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- PDB-5bq1: Capturing Carbon Dioxide in beta Carbonic Anhydrase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bq1
タイトルCapturing Carbon Dioxide in beta Carbonic Anhydrase
要素Carbonic anhydrase
キーワードLYASE / Carbonic Anhydrase / Metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 2. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON DIOXIDE / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Aggarwal, M. / Chua, T.K. / Pinard, M.A. / Szebenyi, D.M. / McKenna, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM25154 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Carbon Dioxide "Trapped" in a beta-Carbonic Anhydrase.
著者: Aggarwal, M. / Chua, T.K. / Pinard, M.A. / Szebenyi, D.M. / McKenna, R.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22015年11月11日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8214
ポリマ－23,6681
非ポリマー1533
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.874, 78.114, 87.707
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

CO2

21A-403-

HOH

31A-406-

HOH

41A-456-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase


分子量: 23667.893 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 235-442 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PAMH19_3356 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0A8RL02, UniProt: Q9HVB9*PLUS, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: PEG 200, Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 14.1 % / 数: 458548 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 3.76 / D res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 32600 / % possible obs: 99.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.345010.076.78212.4
3.454.3410.0696.26913.9
3.013.4510.0735.914.5
2.743.0110.085.48814.6
2.542.7410.0865.23714.6
2.392.5410.0924.8414.7
2.272.3910.0994.75214.7
2.172.2710.1074.43614.6
2.092.1710.1154.02814.7
2.022.0910.133.714.7
1.952.0210.1453.35114.6
1.91.9510.1652.97114.6
1.851.910.1912.65614.5
1.81.8510.2182.4714.5
1.761.810.2642.32614.5
1.721.7610.2882.22314.5
1.691.7210.3532.00914.4
1.661.6910.4051.76113.2
1.631.6610.4471.6512.1
1.61.6310.4991.56210.9
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 32600 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 22.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 3.764 / Net I/av σ(I): 72.784 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 458548
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.6-1.6310.90.49915851.56298.3
1.63-1.6612.10.44715991.65100
1.66-1.6913.20.40516241.761100
1.69-1.7214.40.35316472.009100
1.72-1.7614.50.28816062.223100
1.76-1.814.50.26416202.326100
1.8-1.8514.50.21816202.47100
1.85-1.914.50.19116232.656100
1.9-1.9514.60.16516432.971100
1.95-2.0214.60.14516193.351100
2.02-2.0914.70.1316413.7100
2.09-2.1714.70.11516274.02899.9
2.17-2.2714.60.10716344.436100
2.27-2.3914.70.09916364.752100
2.39-2.5414.70.09216464.84100
2.54-2.7414.60.08616555.237100
2.74-3.0114.60.0816655.48899.9
3.01-3.4514.50.07316555.999.6
3.45-4.3413.90.06916386.26997.6
4.34-5012.40.0716176.78291.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→29.166 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1994 1997 6.14 %
Rwork0.1735 30533 -
obs0.1751 32530 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.4 Å2 / Biso mean: 32.2949 Å2 / Biso min: 16.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→29.166 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1659 0 7 110 1776
Biso mean--32.94 36.03 -
残基数----209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061716
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9982336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.279621
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.64140.2231430.21392117226099
1.6414-1.68570.20771340.19622002334100
1.6857-1.73530.20551540.187221342288100
1.7353-1.79130.20141440.174521662310100
1.7913-1.85540.17331210.168122072328100
1.8554-1.92960.18721530.175321422295100
1.9296-2.01740.2551400.17522012341100
2.0174-2.12380.22271440.173821802324100
2.1238-2.25680.15351370.174321912328100
2.2568-2.43090.17641500.170321832333100
2.4309-2.67540.1961410.17982213235499
2.6754-3.06220.21281480.18121942342100
3.0622-3.85670.21891420.17362222236499
3.8567-29.17120.18661460.16172183232993
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.4153 Å / Origin y: -2.8653 Å / Origin z: -16.3073 Å
111213212223313233
T0.2101 Å2-0.0159 Å20.0206 Å2-0.2024 Å2-0.0024 Å2--0.2103 Å2
L0.8736 °20.0889 °20.2845 °2-0.2238 °2-0.1024 °2--1.559 °2
S-0.0819 Å °0.1314 Å °-0.0372 Å °-0.1096 Å °0.0177 Å °-0.0317 Å °0.0347 Å °0.1481 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:211 OR RESID 302:302 OR RESID 301:301 OR RESID 401:510 OR RESID 303:303 ) )A3 - 211
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:211 OR RESID 302:302 OR RESID 301:301 OR RESID 401:510 OR RESID 303:303 ) )A302
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:211 OR RESID 302:302 OR RESID 301:301 OR RESID 401:510 OR RESID 303:303 ) )A301
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:211 OR RESID 302:302 OR RESID 301:301 OR RESID 401:510 OR RESID 303:303 ) )A401 - 510
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:211 OR RESID 302:302 OR RESID 301:301 OR RESID 401:510 OR RESID 303:303 ) )A303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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