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- PDB-5bos: Structure of Acetobacter aceti PurE-S57C, partly oxidized form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bos
タイトルStructure of Acetobacter aceti PurE-S57C, partly oxidized form
要素(N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide ...) x 2
キーワードISOMERASE / acidophile / PurE / purine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / Class I PurE / PurE, prokaryotic type / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #1970 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Acetobacter aceti 1023 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.712 Å
データ登録者Sullivan, K.L. / Kappock, T.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mutation of the conserved serine in two PurE classes
著者: Sullivan, K.L. / Kappock, T.J.
履歴
登録2015年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2358
ポリマ－37,8622
非ポリマー3746
水7,620423
1
A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,94132
ポリマ－151,4468
非ポリマー1,49524
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area35060 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area38570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.584, 99.584, 164.702
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

HOH

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要素

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N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase / N5-CAIR mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase


分子量: 18946.773 Da / 分子数: 1 / 変異: S57C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetobacter aceti 1023 (バクテリア)
遺伝子: purE, AZ09_02690 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A063X4U8, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase
#2: タンパク質 N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase / N5-CAIR mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase


分子量: 18914.777 Da / 分子数: 1 / 変異: S57C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetobacter aceti 1023 (バクテリア)
遺伝子: purE, AZ09_02690 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A063X4U8, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase

-
非ポリマー , 5種, 429分子

#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 25% (v/v) PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月15日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.712→50 Å / Num. obs: 44754 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 25.2 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 81.8
反射 シェル解像度: 1.712→1.75 Å / 冗長度: 24.4 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 11.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4ycb chain A

4ycb


解像度: 1.712→42.609 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1613 2129 4.76 %Same as 4z7j
Rwork0.1346 ---
obs0.1358 44701 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.712→42.609 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2327 0 22 423 2772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0493536
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.255956
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005456
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7121-1.75190.181360.14692729X-RAY DIFFRACTION98
1.7519-1.79570.15551410.14382812X-RAY DIFFRACTION100
1.7957-1.84430.1681400.15392802X-RAY DIFFRACTION100
1.8443-1.89850.18011400.14782798X-RAY DIFFRACTION100
1.8985-1.95980.16091400.14022807X-RAY DIFFRACTION100
1.9598-2.02990.16641410.14122811X-RAY DIFFRACTION100
2.0299-2.11110.17651410.13712822X-RAY DIFFRACTION100
2.1111-2.20720.16711410.13512827X-RAY DIFFRACTION100
2.2072-2.32360.16081410.13472820X-RAY DIFFRACTION100
2.3236-2.46910.16891420.13622838X-RAY DIFFRACTION100
2.4691-2.65970.17971410.14042833X-RAY DIFFRACTION100
2.6597-2.92730.18411440.1462866X-RAY DIFFRACTION100
2.9273-3.35080.15431420.13542865X-RAY DIFFRACTION100
3.3508-4.22110.13161460.11942903X-RAY DIFFRACTION100
4.2211-42.62220.15591530.1263039X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.269-1.944-0.19212.3038-1.84096.32040.0693-0.33020.48370.23950.03230.205-0.2514-0.07010.01650.09260.0176-0.01130.1167-0.05730.1775-5.988830.283235.7214
25.73985.8491-0.11729.2686-0.71194.43030.134-0.5488-0.05330.2844-0.2107-0.08020.1744-0.00540.0480.11940.0217-0.00210.1723-0.02310.0938-0.844123.038541.0604
37.34535.25163.21924.86192.27931.98330.1594-0.2810.08020.2462-0.1654-0.03280.088-0.14550.02910.13060.00080.00820.1261-0.04540.1108-8.448327.287836.0178
48.44816.7023-2.92715.6334-2.38021.7853-0.08930.16730.5733-0.04760.10070.416-0.0535-0.1427-0.02960.12370.0342-0.01920.1209-0.03070.1943-16.577130.546828.3051
52.3383-0.32430.55725.0149-0.02391.5759-0.0337-0.04090.2172-0.0558-0.08830.0982-0.0533-0.09620.08850.07340.0030.00270.0937-0.01830.0906-7.707426.767927.0005
61.09760.3554-2.30497.43310.62885.09990.2592-0.5729-0.48510.9507-0.2389-0.40950.3677-0.11540.06640.239-0.0563-0.03610.23210.0560.1949-4.47685.872534.5184
71.89761.34680.35472.94460.17831.1403-0.03730.04770.0589-0.03740.010.013-0.06250.01130.0320.07390.01330.00170.1016-0.00670.08180.620621.827925.9339
84.9636-4.32733.43364.4225-3.24743.11990.03030.14160.0452-0.0214-0.0758-0.0782-0.04120.14260.0370.1164-0.0192-0.02670.1211-0.04030.133815.07932.195135.2148
94.1906-5.78252.1719.5038-5.31346.0282-0.0712-0.4363-0.28481.04670.3307-0.28270.42250.0833-0.11090.34110.0264-0.09250.1751-0.02470.203324.364114.509943.2291
104.3930.52990.85770.21710.91294.43860.15670.26840.2334-0.3055-0.0998-0.1344-0.06910.0998-0.00230.1691-0.0290.01740.13630.04240.095913.645227.494211.3303
114.5445-3.6794-2.23718.13693.9142.73270.07640.44660.0247-0.3306-0.21010.1987-0.0566-0.11890.1250.2019-0.02-0.02350.20290.0290.08086.888322.36676.0181
121.7392-0.35870.12411.3881-0.26221.0190.00860.10380.17-0.1262-0.0509-0.1739-0.07710.11680.05640.1324-0.0187-0.00310.10420.02080.112716.586624.616817.713
133.9173.43980.26453.02460.37916.4793-0.02120.575-0.3802-0.76660.15950.37490.66430.06640.0330.24170.0227-0.03130.2048-0.03740.17225.85694.707212.1627
141.2807-0.6161-0.02583.92340.22241.2161-0.03840.01040.0581-0.06080.03220.0155-0.04560.01550.01860.0629-0.01250.00450.09950.00610.07064.827221.557420.9369
156.80525.66772.57775.82672.65061.4888-0.1807-0.01020.4648-0.10660.13540.4672-0.1907-0.26060.0770.26320.0231-0.06360.22540.09850.265-6.641135.458112.2088
164.85184.51342.40855.46052.78521.4314-0.44190.4415-0.0078-1.09330.40630.9108-0.2154-0.00510.12750.3854-0.0447-0.09660.38870.0610.3077-21.076319.15622.9701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 20:30 )A20 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 31:46 )A31 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 47:61 )A47 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 62:72 )A62 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 73:107 )A73 - 107
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 108:114 )A108 - 114
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 115:154 )A115 - 154
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 155:171 )A155 - 171
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 172:179 )A172 - 179
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 20:30 )B20 - 30
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 31:46 )B31 - 46
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 47:107 )B47 - 107
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 108:114 )B108 - 114
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 115:154 )B115 - 154
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 155:171 )B155 - 171
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 172:180 )B172 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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