[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7coi: Crystal structure of the b-carbonic anhydrase CafA of the fungal ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7coi | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the b-carbonic anhydrase CafA of the fungal pathogen Aspergillus fumigatus | |||||||||
Components | Carbonic anhydrase | |||||||||
Keywords | LYASE / b-class carbonic anhydrase / CafA / zinc metalloenzyme / Aspergillus fumigatus | |||||||||
Function / homology | Function and homology information cellular response to carbon dioxide / carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / cellular response to oxidative stress / zinc ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Neosartorya fumigata (mold) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | |||||||||
Authors | Jin, M.S. / Kim, S. / Yeon, J. / Sung, J. | |||||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Mol.Cells / Year: 2020 Title: Crystal Structure of beta-Carbonic Anhydrase CafA from the Fungal Pathogen Aspergillus fumigatus . Authors: Kim, S. / Yeon, J. / Sung, J. / Jin, M.S. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7coi.cif.gz | 190.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7coi.ent.gz | 147.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7coi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7coi_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7coi_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | |
Data in XML | 7coi_validation.xml.gz | 38.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7coi_validation.cif.gz | 56.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/7coi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/7coi | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7cojC 4o1kS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 30867.516 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (mold) Strain: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / Gene: AFUA_4G11250 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q4WQ18, carbonic anhydrase #2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.73 Å3/Da / Density % sol: 28.77 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M MES (or Tris-HCl) pH 6.0-7.5 24-30% (w/v) PEG2000MME 0.2-0.4 M sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.97934 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Mar 9, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 80179 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 1.888 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 579711 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4O1K Resolution: 1.8→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.576 / SU ML: 0.079 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.114 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.99 Å2 / Biso mean: 24.287 Å2 / Biso min: 8.6 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→29.88 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.844 Å / Rfactor Rfree error: 0
|