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- PDB-5bqe: Crystal structure of Norrin in complex with the cysteine-rich dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bqe
タイトルCrystal structure of Norrin in complex with the cysteine-rich domain of Frizzled 4 -Methylated form
要素
  • (Norrin) x 2
  • Frizzled-4
キーワードSIGNALING PROTEIN / Wnt signalling pathway / Norrie disease protein / Glycoprotein / G protein coupled receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellum vasculature morphogenesis / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / retina blood vessel maintenance / cone retinal bipolar cell differentiation / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / progesterone secretion / re-entry into mitotic cell cycle / retinal blood vessel morphogenesis / retinal rod cell differentiation ...cerebellum vasculature morphogenesis / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / retina blood vessel maintenance / cone retinal bipolar cell differentiation / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / progesterone secretion / re-entry into mitotic cell cycle / retinal blood vessel morphogenesis / retinal rod cell differentiation / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / locomotion involved in locomotory behavior / Signaling by RNF43 mutants / ubiquitin-dependent endocytosis / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / glycine metabolic process / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / retina layer formation / positive regulation of neuron projection arborization / Wnt receptor activity / retinal pigment epithelium development / non-canonical Wnt signaling pathway / endothelial cell differentiation / microglial cell proliferation / Wnt-protein binding / dendritic spine development / establishment of blood-retinal barrier / vacuole organization / protein targeting to lysosome / positive regulation of dendrite morphogenesis / microglia differentiation / establishment of blood-brain barrier / optic nerve development / frizzled binding / Class B/2 (Secretin family receptors) / retinal ganglion cell axon guidance / cytokine receptor activity / lens development in camera-type eye / smoothened signaling pathway / cytokine binding / exploration behavior / decidualization / action potential / blood vessel remodeling / negative regulation of cell-substrate adhesion / canonical Wnt signaling pathway / response to axon injury / Regulation of FZD by ubiquitination / vasculogenesis / cellular response to retinoic acid / tricarboxylic acid cycle / visual perception / glutathione metabolic process / substrate adhesion-dependent cell spreading / Asymmetric localization of PCP proteins / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / cytokine activity / PDZ domain binding / sensory perception of sound / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / G protein-coupled receptor activity / Wnt signaling pathway / neuron differentiation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / cell-cell junction / Clathrin-mediated endocytosis / nervous system development / mitotic cell cycle / signaling receptor activity / : / amyloid-beta binding / Ca2+ pathway / neuron apoptotic process / angiogenesis / cellular response to hypoxia / transcription by RNA polymerase II / response to hypoxia / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein ubiquitination / cilium / positive regulation of cell migration / inflammatory response / protein heterodimerization activity / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled-4 / Frizzled 4, cysteine-rich domain / Norrie disease protein / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region ...Frizzled-4 / Frizzled 4, cysteine-rich domain / Norrie disease protein / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Norrin / Frizzled-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chang, T.-H. / Hsieh, F.-L. / Harlos, K. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G0900084 英国
Cancer Research UKC375/A10976 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structure and functional properties of Norrin mimic Wnt for signalling with Frizzled4, Lrp5/6, and proteoglycan.
著者: Chang, T.H. / Hsieh, F.L. / Zebisch, M. / Harlos, K. / Elegheert, J. / Jones, E.Y.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22015年7月29日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Norrin
B: Norrin
C: Frizzled-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7148
ポリマ－44,0973
非ポリマー6175
水2,072115
1
A: Norrin
B: Norrin
C: Frizzled-4
ヘテロ分子

C: Frizzled-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,85012
ポリマ－60,8564
非ポリマー9948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_544x,-y-1,-z-1/21
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.920, 98.920, 120.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Norrin / Norrie disease protein / X-linked exudative vitreoretinopathy 2 protein


分子量: 13614.706 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 25-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDP, EVR2 / プラスミド: pHLIgK-STR-8H-SUMO-1D4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q00604
#2: タンパク質 Norrin / Norrie disease protein / X-linked exudative vitreoretinopathy 2 protein


分子量: 13722.891 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 25-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDP, EVR2 / プラスミド: pHLIgK-STR-8H-SUMO-1D4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q00604
#3: タンパク質 Frizzled-4 / hFz4 / FzE4


分子量: 16759.324 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 42-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD4 / プラスミド: pHLsec-mVenus-12H / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9ULV1

-
糖 , 1種, 1分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 119分子

#4: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.18 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bicine, pH 9.0, 10% PEG6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.46 Å / Num. obs: 26816 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 48.29 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 161410 / Scaling rejects: 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.3-2.385.61.2121.41403725140.2880.56197.2
8.91-49.465.10.03430.627735490.9990.01698.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.3 Å49.46 Å
Translation2.3 Å49.46 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.29データスケーリング
MOSFLMデータ削減
PHASER2.5.2位相決定
Cootモデル構築
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BPB,5BPU

5bpb

5bpu


解像度: 2.3→49.46 Å / FOM work R set: 0.7608 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2211 1345 5.02 %Random selection
Rwork0.1966 25458 --
obs0.1978 26803 98.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 174.26 Å2 / Biso mean: 63.08 Å2 / Biso min: 30.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→49.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2557 0 39 115 2711
Biso mean--74.44 57.06 -
残基数----324
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042665
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9273559
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003455
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.341028
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3001-2.38230.35211400.32882416255697
2.3823-2.47770.35831390.30792498263798
2.4777-2.59040.26881220.27212492261498
2.5904-2.7270.29021300.25462511264198
2.727-2.89780.26261380.24542523266199
2.8978-3.12160.21821260.22272532265899
3.1216-3.43560.22891490.19982528267799
3.4356-3.93260.22521420.17242565270799
3.9326-4.95390.17261280.14062623275199
4.9539-49.47140.17811310.18642770290199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3224-0.09480.03831.2739-0.3183-0.2811-0.1541-0.18510.0324-0.3046-0.00990.5456-0.0505-0.2043-0.0010.51330.0254-0.0480.3580.01420.3175-15.6448-34.7305-6.8736
21.7321-0.5548-0.43863.3845-3.04883.1797-0.2218-0.6999-0.38281.1860.6492-0.8012-0.42762.0732-0.2470.49150.1293-0.11820.914-0.0640.71791.071-69.0431-9.9434
31.7661-0.27330.05110.6978-0.345-0.7765-0.1855-0.08340.21580.04050.20370.0076-0.0227-0.05820.00710.47230.0187-0.05080.2399-0.01180.2398-6.3333-31.2301-3.2528
41.2399-0.2191-0.03020.2410.125-0.03620.2491-0.1821-0.5291-1.3584-0.1053-0.56610.05880.0503-0.00060.685-0.1163-0.02040.38080.03720.4207-7.5047-42.1372-14.0401
50.2805-0.02320.52720.90160.59480.9935-0.02290.8250.0919-0.052-0.43950.4830.0713-0.7316-0.05530.27490.004-0.05940.4136-0.01390.4746-18.5396-63.7011-18.1329
60.23510.12990.12370.69320.17540.2048-0.10870.0383-0.121-0.08530.21290.0603-0.15870.12830.00010.37380.0155-0.00530.3678-0.04970.4292-8.0004-63.3228-16.272
70.0528-0.07240.02650.1943-0.38820.5442-0.1189-0.2056-0.23210.14980.05890.0833-0.00360.0878-0.00070.48720.07650.00170.47920.00590.3429-6.8457-35.32872.1397
81.35240.26611.23972.72720.73380.7723-0.1784-0.0529-0.37530.35350.47610.24920.23780.5570.11910.47770.0990.07540.3714-0.03670.3824-5.6333-74.0643-12.3498
90.03190.1480.1990.3726-0.12631.2988-0.03920.1137-0.08260.6948-0.31750.04210.10310.1445-0.01170.42650.01390.02030.30480.07360.4133-11.1406-63.6235-8.0561
100.19280.2494-0.12480.6032-0.7861.06020.3017-0.4666-0.57880.0420.07250.13721.3028-1.06570.08090.4088-0.0685-0.03220.69670.08170.5021-29.9148-25.5259-14.8859
110.11920.18660.20650.39940.01370.36450.1848-0.1665-0.00650.3847-0.5038-0.1719-0.3401-0.7949-0.00710.46380.11860.01590.5984-0.02880.5352-30.1023-16.3512-15.6861
121.4641.3289-0.24150.90010.38220.8505-0.18870.2507-0.1657-0.01180.20970.07630.3974-0.5342-0.05510.4110.0079-0.05520.58420.01350.4272-24.3547-22.2708-29.0583
130.92350.30950.28130.304-0.2520.2636-0.0668-0.0396-0.13550.1516-0.1460.1619-0.2431-0.56130.00010.4-0.00790.00260.37250.01810.3595-22.2998-20.0691-14.132
142.4192-0.3592.96341.4811-0.56263.9498-0.05490.42740.11120.1012-0.2575-0.42640.44251.0915-0.34870.2677-0.03720.00080.30720.04670.3831-11.9793-17.8264-30.5662
151.63950.7753-0.69640.4448-0.11960.38060.2055-0.32230.37470.22870.0394-0.21690.1989-0.68670.00220.46790.0486-0.09230.415-0.00080.4604-15.3696-12.246-22.8601
163.52231.21474.66645.02862.19337.2667-0.48590.21710.0458-0.18010.2248-0.2781-0.28821.53460.98610.4306-0.0156-0.0720.51370.03440.3787-11.0928-19.8415-11.0953
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 77 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 78 through 88 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 123 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 124 through 133 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 33 through 48 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 49 through 77 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 78 through 93 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 94 through 116 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 117 through 133 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 43 through 58 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 59 through 71 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 72 through 93 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 94 through 117 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 118 through 135 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 136 through 152 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 153 through 164 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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