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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