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- PDB-5bq7: Crystal structure of chikungunya virus-human Fab 5F-10 fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bq7
タイトルCrystal structure of chikungunya virus-human Fab 5F-10 fragment
要素
  • Fab 5F-10-Heavy Chain
  • Fab 5F-10-Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Human antibody Fab fragment
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.738 Å
データ登録者Mangala Prasad, V. / Rossmann, M.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI095366 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2016
タイトル: Structural Studies of Chikungunya Virus-Like Particles Complexed with Human Antibodies: Neutralization and Cell-to-Cell Transmission.
著者: Jason Porta / Vidya Mangala Prasad / Cheng-I Wang / Wataru Akahata / Lisa F P Ng / Michael G Rossmann /
要旨: Chikungunya virus is a positive-stranded RNA alphavirus. Structures of chikungunya virus-like particles in complex with strongly neutralizing antibody Fab fragments (8B10 and 5F10) were determined ...Chikungunya virus is a positive-stranded RNA alphavirus. Structures of chikungunya virus-like particles in complex with strongly neutralizing antibody Fab fragments (8B10 and 5F10) were determined using cryo-electron microscopy and X-ray crystallography. By fitting the crystallographically determined structures of these Fab fragments into the cryo-electron density maps, we show that Fab fragments of antibody 8B10 extend radially from the viral surface and block receptor binding on the E2 glycoprotein. In contrast, Fab fragments of antibody 5F10 bind the tip of the E2 B domain and lie tangentially on the viral surface. Fab 5F10 fixes the B domain rigidly to the surface of the virus, blocking exposure of the fusion loop on glycoprotein E1 and therefore preventing the virus from becoming fusogenic. Although Fab 5F10 can neutralize the wild-type virus, it can also bind to a mutant virus without inhibiting fusion or attachment. Although the mutant virus is no longer able to propagate by extracellular budding, it can, however, enter the next cell by traveling through junctional complexes without being intercepted by a neutralizing antibody to the wild-type virus, thus clarifying how cell-to-cell transmission can occur.
IMPORTANCE: Alphaviral infections are transmitted mainly by mosquitoes. Chikungunya virus (CHIKV), which belongs to the Alphavirus genus, has a wide distribution in the Old World that has expanded in ...IMPORTANCE: Alphaviral infections are transmitted mainly by mosquitoes. Chikungunya virus (CHIKV), which belongs to the Alphavirus genus, has a wide distribution in the Old World that has expanded in recent years into the Americas. There are currently no vaccines or drugs against alphaviral infections. Therefore, a better understanding of CHIKV and its associated neutralizing antibodies will aid in the development of effective treatments.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab 5F-10-Heavy Chain
B: Fab 5F-10-Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5733
ポリマ－50,4662
非ポリマー1061
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.207, 66.625, 168.928
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Fab 5F-10-Heavy Chain


分子量: 27691.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293TPM1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab 5F-10-Light Chain


分子量: 22775.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293TPM1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% 2-propanol, 25% PEG-4000, 50mM HEPES buffer pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.738→43 Å / Num. all: 11899 / Num. obs: 11899 / % possible obs: 94.42 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Net I/σ(I): 7.25
反射 シェル解像度: 2.75→2.81 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Blu-Iceデータ収集
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V0V, 1HZH, 4D9L

3v0v

1hzh

4d9l


解像度: 2.738→43 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2884 1182 9.93 %Random selection
Rwork0.2321 ---
obs0.2377 11899 94.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.738→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3130 0 7 28 3165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8274379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.481126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03503
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004555
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7385-2.86310.32231330.28051223X-RAY DIFFRACTION88
2.8631-3.0140.37471440.28931306X-RAY DIFFRACTION95
3.014-3.20280.33071470.29221324X-RAY DIFFRACTION96
3.2028-3.44990.32011420.25021337X-RAY DIFFRACTION96
3.4499-3.79690.33351510.22911340X-RAY DIFFRACTION96
3.7969-4.34590.27111500.21461376X-RAY DIFFRACTION96
4.3459-5.47360.21831530.19111373X-RAY DIFFRACTION96
5.4736-43.0120.27551620.2231438X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.4991-1.5091-2.66092.19930.33512.46550.3153-0.424-0.05870.0575-0.3622-0.1964-0.1070.40520.00490.2815-0.0261-0.02760.31420.01530.21497.1388-13.485117.7481
23.81260.6107-0.91165.2089-2.67655.78540.08330.62810.2875-0.4213-0.09980.39870.3442-0.4085-0.04080.28240.0623-0.06790.4718-0.0310.27071.807-17.1116.9137
34.02281.0775-3.47340.8637-1.39464.1069-0.05810.2738-0.0883-0.1294-0.1079-0.06070.0996-0.00660.12720.23660.031-0.05250.2802-0.04380.27-2.9939-18.701421.9328
42.24821.6124-2.13254.3574-0.89635.345-0.0559-0.06940.0047-0.0635-0.0703-0.2162-0.2227-0.04570.050.0880.02030.00260.20460.00350.2049-13.3394-24.992339.8344
54.65980.74621.4438.2004-1.57011.6086-0.2221-0.8658-0.61.3513-0.2511-0.2238-0.35590.76680.5630.4260.09180.09820.5340.1450.3271-14.5896-31.644453.6604
61.50281.9601-0.10867.6938-4.04367.92370.0694-0.30180.62250.29540.01940.1392-0.11560.8973-0.03320.23330.1154-0.06980.3475-0.07720.2889-14.3445-19.079247.561
73.11620.25690.11524.1508-0.66652.5736-0.12690.1734-0.2713-1.00970.42180.27891.1082-0.2054-0.27780.7078-0.0441-0.06240.3589-0.06430.48562.9528-38.385611.6373
82.2324-1.213-0.36242.9185-0.29510.262-0.64440.53030.1142-0.64660.1679-0.99760.54840.0730.19060.9801-0.08380.2240.6083-0.00350.63428.921-39.421711.6152
93.44850.5776-1.18751.87620.3482.8519-0.0328-0.0966-0.1382-0.2678-0.05930.07030.1743-0.18610.03310.25760.0049-0.02750.20320.05340.2676-22.2181-35.160933.7477
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 67 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 68 through 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 140 through 182 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 183 through 199 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 200 through 221 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 3 through 50 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 51 through 100 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 101 through 216 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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