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- PDB-5bq8: Crystal structure of Norrin, a Wnt signalling activator, Crystal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bq8
タイトルCrystal structure of Norrin, a Wnt signalling activator, Crystal Form II
要素(Norrin) x 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Wnt signalling pathway / Norrie disease protein / cystine-knot like growth factor / ligand for Frizzled 4 receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


retina blood vessel maintenance / cone retinal bipolar cell differentiation / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / re-entry into mitotic cell cycle / retinal rod cell differentiation / retinal blood vessel morphogenesis / ubiquitin-dependent endocytosis / retina layer formation / retinal pigment epithelium development ...retina blood vessel maintenance / cone retinal bipolar cell differentiation / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / re-entry into mitotic cell cycle / retinal rod cell differentiation / retinal blood vessel morphogenesis / ubiquitin-dependent endocytosis / retina layer formation / retinal pigment epithelium development / establishment of blood-retinal barrier / glycine metabolic process / microglial cell proliferation / dendritic spine development / endothelial cell differentiation / establishment of blood-brain barrier / vacuole organization / protein targeting to lysosome / microglia differentiation / frizzled binding / lens development in camera-type eye / exploration behavior / optic nerve development / smoothened signaling pathway / retinal ganglion cell axon guidance / action potential / decidualization / blood vessel remodeling / response to axon injury / canonical Wnt signaling pathway / tricarboxylic acid cycle / glutathione metabolic process / visual perception / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / mitotic cell cycle / nervous system development / cellular response to hypoxia / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein ubiquitination / inflammatory response / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Norrie disease protein / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine ...Norrie disease protein / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Norrin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chang, T.-H. / Hsieh, F.-L. / Harlos, K. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G0900084 英国
Cancer Research UKC375/A10976 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structure and functional properties of Norrin mimic Wnt for signalling with Frizzled4, Lrp5/6, and proteoglycan.
著者: Chang, T.H. / Hsieh, F.L. / Zebisch, M. / Harlos, K. / Elegheert, J. / Jones, E.Y.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22015年7月29日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Norrin
B: Norrin
C: Norrin
D: Norrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9698
ポリマ－54,7564
非ポリマー2124
水2,198122
1
A: Norrin
B: Norrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4003
ポリマ－27,3652
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area11900 Å2
手法PISA
2
C: Norrin
D: Norrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5695
ポリマ－27,3922
非ポリマー1773
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.667, 53.059, 96.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 3種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Norrin / Norrie disease protein / X-linked exudative vitreoretinopathy 2 protein


分子量: 13668.798 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDP, EVR2 / プラスミド: Plasmid / 詳細 (発現宿主): pHLIgK-STR-8H-SUMO-1D4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q00604
#2: タンパク質 Norrin / Norrie disease protein / X-linked exudative vitreoretinopathy 2 protein


分子量: 13695.845 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDP, EVR2 / プラスミド: Plasmid / 詳細 (発現宿主): pHLIgK-STR-8H-SUMO-1D4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q00604
#3: タンパク質 Norrin / Norrie disease protein / X-linked exudative vitreoretinopathy 2 protein


分子量: 13722.891 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDP, EVR2 / プラスミド: Plasmid / 詳細 (発現宿主): pHLIgK-STR-8H-SUMO-1D4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q00604

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非ポリマー , 3種, 126分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 sodium acetate, pH 5.0, 5% PGA-LM, 4% PEG2000MME, 24% PEG550MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33.65 Å / Num. obs: 36272 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1.289 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.8.4_1496精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BPU

5bpu


解像度: 2→33.65 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2483 1801 4.98 %Random selection
Rwork0.233 ---
obs0.2338 36194 99.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3187 0 10 122 3319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053278
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0764365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9231265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042472
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.05411332598X-RAY DIFFRACTION100
2.0541-2.11451502589X-RAY DIFFRACTION100
2.1145-2.18270.35721180.33912611X-RAY DIFFRACTION100
2.1827-2.26071522589X-RAY DIFFRACTION100
2.2607-2.35120.31451270.28182644X-RAY DIFFRACTION100
2.3512-2.45820.30291380.28692595X-RAY DIFFRACTION100
2.4582-2.58780.28061450.26492631X-RAY DIFFRACTION100
2.5878-2.74980.26511330.25312633X-RAY DIFFRACTION100
2.7498-2.9620.28521420.25512632X-RAY DIFFRACTION100
2.962-3.25990.221510.222644X-RAY DIFFRACTION100
3.2599-3.73110.24741400.20522665X-RAY DIFFRACTION100
3.7311-4.69870.21051420.17682699X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.95640.584-0.09170.14830.2990.59840.1515-0.3081-0.05940.0552-0.13080.03490.1659-0.0361-0.00170.3922-0.02590.04310.50660.08520.387-15.948914.4495-10.6795
20.6933-0.30990.09490.6512-0.08090.60860.0461-0.43120.01210.04870.031-0.0940.06560.04910.01890.38680.024-0.01820.44780.05020.30747.830314.4056-10.2958
30.7336-0.45440.10170.46360.10590.9024-0.08550.40550.1289-0.11290.04340.02840.09-0.1298-0.00040.3549-0.0422-0.03090.40610.04030.3429-10.741616.5304-38.0973
41.0902-0.4482-0.46940.67910.1390.7916-0.03330.2548-0.1566-0.10090.0826-0.10740.12980.02580.01570.3527-0.00780.04010.337-0.02140.326812.653612.0767-37.5307
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 35 through 138)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 36 through 132)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 35 through 133)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 37 through 138)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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