[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4o1k: Crystal structures of two tetrameric beta-carbonic anhydrases fro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4o1k | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structures of two tetrameric beta-carbonic anhydrases from the filamentous ascomycete Sordaria macrospora. | ||||||
Components | Carbonic anhydrase | ||||||
Keywords | LYASE / Carbon dioxide / Inhibition | ||||||
Function / homology | Function and homology information carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Sordaria macrospora (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.83 Å | ||||||
Authors | Lehneck, R. / Neumann, P. / Vullo, D. / Elleuche, S. / Supuran, C.T. / Ficner, R. / Poggeler, S. | ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2014 Title: Crystal structures of two tetrameric beta-carbonic anhydrases from the filamentous ascomycete Sordaria macrospora. Authors: Lehneck, R. / Neumann, P. / Vullo, D. / Elleuche, S. / Supuran, C.T. / Ficner, R. / Poggeler, S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4o1k.cif.gz | 102.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4o1k.ent.gz | 77.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4o1k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4o1k_validation.pdf.gz | 426 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4o1k_full_validation.pdf.gz | 427.8 KB | Display | |
Data in XML | 4o1k_validation.xml.gz | 10.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4o1k_validation.cif.gz | 13.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/4o1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/4o1k | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4o1jC 3e3iS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
Unit cell |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 26951.711 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sordaria macrospora (fungus) / Gene: cas2 / Plasmid: pET22b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta (DE3) / References: UniProt: C1L336, carbonic anhydrase |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.76 Å3/Da / Density % sol: 30.16 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris hydrochloride, 25% PEG 4000, 0.2 M CaCl2 x 2H2O, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.82661 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 1, 2013 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE, / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.82661 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.83→33.77 Å / Num. all: 16776 / Num. obs: 16776 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 35.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 17.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3E3I Resolution: 1.83→33.77 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / Phase error: 28.44 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 177.88 Å2 / Biso mean: 48.7015 Å2 / Biso min: 20.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.83→33.77 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|