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- PDB-5bqf: Probable 2-hydroxyacid dehydrogenase from Rhizobium etli CFN 42 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bqf
タイトルProbable 2-hydroxyacid dehydrogenase from Rhizobium etli CFN 42 in complex with NADP, HEPES and L(+)-tartaric acid
要素NADP-dependent 2-hydroxyacid dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L(+)-TARTARIC ACID / Probable hydroxyacid dehydrogenase protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium etli (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Langner, K.M. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O.A. / Stead, M. / Hillerich, B.S. / Chowdhury, S. / Hammonds, J. / Zimmerman, M.D. / Al Obaidi, N. ...Langner, K.M. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O.A. / Stead, M. / Hillerich, B.S. / Chowdhury, S. / Hammonds, J. / Zimmerman, M.D. / Al Obaidi, N. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54-GM094662 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Probable 2-hydroxyacid dehydrogenase from Rhizobium etli CFN 42 in complex with NADP, HEPES and L-tartaric acid
著者: Langner, K.M. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O.A. / Chowdhury, S. / Zimmerman, M.D. / Minor, W.
履歴
登録2015年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent 2-hydroxyacid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0917
ポリマ－35,7951
非ポリマー1,2966
水8,485471
1
A: NADP-dependent 2-hydroxyacid dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NADP-dependent 2-hydroxyacid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,18214
ポリマ－71,5902
非ポリマー2,59312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area10340 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area25900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.692, 65.692, 151.406
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NADP-dependent 2-hydroxyacid dehydrogenase


分子量: 35794.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium etli (strain CFN 42 / ATCC 51251) (根粒菌)
株: CFN 42 / ATCC 51251 / 遺伝子: RHE_CH00179 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (de3) Ril / 参照: UniProt: Q2KDT2

-
非ポリマー , 7種, 477分子

#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.99 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP 10 mM NADP were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 2 condition #71 (0.2M Na ...詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP 10 mM NADP were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 2 condition #71 (0.2M Na tartrate, 20%w/v PEG 3350) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization the protein was incubated with 1/50 v/v of 2 mg/ml TEV solution
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月8日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 58208 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.072 / Rsym value: 0.063 / Χ2: 1.084 / Net I/av σ(I): 20.531 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 231378
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.45-1.483.90.5471.929050.7590.3130.6330.59299.5
1.48-1.540.46529160.8250.2640.5370.62899.5
1.5-1.5340.37929280.8640.2160.4370.62399.4
1.53-1.5640.31829000.90.180.3670.63299.3
1.56-1.640.27429130.9250.1550.3160.66899.3
1.6-1.6340.23429140.9480.1330.270.65499.2
1.63-1.6740.229180.9580.1130.2310.67399.1
1.67-1.7240.17829050.9690.1010.2060.73398.8
1.72-1.7740.14729050.9780.0830.1690.78498.7
1.77-1.8340.12729260.9810.0720.1460.84698.6
1.83-1.8940.10429160.9880.0580.1191.00998.4
1.89-1.9740.08428970.9920.0470.0971.21198.2
1.97-2.0640.07729220.9930.0430.0881.4797.9
2.06-2.1740.06929090.9930.0380.0791.63797.7
2.17-2.340.06629030.9940.0370.0761.69297.2
2.3-2.4840.06429120.9940.0360.0741.63296.9
2.48-2.733.90.05729280.9950.0320.0661.66796.5
2.73-3.123.80.04928850.9960.0270.0561.59294.7
3.12-3.943.80.04328750.9970.0230.0491.43593.1
3.94-503.90.03929310.9980.0210.0441.54288.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-3000位相決定
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4xcv

4xcv


解像度: 1.45→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / WRfactor Rfree: 0.1627 / WRfactor Rwork: 0.1363 / FOM work R set: 0.8957 / SU B: 1.98 / SU ML: 0.038 / SU R Cruickshank DPI: 0.0565 / SU Rfree: 0.0589 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1654 2857 4.9 %RANDOM
Rwork0.1385 ---
obs0.1398 55340 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 144.17 Å2 / Biso mean: 19.704 Å2 / Biso min: 6.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2476 0 79 487 3042
Biso mean--14.96 30.88 -
残基数----317
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192761
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4411.9953771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94336201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5395345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.18723.03132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.44615481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6581530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213069
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7590.9821297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7590.9821296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2211.4691627
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.954379
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.285579
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 225 -
Rwork0.229 4073 -
all-4298 -
obs--99.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1408-0.701-0.27621.43870.32840.88180.0572-0.0344-0.09390.0099-0.02280.0785-0.0176-0.1002-0.03450.0627-0.01850.02320.0345-0.00440.020216.702-2.73322.26
20.4636-0.6131-0.53221.38480.610.65760.06520.0816-0.00380.0216-0.06030.0489-0.0639-0.11-0.0050.05560.00960.00490.06360.00180.025623.771-6.1586.689
30.2084-0.2554-0.07891.0632-0.15220.31850.00380.05610.0237-0.0371-0.0154-0.0310.0184-0.06660.01170.0293-0.008-0.0020.04220.00280.018537.71-24.13-7.49
41.4988-0.70810.82274.1053-1.3671.5670.04220.17410.167-0.1203-0.1681-0.2336-0.01160.06460.12590.02990.02180.02190.07710.03910.034436.876-10.228-16.254
50.5685-0.0282-0.12370.5690.03130.8111-0.01020.1003-0.0202-0.0585-0.03540.06730.0153-0.15020.04570.0226-0.0084-0.00710.076-0.01730.011123.107-21.582-8.911
60.90340.1239-0.60841.002-0.67281.9220.1441-0.00610.04750.0991-0.1026-0.0229-0.15530.0868-0.04140.0652-0.00660.01380.0224-0.00370.013929.6811.83510.981
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3A119 - 172
4X-RAY DIFFRACTION4A173 - 195
5X-RAY DIFFRACTION5A196 - 288
6X-RAY DIFFRACTION6A289 - 319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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