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- PDB-5bpi: Structure of TrmBL2, an archaeal chromatin protein, shows a novel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bpi
タイトルStructure of TrmBL2, an archaeal chromatin protein, shows a novel mode of DNA binding.
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
  • TrmBL2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Chromatin binding protein / Archaea
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Transcription regulator TrmB, C-terminal / Archaeal transcriptional regulator TrmB / Transcription regulator TrmB, N-terminal / Sugar-specific transcriptional regulator TrmB / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...: / : / Transcription regulator TrmB, C-terminal / Archaeal transcriptional regulator TrmB / Transcription regulator TrmB, N-terminal / Sugar-specific transcriptional regulator TrmB / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Putative HTH-type transcriptional regulator TrmBL2
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.198 Å
データ登録者Ahmad, M.U. / Diederichs, K. / Welte, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Insights into Nonspecific Binding of DNA by TrmBL2, an Archaeal Chromatin Protein.
著者: Ahmad, M.U. / Waege, I. / Hausner, W. / Thomm, M. / Boos, W. / Diederichs, K. / Welte, W.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TrmBL2
B: TrmBL2
C: TrmBL2
D: TrmBL2
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,0547
ポリマ－134,9626
非ポリマー921
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25260 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area52300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.764, 154.379, 176.123
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and ( resseq 2:264)
21chain B and ( resseq 2:264 )
12chain C and ( resseq 2:115 or resseq 124:264 )
22chain D and ( resseq 2:115 or resseq 124:264 )

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and ( resseq 2:264)A2 - 264
211chain B and ( resseq 2:264 )B0
112chain C and ( resseq 2:115 or resseq 124:264 )C2 - 115
122chain C and ( resseq 2:115 or resseq 124:264 )C124 - 264
212chain D and ( resseq 2:115 or resseq 124:264 )D2 - 115
222chain D and ( resseq 2:115 or resseq 124:264 )D124 - 264

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
TrmBL2


分子量: 30520.393 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: trmBL2, PF0496 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U3H1
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量: 6460.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TGM Sequence / 由来: (合成) Pyrococcus furiosus (古細菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量: 6420.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TGM sequence / 由来: (合成) Pyrococcus furiosus (古細菌)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Imidazole HCl, pH 8.0, 30% MPD and 10% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.06269 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06269 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.198→50 Å / Num. obs: 27256 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.3819 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3.198→3.312 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.99 / Rsym value: 2.842 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BPD

5bpd


解像度: 3.198→49.394 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2988 2496 4.9 %
Rwork0.2546 48478 -
obs0.2569 27264 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 194.01 Å2 / Biso mean: 87.2403 Å2 / Biso min: 36.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.198→49.394 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8495 861 14 0 9370
Biso mean--106.68 --
残基数----1081
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059661
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51813150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8143750
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2460X-RAY DIFFRACTION12.281TORSIONAL
12B2460X-RAY DIFFRACTION12.281TORSIONAL
21C2351X-RAY DIFFRACTION12.281TORSIONAL
22D2351X-RAY DIFFRACTION12.281TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1981-3.25960.43581290.38822627275695
3.2596-3.32610.3811380.389526312769100
3.3261-3.39850.43261550.372126862841100
3.3985-3.47750.43631450.348227032848100
3.4775-3.56440.34981410.328826902831100
3.5644-3.66080.3381270.329427822909100
3.6608-3.76850.35721310.319926482779100
3.7685-3.890.34971220.290327282850100
3.89-4.0290.29291500.287227012851100
4.029-4.19030.32091630.25827052868100
4.1903-4.38090.28061230.247426612784100
4.3809-4.61170.30371370.224927272864100
4.6117-4.90040.26951360.217327242860100
4.9004-5.27830.26441420.216526722814100
5.2783-5.80880.26621420.242727032845100
5.8088-6.64760.28411500.252426872837100
6.6476-8.36860.25921570.205327082865100
8.3686-49.40030.2021080.17352695280399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1408-1.33571.66772.724-0.40365.8577-0.15040.32940.3141-0.10110.06970.0532-0.2178-0.08680.05720.6811-0.0429-0.07670.7214-0.07920.6704-17.8024-3.017412.0389
22.40470.71122.27235.72234.59494.6579-0.06690.4330.23920.3813-0.04470.8842.02510.24520.21941.0015-0.0313-0.05461.05660.03920.8428-15.056-23.5337-13.0901
37.2790.31-5.79724.3976-0.3524.61461.156-0.20760.1194-2.1805-1.3224-0.43490.62912.38460.34111.36520.4504-0.0542.5713-0.44541.1484-16.904-25.1977-38.7104
48.077-2.1686-1.46942.81191.19356.1650.2888-1.82010.07290.0248-0.0293-1.3428-1.04581.6135-0.62160.9333-0.0682-0.14791.84860.06641.3271-18.5856-16.1016-48.8882
56.4569-1.0027-1.34516.888-1.31066.77520.76310.14730.33151.08540.2291-0.696-0.72390.0532-0.74260.83-0.0352-0.01580.60630.20871.1205-20.2181-11.5084-61.3068
62.8609-2.55243.78773.2153-3.30249.4985-0.2649-1.65560.7994-0.9680.2306-2.0523-0.7468-1.66880.08971.022-0.05060.12711.382-0.11181.1118-16.2015-21.0176-65.9342
75.2243-2.42720.36927.5965-2.79965.20880.77470.58110.1734-1.2222-1.3988-0.6584-0.02030.72740.76471.03820.01360.30841.1622-0.15741.2344-11.2711-21.6279-71.8918
82.7924-0.70084.57345.6506-1.35917.56630.95911.30761.6242-0.5162-0.495-0.7601-0.9150.7981-0.00841.3906-0.03960.19612.4497-0.42411.3723-7.0765-19.1024-80.0796
98.10670.14960.24535.1676-0.90634.9116-0.22210.9205-0.9704-0.5920.07080.22940.39950.12520.33420.82880.02010.0220.8996-0.03950.8934-21.6618-24.3449-68.6279
102.3242.31090.99573.8423-1.71464.2785-0.16240.08360.36430.02870.1869-0.02220.05780.16690.05990.68760.13220.10250.80350.07820.6609-40.8646-4.1299-44.1342
115.2503-2.83025.2371.432-2.62124.99251.10670.4982-0.3272-0.3695-0.30460.14651.86651.0659-0.87910.9603-0.0389-0.0710.83370.06450.7766-43.2083-23.7089-17.9653
126.40347.4892-0.38119.25180.40951.48130.2961-0.82611.48621.1314-3.00480.61841.3822-0.25831.98481.8083-0.5424-0.27281.62420.20951.1203-41.8427-24.10817.5488
134.73621.19710.91543.2881-0.84550.566-1.16960.40811.81190.7029-0.05541.76681.0343-1.8817-0.23271.7125-0.18910.35662.40920.01311.021-41.5251-15.138415.7602
142.90432.49950.06375.6151-2.6812.87920.28140.81671.3814-0.0390.17381.0666-0.2595-0.8513-0.24540.72910.0880.1150.9603-0.0940.7691-37.705-10.99827.9016
159.07751.31471.48073.07751.53247.212-0.33020.06451.02741.1464-0.30971.563-0.5971-0.0017-0.14320.79840.1075-0.13091.12960.23631.1028-42.3823-19.59534.0822
164.91451.193-3.20768.8251-0.77252.38330.15240.07151.24381.8246-0.34792.31170.40520.24-0.02520.99130.14490.20951.0851-0.02091.0247-47.0375-20.252639.9483
174.4791-0.186-0.5499.35636.06993.9778-1.2239-0.1923-0.96650.9535-1.14860.73140.3636-0.24512.64151.1650.27970.09461.4660.25190.9303-51.4768-17.562448.1315
184.2106-0.54950.81094.05740.8122.24180.1042-0.6219-0.37640.72330.08690.59540.05060.0589-0.18560.91130.10780.01950.92150.07390.6083-36.7611-22.915136.8732
197.5608-2.36654.42755.8898-1.21628.4394-0.2250.12350.46980.01150.0135-0.5038-0.07080.63120.09850.7633-0.0130.0380.91710.05210.633-20.3528-11.719-30.5562
207.0907-3.4470.75989.29056.98337.30670.69482.26630.7105-2.1592-0.4119-1.4726-2.41221.9954-0.03911.2652-0.21640.18512.41610.28731.3663-12.4949-6.5063-41.8106
212.5741-0.75352.07170.45522.47247.6082-0.12250.53280.3057-0.390.1988-0.3631-0.4111.75460.25240.8439-0.0935-0.01511.1127-0.09310.7981-5.6458-12.2859-7.816
225.2801-0.4168-3.02385.0387-3.58244.6273-0.00180.24070.40470.64570.5363-1.4948-0.99611.1294-0.67120.7362-0.1272-0.23290.7882-0.13960.7474-18.721-12.469121.6782
232.20810.2326-1.5564.4343-1.15611.30130.0525-0.2563-0.98880.8780.7219-1.12891.0340.8272-0.62730.59650.2812-0.22840.7259-0.14560.8939-13.456-19.284218.6195
248.65621.7753-0.89869.05821.62045.3613-0.42780.2949-0.4581-0.32550.2674-1.0753-0.10550.67820.24570.94880.2191-0.08610.8541-0.070.88-8.7211-32.56520.1521
254.44613.19840.96183.1873-1.71648.0165-0.40292.2233-1.1727-0.72931.5281-0.8191-0.0195-0.6774-0.90080.98180.255-0.17481.1389-0.12680.8592-21.8013-32.212321.4418
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376.62640.89821.011.95372.05273.48440.0816-1.7972-0.48731.80730.067-2.54760.6813-0.16531.89530.8010.07020.10221.31790.04451.0804-23.02033.9699-42.7677
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404.1244.4042-0.20278.5233-6.68491.9833-0.79570.6901-1.2961-1.5755-0.8962-1.78550.46941.51750.98891.31640.2205-0.47170.38970.00541.2363-34.817911.11637.7989
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426.14050.42972.31082.22411.44171.605-0.47431.36420.4671-0.19920.6203-1.2741-1.02020.1676-0.20071.4660.0327-0.01851.49670.01051.302-26.01836.0632-10.2983
437.7861.8328-2.82365.5305-3.42652.5026-0.0839-0.54190.2987-0.96561.0126-0.2685-2.07970.0817-1.18611.54210.1567-0.11091.3004-0.12221.065-31.74490.5332-27.7734
443.283.5840.8388.798-0.13372.00830.7526-0.74340.33752.892-0.91640.0649-0.6257-1.3366-3.13780.6992-0.22080.0543-0.0440.33791.2101-21.967310.4304-41.3684
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:85)A2 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 86:111)A86 - 111
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 112:117)A112 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 118:125)A118 - 125
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 126:143)A126 - 143
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 144:160)A144 - 160
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 161:187)A161 - 187
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 188:193)A188 - 193
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 194:264)A194 - 264
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 2:85)B2 - 85
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 86:112)B86 - 112
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 113:117)B113 - 117
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 118:123)B118 - 123
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 124:143)B124 - 143
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 144:160)B144 - 160
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 161:187)B161 - 187
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 188:193)B188 - 193
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 194:264)B194 - 264
19X-RAY DIFFRACTION19(chain C and resid 3:66)C3 - 66
20X-RAY DIFFRACTION20(chain C and resid 67:72)C67 - 72
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 73:114)C73 - 114
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 115:133)C115 - 133
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 134:143)C134 - 143
24X-RAY DIFFRACTION24(chain C and resid 144:207)C144 - 207
25X-RAY DIFFRACTION25(chain C and resid 208:217)C208 - 217
26X-RAY DIFFRACTION26(chain C and resid 218:226)C218 - 226
27X-RAY DIFFRACTION27(chain C and resid 227:264)C227 - 264
28X-RAY DIFFRACTION28(chain D and resid 4:42)D4 - 42
29X-RAY DIFFRACTION29(chain D and resid 43:54)D43 - 54
30X-RAY DIFFRACTION30(chain D and resid 55:63)D55 - 63
31X-RAY DIFFRACTION31(chain D and resid 64:69)D64 - 69
32X-RAY DIFFRACTION32(chain D and resid 70:114)D70 - 114
33X-RAY DIFFRACTION33(chain D and resid 115:134)D115 - 134
34X-RAY DIFFRACTION34(chain D and resid 135:207)D135 - 207
35X-RAY DIFFRACTION35(chain D and resid 208:219)D208 - 219
36X-RAY DIFFRACTION36(chain D and resid 220:262)D220 - 262
37X-RAY DIFFRACTION37(chain E and resid 1:6)E1 - 6
38X-RAY DIFFRACTION38(chain E and resid 7:11)E7 - 11
39X-RAY DIFFRACTION39(chain E and resid 12:16)E12 - 16
40X-RAY DIFFRACTION40(chain E and resid 17:21)E17 - 21
41X-RAY DIFFRACTION41(chain F and resid 1:6)F1 - 6
42X-RAY DIFFRACTION42(chain F and resid 7:11)F7 - 11
43X-RAY DIFFRACTION43(chain F and resid 12:17)F12 - 17
44X-RAY DIFFRACTION44(chain F and resid 18:21)F18 - 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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