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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bpx | ||||||
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タイトル | Structure of the 2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase from Alcaligenes sp. 4HAP. | ||||||
要素 | 2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / rmlc-like cupin protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase / 2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Alcaligenes sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, J. / Erskine, P. / Wood, S.P. / Cooper, J.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015 タイトル: Extension of resolution and oligomerization-state studies of 2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase from Alcaligenes sp. 4HAP. 著者: Guo, J. / Erskine, P. / Coker, A.R. / Gor, J. / Perkins, S.J. / Wood, S.P. / Cooper, J.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5bpx.cif.gz | 51 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5bpx.ent.gz | 34.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5bpx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5bpx_validation.pdf.gz | 443.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5bpx_full_validation.pdf.gz | 444.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5bpx_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5bpx_validation.cif.gz | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/5bpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/5bpx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4p9gS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17743.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: A catalytic ferrous ion is tightly bound in the active site. 由来: (組換発現) Alcaligenes sp. (バクテリア) / 遺伝子: dad / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9REI7, 2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.34 % / 解説: long needles |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 5.9 - 6.8. 1.1 - 1.6 M sodium acetate PH範囲: 5.9 - 6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→41.62 Å / Num. obs: 19556 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 20.3 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.93 Å / 冗長度: 19.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4p9g 解像度: 1.88→41.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.911 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.147 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.88→41.62 Å
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拘束条件 |
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